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2012 年度 研究成果報告書

環境汚染物質添加土壌での微生物集団応答様式の研究

研究課題

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研究課題/領域番号 22380176
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 環境農学
研究機関東北大学

研究代表者

津田 雅孝  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022)

研究分担者 黒川 顕  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (20343246)
永田 裕二  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 准教授 (30237531)
大坪 嘉行  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
研究期間 (年度) 2010 – 2012
キーワード環境汚染 / 細菌 / メタゲノム / 分解酵素遺伝子
研究概要

汚染土壌での汚染物質微生物分解の実体と本生態系での微生物の適応様式の解明をめざし、環境汚染物質を人為的に添加した閉鎖系土壌をモデル系として、(a)土壌のメタゲノムの生物情報学解析と、(b)実際に分解能を示す各種分解酵素遺伝子群の取得・解析を経時的かつ同時平行的に実施した。この結果、汚染化に伴う棲息細菌集団と各種分解酵素遺伝子群等の変動様式を明らかにし、汚染物質分解に関与したと示唆された遺伝子群とその由来細菌属を提示した。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (13件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] A GPU-accelerated homology search tool for metagenomics2012

    • 著者名/発表者名
      S. Suzuki, T. Ishida, K. Kurokawa, and Y. Akiyama: GHOSTM
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7 ページ: e36060

    • DOI

      DOI:10.1371/journal.pone.0036060

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. KKS102 located on integrative and conjugative element2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohtsubo, 4人, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      J. Bacteriol

      巻: 184 ページ: 4237-4248

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation2012

    • 著者名/発表者名
      Kimura, S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 158 ページ: 1284-1293

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypalgamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Nagata, 3人, Y. Ohtsubo, 5人, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Enzyme Microb. Technol

      巻: 49 ページ: 499-508

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ehrlich, and Bork: Enterotypes of the human gut microbiome2011

    • 著者名/発表者名
      M. Arumugam, 18人, K. Kurokawa, 19人, MetaHIT Consortium, J. Weissenbach, S. D
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 473 ページ: 174-180

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced insoil environment by in vivo expression technology2010

    • 著者名/発表者名
      E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 雑誌名

      Environ. Microbiol

      巻: 12 ページ: 2539-2558

    • 査読あり
  • [雑誌論文] VITCOMIC: visualization tool for taxonomic compositions of microbial communities based on 16S rRNA gene sequences2010

    • 著者名/発表者名
      H. Mori, F. Maruyama and K. Kurokawa
    • 雑誌名

      BMC Bioinfo

      巻: 11 ページ: 332

    • DOI

      doi:10.1186/1471-2105-11-332

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of TOL plasmid pDK1 provides evidence for evolutionary history of IncP-7 catabolic plasmids2010

    • 著者名/発表者名
      H. Yano, 3人, Y. Nagata, M. Hattori, M. Tsuda
    • 雑誌名

      J. Bacteriol

      巻: 192 ページ: 4337-4347

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動2010

    • 著者名/発表者名
      加藤広海,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      J.Environ. Biotechnol

      巻: 10 ページ: 63-70

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウエアGenomeMatcher2010

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行,大坪和香子,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: 48 ページ: 313-319

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索

    • 著者名/発表者名
      永山浩史,菅原智詞,遠藤諒,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝
    • 雑誌名

      J.Environ. Biotechnol

      巻: (in press)

    • 査読あり
  • [学会発表] 環境メタゲノム解析における微生物種2013

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130324-27
  • [学会発表] Time series metagenomic analysis of soil microbial community2013

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda and K. Kurokawa
    • 学会等名
      International Symposium on Genome Science "Expanding Frontiers of Genome Science"
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      20130109-10
  • [学会発表] Metagenomic Analysis of Microbial Community in Soil Contaminated with Aromatic Pollutants2012

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda, 5 人, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, A. Fujiyama, and K. Kurokawa
    • 学会等名
      Japan-Finland Biotechnology Symposium2012
    • 発表場所
      Sendai
    • 年月日
      20120604-08
  • [学会発表] 環境メタゲノミクス2012

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      日本農芸化学会2011年大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20120326-28
  • [学会発表] 環境汚染物質添加土壌での微生物集団の経時的メタゲノム解析2012

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20120310-12
  • [学会発表] メタゲノミクスの現状と未来2012

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      情報・システム研究機構シンポジウム2012「生命科学のビッグデータ革命」
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-11-09
  • [学会発表] Development of an integrated analysis system for metagenomics and a global microbial database MicrobeDB.jp2012

    • 著者名/発表者名
      K. Kurokawa
    • 学会等名
      第28回日本微生物生態学会
    • 発表場所
      豊橋
    • 年月日
      2012-09-20
  • [学会発表] 環境変動に対する土壌微生物集団応答様式のメタゲノム的解析2011

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝
    • 学会等名
      日本遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      20110920-22
  • [学会発表] Response of soil microbiota to exposure to aromatic pollutants2011

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuda
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011Congress
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      20110906-10
  • [学会発表] 新型シーケンサーによるメタゲノム解析2011

    • 著者名/発表者名
      黒川顕
    • 学会等名
      第63回生物工学会大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2011-09-27
  • [学会発表] Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons2010

    • 著者名/発表者名
      H. Kato, 2 人, Y. Ohtsubo, 5 人, Y. Nagata, A. Fujiyama, K. Kurokawa and M. Tsuda
    • 学会等名
      13th International Society for Microbial Ecology Conference
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 年月日
      20100822-27
  • [学会発表] Meta-plasmid: In silico reconstruction of a plasmid-like circular DNA molecule and its possible role in the retrieved environment2010

    • 著者名/発表者名
      H. Suenaga, 5 人, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and K. Miyazaki
    • 学会等名
      13th International Society for Microbial Ecology Conference
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 年月日
      20100822-27
  • [学会発表] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析2010

    • 著者名/発表者名
      津田雅孝,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20100621-22
  • [図書] メタゲノムインフォマティクス,難培養微生物研究の最新技術II2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史,丸山史人,黒川顕
    • 総ページ数
      82-91
    • 出版者
      シーエムシー出版,東京.
  • [図書] メタゲノムデータベース,メタゲノム解析技術の最前線2010

    • 著者名/発表者名
      森宙史,丸山史人,黒川顕
    • 総ページ数
      42-53
    • 出版者
      シーエムシー出版,東京.
  • [図書] 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス「難培養性微生物研究の最新技術II」(大熊盛也,工藤俊章編集)2010

    • 著者名/発表者名
      永田裕二,津田雅孝
    • 総ページ数
      211-219
    • 出版者
      シーエムシー出版
  • [図書] Strategies to reveal genomic function in natural soil systems In:Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds)

    • 著者名/発表者名
      Y. Ohtsubo, E. Nishiyama, Y. Ishibashi, Y. Nagata, and M. Tsuda
    • 出版者
      Biodegradative Bacteria. Springer Verlag, Tokyo

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公開日: 2014-08-29  

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