複合体立体構造データを利用した標的蛋白質に結合する化合物群の探索法開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22500274
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 大阪大学 (2011-2012); 奈良先端科学技術大学院大学 (2010)
• 研究代表者: 川端 猛 大阪大学, 蛋白質研究所, 招へい研究員 (60343274)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: バイオインフォマティクス / 構造バイオインフォマティクス

研究概要

結合化合物の2D構造の比較から原子の1対1対応を計算するプログラムkcombuの開発を行った。この方法は最大共通部分構造(MCS)という古典的なアイデアに基づいているが、組み上げ法という高速な近似解法を採用したこと、連結・非連結MCSのほか、より実際の対応に近いTD-MCS(トポロジー距離拘束付き非連結MCS)の計算を実装したことに新規性がある。さらに、このプログラムを用いて、鋳型利用式の立体構造予測法の開発を行った。また、同族蛋白質の異なる化合物の複合体立体構造から、結合化合物の族に共通する特徴、各蛋白質に個別の特徴に関する調査も行った。

研究成果

• [雑誌論文] Build-up algorithmfor atomiccorrespondence betweenchemical structures (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Kawabata
  • 雑誌名: J.Chem.Info.Model. 巻: Vol.51 ページ: 1775-1787
  • 査読あり
• [学会発表] リガンド結合構造の比較モデリング-リガンド類似性・蛋白質相同性の予測精度への影響- (2012)
  • 著者名/発表者名: 川端猛、中村春木
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-21
• [学会発表] 複合体立体構造群を用いたタンパク質キナーゼ阻害剤の構造特徴解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮田雄輔、川端猛
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] The build-up algorithm formatching chemicalsubstructures (2010)
  • 著者名/発表者名: 川端猛
  • 学会等名: 2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 九州大学医学部百年講堂
  • 年月日: 2010-12-14
• [学会発表] a program for matching chemical structures using thebuild-up algorithm (2010)
  • 著者名/発表者名: 川端猛
  • 学会等名: KCOMBU
  • 発表場所: 学術総合センター
  • 年月日: 2010-09-15
• [学会発表] 結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド・蛋白質複合体予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤文彦、川端猛
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-16
• [備考] プログラムkcombuの計算サービス・ソフトウエア配布用WEBサーバ
  • URL: http://strcomp.protein.osaka-u.ac.jp/kcombu