血清中のアルブミンに結合した疾患関連タンパク質・ペプチド分析法の確立と応用

2012 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 22390117
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 小寺 義男 北里大学, 理学部, 准教授 (60265733)
• 研究分担者: 岩村 正嗣 北里大学, 医学部, 講師 (20176564) ; 佐藤 雄一 北里大学, 医療衛生学部, 教授 (30178793) ; 松本 和将 北里大学, 医学部, 講師 (70306603)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2013-03-31
• キーワード: 血清 / タンパク質 / ペプチド / 診断マーカー / アルブミン結合成分

研究概要

【1】ペプチドを対象とした研究　（以下の2点について原著論文として発表した）
① DS法（Differential Solubilization法）で抽出したペプチドを効率よくLC-MS分析するための可溶化法の確立：3種類の界面活性剤を徹底的に調べてDS法抽出物を有効に可溶化し、かつ、LC-MS分析することのできる界面活性剤の利用法を確立した（Proteomics. 2013;13(5):751-5）。
② DS法とLC-MSを組み合わせた腎細胞癌診断マーカーペプチドの探索：LC-MS分析用に最適化した改良型DS法を確立し、それとLC-MSを組み合わせた高精度比較分析法を確立した。この方法を腎細胞癌診断マーカー探索に応用し、80血清を対象とした探索・検証実験を行った結果、2種類の診断マーカー候補ペプチドの探索に成功した（J Electrophoresis, 2013; 57:1-9）。
【2】タンパク質を対象とした研究
昨年度までに開発した血清・血漿タンパク質分画抽出法（SF1法, SF2法, SF3法）で分画されたタンパク質ならびにDS法で選択的に抽出されたタンパク質を比較分析するための方法として安定同位体標識試薬（ジメチル化試薬）を用いた比較分析法を確立した。この方法では非安定同位体標識ジメチルラベル（Lラベル）と安定同位体標識ジメチルラベル（Hラベル）を比較対象の試料にそれぞれ標識し、両試料を混合して分析することにより、試料中の全てのタンパク質の存在量の比をLラベルとHラベルぺプチドの強度比として比較分析することが可能である。本年度はこの方法を利用して腎細胞癌診断マーカータンパク質探索を開始した。

現在までの達成度 (区分)

理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Enhanced recovery of lyophilized peptides in shotgun proteomics by using an LC-ESI-MS compatible surfactant. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Takahashi N, Satoh M, Saito T, Kado S, Nomura F, Matsumoto H,Kodera Y.
  • 雑誌名: Proteomics. 巻: 13 ページ: 751-755
  • DOI: 10.1002/pmic.201200462. Epub 2013 Feb 11.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cyclic sample pooling using two-dimensional liquid chromatography system enhances coverage in shotgun proteomics. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Satoh M, Saito T, Matsui T, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y.
  • 雑誌名: Biomed Chromatogr. 巻: 27 ページ: 691-694
  • DOI: 10.1002/bmc.2864. Epub 2013 Feb 7.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and 25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS. (2013)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Satoh M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M,Kubota M, Nomura F.
  • 雑誌名: Clin Chim Acta. 巻: 420 ページ: 114-120
  • DOI: 10.1016/j.cca.2012.10.041. Epub 2012 Nov 1.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serum monomeric α2-macroglobulin as a clinical biomarker in diabetes. (2013)
  • 著者名/発表者名: Takada T, Kodera Y, Matsubara M, Kawashima Y, Maeda T, Fujita Y, Shichiri M.
  • 雑誌名: Atherosclerosis. 巻: 228 ページ: 270-276
  • DOI: 10.1016/j.atherosclerosis.2013.02.035. Epub 2013 Mar 13.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Medaka fish, Oryzias latipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I,Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun. 巻: 22 ページ: 712-717
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2013.01.053. Epub 2013 Jan 23.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated view of the human chromosome X-centric proteome project. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H, Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T,Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N.
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 12 ページ: 58-61
  • DOI: 10.1021/pr300844p. Epub 2012 Dec 21.
• [雑誌論文] Angiotensin-converting enzyme inhibition curbs tyrosine nitration of mitochondrial proteins in the renal cortex during the early stage of diabetes mellitus in rats. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishii N, Carmines PK, Yokoba M, Imaizumi H, Ichikawa T, Ikenagasa H, Kodera Y,Oh-Ishi M, Aoki Y, Maeda T, Takenaka T, Katagiri M.
  • 雑誌名: Clin Sci (Lond). 巻: 124 ページ: 543-552
  • DOI: 10.1042/CS20120251.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples. (2012)
  • 著者名/発表者名: Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T.
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 11 ページ: 5311-5322
  • DOI: 10.1021/pr3005474. Epub 2012 Oct 17.
  • 査読あり
• [雑誌論文] The application of a three-step serum proteome analysis for the discovery and identification of novel biomarkers of hepatocellular carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura A, Sogawa K, Satoh M, Kodera Y, Yokosuka O, Tomonaga T, Nomura F.
  • 雑誌名: Int J Proteomics. 巻: 2012: ページ: 623190
  • DOI: 10.1155/2012/623190. Epub 2012 Aug 16.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Strategy for SRM-based verification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples. (2012)
  • 著者名/発表者名: Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y, Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T.
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 11 ページ: 4201-4210
  • DOI: 10.1021/pr300322q. Epub 2012 Jul 9.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
  • 雑誌名: Proteomics. 巻: 12 ページ: 2190-2202
  • DOI: 10.1002/pmic.201100655.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Potential of classification of cancer by multiple discriminant analysis for relationship between cancer and expression of human cellular phosphoprotein. (2012)
  • 著者名/発表者名: Motofuji Y, Saito A, Koike M, Kodera Y, Maeda T, Komatsu H.
  • 雑誌名: Biomed Res. 巻: 33 ページ: 139-143
  • 査読あり
• [雑誌論文] Plectin promotes migration and invasion of cancer cells and is a novel prognostic marker for head and neck squamous cell carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Katada K, Tomonaga T, Satoh M, Matsushita K, Tonoike Y, Kodera Y, Hanazawa T,Nomura F, Okamoto Y.
  • 雑誌名: J Proteomics. 巻: 75 ページ: 1803-1815
  • DOI: 10.1016/j.jprot.2011.12.018. Epub 2011 Dec 30.
  • 査読あり
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド提案を目指した 探索ならびに多検体評価法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: "小寺義男，川島祐介，斎藤達也，佐藤守 ，曽川一幸 ，前田忠計 ，朝長毅，野村文夫
  • 学会等名: 第85回 日本生化学会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
  • 年月日: 20121214-20121216
• [学会発表] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides– (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshio Kodera,Tatsuya Saitoh,Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Masatsugu Iwamura, Shiro Baba,Tadakazu Maeda,Takeshi Tomonaga,Fumio Nomura
  • 学会等名: HUPO 2012 11th World Congress
  • 発表場所: ボストン（USA)
  • 年月日: 20120909-20120913
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指したペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第19回遺伝子診療学会／シンポジウム
  • 発表場所: 三井ガーデンホテル千葉
  • 年月日: 20120726-20120728
  • 招待講演
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した ペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: "小寺義男，川島祐介，斎藤達也，佐藤守 ，曽川一幸 ，前田忠計 ，朝長毅 ，野村文夫
  • 学会等名: 第10回日本プロテオーム学会（JHUPO）年会／シンポジウム
  • 発表場所: 日本科学未来館(東京）
  • 年月日: 20120726-20120727
  • 招待講演
• [学会発表] High quality method for discovery and verification of low abundance biomarker peptides in serum (2012)
  • 著者名/発表者名: "Yoshio Kodera Tatsuya Saito, Yusuke Kawashima, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Keita Araki, Takashi Matsui, Mamoru Satoh, Fumio Nomura,Masatsugu Iwamura, Shiro Baba ,Tadakazu Maeda
  • 学会等名: AOHUPO (Asia Oceania HUman Proteomics Organization)
  • 発表場所: 北京／中国
  • 年月日: 20120505-20120507
• [学会発表] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum. –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides–
  • 著者名/発表者名: Yoshio Kodera
  • 学会等名: RCAI Seminar Series 2012
  • 発表場所: （独）理化学研究所・免疫アレルギー科学総合研究センター（RCAI)
  • 招待講演
• [学会発表] 血中疾患マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 東北大学医学部・最先端学術セミナー
  • 発表場所: 東北大学医学部
  • 招待講演