研究課題
本研究の研究計画は次の5項目を設定している。すなわち、(1) pncRNAの転写開始点の決定、(2) pncRNAプロモーターを認識する基本転写因子の精製と結合部位の決定、(3) pncRNAプロモーターの解析、(4) DNA損傷刺激によるpncRNA転写を誘導する転写因子の同定、(5) pncRNAプロモーター欠損ES細胞の作製とpncRNA誘導の消失実験である。平成24年度末までに、放射線照射および非照射のヒト子宮頸がんHeLa細胞株からmRNAを調製しての5’RACE法を用いた解析から、(1)が成功した。転写開始点から200塩基対上流までの配列解析から、(2)を試みると、基本転写因子の結合は検出されなかった。そして、転写開始点の上流160塩基対が転写開始領域と考えられた。この160塩基対の配列をビオチン標識オリゴヌクレオチドとして合成し、pncRNA転写を誘導するタンパク質の精製を試みた。その結果、Kuタンパク質を含むDNA修復系タンパク質5種類と核構造体paraspeckle構成タンパク質2種類の合計7種類のタンパク質が同定された。一方、基本転写因子は同定されなかった。以上から、(3)(4)が達成された。この結果は、pncRNA転写開始にはDNA修復系のタンパク質がリクルートされ、その転写開始の場はparaspeckleであることが示唆された。さらに、pncRNA-Dの転写終結点を決定し、pncRNA-Dの全長は606塩基対であることを示した。現在、この配列をもとにsiRNAを作成してpncRNA-Dの消失実験が進行している。以上の結果ら、当初の目的(1)-(5)は完遂された。さらに、全長pncRNA-Dを得て、その2次元構造の決定に挑戦している。
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Chem Biol.
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http://www.saitama-med.ac.jp/genome/
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