血清中のアルブミンに結合した疾患関連タンパク質・ペプチド分析法の確立と応用

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22390117
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 病態検査学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 小寺 義男 北里大学, 理学部物理学科, 准教授 (60265733)
• 研究分担者: 佐藤 雄一 北里大学, 医療衛生学部医療検査学科, 教授 (30178793) ; 松本 和将 北里大学, 医学部泌尿器科, 講師 (70306603) ; 岩村 正嗣 北里大学, 医学部泌尿器科, 教授 (20176564)
• 連携研究者: 前田 忠計 北里大学, 名誉教授 (90265728)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: 臨床検査医学 / 血中診断マーカー

研究概要

血清中のアルブミン等のキャリアプロテインに結合したペプチドを効率よく抽出する方法を確立し、血清中の組織由来成分を含む数 ng/mL の微量ペプチドを分析できることを示した。さらに、本抽出法を LC-MS に最適化し、 LC-MS を組み合わせて 2 種類の腎細胞癌マーカー候補の探索に成功した。タンパク質を対象とした研究では、従来のアルブミン/IgG 除去法では抽出出来ないタンパク質を含む成分を 3 つに分画する方法を開発した。この方法を用いて腎細胞癌マーカー候補タンパク質の探索を開始し、初歩的なデータの取得に成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Enhanced recovery of lyophilized peptides in shotgun proteomics by using an LC-ESI-MS compatible surfactant (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Takahashi N, Satoh M, Saito T, Kado S, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 13(5) ページ: 751-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Establishment and application of a high-quality comparative analysis strategy for the discovery and small-scale validation of low-abundance biomarker peptides in serum based on an optimized novel peptide extraction method (2013)
  • 著者名/発表者名: Saito T, Kawashima Y, Minamida M, Matsumoto K, Araki K, Matsui T, SatohM, Nomura F, Iwamura M, Maeda M, BabaS, Kodera Y
  • 雑誌名: J. Electrophoresis 巻: 57 ページ: 1-9
  • DOI: DOI:10.2198/jelectroph.57.1.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of quantitative proteomic analysis using tandem mass tags for discovery and identification of novel biomarkers in periodontal disease (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Kawashima Y, Sogawa K, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Ogita M, Takeuchi Y, Kobyashi H, Aoki A, Kodera Y, Matsushita K, IzumiY, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serum monomeric α2-macroglobulin as a clinical biomarker in diabetes (2013)
  • 著者名/発表者名: Takada T, Kodera Y, Matsubara M, Kawashima Y, Maeda T, Fujita Y, Shichiri M
  • 雑誌名: Atherosclerosis 巻: 228(1) ページ: 270-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cyclic sample pooling using two-dimensional liquid chromatography system enhancescoverage in shotgun proteomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Satoh M, Saito T, Matsui T, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y
  • 雑誌名: Biomed Chromatogr 巻: 27(6) ページ: 691-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Medaka fish, Oryzias latipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy (2013)
  • 著者名/発表者名: Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I,Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 431(4) ページ: 712-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated view of the human chromosome X-centric proteome project (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H,Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T, Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 12(1) ページ: 58-61
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and 25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS (2013)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Satoh M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M,Kubota M, Nomura F
  • 雑誌名: Clin Chim Acta 巻: 420 ページ: 114-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples (2012)
  • 著者名/発表者名: Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 11(11) ページ: 5311-22
  • 査読あり
• [雑誌論文] Strategy for SRM-based verification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples (2012)
  • 著者名/発表者名: Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y, Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 11(8) ページ: 4201-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S,Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 12(13) ページ: 2190-202
  • 査読あり
• [雑誌論文] Potential ofclassification of cancer by multiple discriminant analysis for relationship between cancer and expression of human cellular phosphoprotein (2012)
  • 著者名/発表者名: Motofuji Y, Saito A, Koike M, Kodera Y, Maeda T, Komatsu H
  • 雑誌名: Biomed Res 巻: 33(2) ページ: 139-43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Plectin promotes migration and invasion of cancer cells and is a novel prognostic marker for head and neck squamous cell carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Katada K, Tomonaga T, Satoh M, Matsushita K, Tonoike Y, Kodera Y, Hanazawa T, Nomura F, Okamoto Y
  • 雑誌名: Jproteomics 巻: 75(6) ページ: 1803-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] 14-3-3 protein beta/alpha as a urinary biomarker for renal cell carcinoma: proteomic analysis of cyst fluid (2011)
  • 著者名/発表者名: inamida S, Iwamura M, Kodera Y, Kawashima Y, Tabata K, Matsumoto K, Fujita T, Satoh T, Maeda T, Baba S
  • 雑誌名: Anal Bioanal Chem 巻: 401(1) ページ: 245-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a sandwich ELISA for the 5.9-kDa fibrinogen alpha C chain fragment detected by serum proteome analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Noda K, Sogawa K, Kikuchi W, Kiyokawa I, Miura T, Kojima R, Katayama K,Kodera Y, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics Clin Appl 巻: 5(3-4) ページ: 141-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] The measurement of a fibrinogen α C-chain 5.9 kDa fragment (FIC 5.9) using MALDI-TOF MS and a stable isotope-labeled peptide standard dilution (2011)
  • 著者名/発表者名: Sogawa K, Kodera Y, Noda K, Ishizuka Y, Yamada M, Umemura H, Maruyama K,Tomonaga T, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Clin Chim Acta 巻: 412(11-12) ページ: 1094-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Profilin 1 overexpression in renal cell carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: Minamida S, Iwamura M, Kodera Y, Kawashima Y, Ikeda M, Okusa H, Fujita T, Maeda T, Baba S
  • 雑誌名: Int J Urol 巻: 18(1) ページ: 63-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Increased serum levels of pigment epithelium-derived factor by excessive alcohol consumption-detection and identification by a three-step serum proteome analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Sogawa K, Kodera Y, Satoh M, Kawashima Y, Umemura H, Maruyama K, Takizawa H, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Alcohol Clin Exp Res 巻: 35(2) ページ: 211-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of humidity on the dried-dropletsample preparation for MALDI-TOF MS peptide profiling (2010)
  • 著者名/発表者名: Umemura H, Kodera Y, Nomura F
  • 雑誌名: Clin Chim Acta 巻: 411(23-24) ページ: 2109-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-yield peptide-extraction method for the discovery of subnanomolar biomarkers from small serum samples (2010)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Fukutomi T, Tomonaga T, Takahashi H, Nomura F, Maeda T, Kodera Y
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 9(4) ページ: 1694-705
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic study of sera from patients with bladder cancer:usefulness of S100A8 and S100A9 proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Minami S, Sato Y, Matsumoto T, Kageyama T, Kawashima Y, Kodera Y, Ishii J, Matsumoto K, Nagashio R, Okayasu I
  • 雑誌名: Cancer GenomicsProteomics 巻: 7(4) ページ: 181-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new possible lung cancer marker: VGF detection from the conditioned medium of pulmonary large cell neuroendocrine carcinoma-derived cells using secretome analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto T, Kawashima Y, Nagashio R, Kageyama T, Kodera Y, Jiang SX, Okayasu I, Kameya T, Sato Y
  • 雑誌名: Int J Biol Markers 巻: 24(4) ページ: 282-5
  • 査読あり
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指したペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第19回遺伝子診療学会/シンポジウム(招待講演)
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2012-07-28
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した ペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第10回日本プロテオーム学会(JHUPO)年会(シンポジウム)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-07-27
• [学会発表] 血中疾患マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 東北大学医学部・最先端学術セミナー(招待講演)
  • 発表場所: 東北大学医学部
  • 年月日: 2012-06-15
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第2回バイオビジネス・スタートアップ -バイオマーカー研究と診断への応用-(招待講演)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-20
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド開発に向けた様々なアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第224回液体クロマトグラフィー研究懇談会 (招待講演)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2011-10-25
• [学会発表] 共同利用における LC-MS 解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第84回日本生化学会・フォーラム(フォーラム企画、発表)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2011-09-23
• [学会発表] 血中診断マーカー獲得を目指した定量的プロテオミクス (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会 2011 大会(シンポジウム)
  • 発表場所: 新潟
  • 年月日: 2011-07-29
• [学会発表] 血清中の診断マーカータンパク質・ペプチドの探索と評価 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 35回日本医用マススペクトル学会 (シンポジウム)
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2010-09-10
• [学会発表] 血中ペプチドを対象とした各種がんの診断法開発を目指して (2010)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 研究発表会「「がん」に立ち向かう神奈川のバイオベンチャーたち」 (招待講演)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2010-06-24
• [図書] 臨床プロテオミクス-バイオマーカー探索から個別化医療へ-, 第3 章 臨床試料の取り扱い「2.血液(血漿)および生体試液」 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男,朝長毅
  • 総ページ数: 64-69
  • 出版者: 金原出版株式会社
• [図書] 「血清・血漿バイオマーカー探索のための新しい前処理方法の開発」,実験医学別冊(創薬・タンパク質研究のためのプロテオミクス解析) (2010)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男、朝長毅
  • 総ページ数: 98-103
• [産業財産権] METHOD FOR CONCENTRATION OF LOW-MOLECULAR-WEIGHT PROTEINS AND PEPTIDES IN BODY FLUID SAMPLE (2013)
  • 発明者名: Kodera Y. Kawashima Y. Maeda T
  • 権利者名: The Kitasato Institute
  • 産業財産権番号: No.8,399,260
  • 取得年月日: 2013-03-19
• [産業財産権] 体液試料における、低分子量タンパク質及びペプチドの濃縮法 (2010)
  • 発明者名: 小寺義男, 前田忠計, 川島祐介
  • 権利者名: 学校法人北里研究所
  • 産業財産権番号: 特許第4571228 号
  • 取得年月日: 2010-08-20