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配列のアラインメントを求める際に、対象となる配列に同じ記号が連続して現れる傾向があるならば、一般の場合と比較してより高速な手法を用いて得ることができることが知られている。同じ記号の連続する部分をrunと呼ぶことにすると、m個のrunからなる長さMの配列とn個のrunからなる長さNの配列の最適なアラインメントを最長共通部分配列の基準で求めるための最速なアルゴリズムとして、これまでに0(mn log(mn))時間のものと0(mN)時間のものが知られていた。本年度の研究において、後者のアルゴリズムよりも漸近的にかなり高速に動作する0(m n')時間アルゴリズムを開発した。ただし、n'は長さNの配列におけるn個の各runの長さの対数の和である。この研究で得られたアルゴリズムは前者のアルゴリズムで用いられたものと同じ漸化式に基づくものであるが、ある前処理を行った後に漸化式に基づく計算をする点が異なる。このため、前処理の方法を変更すれば、前者のアルゴリズムよりも漸近的にわずかに早い0(mn log(m))時間アルゴリズムとしても動作する。この意味で、前処理がこのアルゴリズムの計算時間におけるボトルネックであるが、より高速な前処理が可能であるか否かを解明することは今後の課題のひとつである。
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