ペア予測から蛋白質―蛋白質相互作用の予測と分類

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22500277
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 独立行政法人医薬基盤研究所
• 研究代表者: シャンダー アハマド 独立行政法人医薬基盤研究所, 創薬基盤研究部, 研究員 (80463298)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: バイオインフォマティクス

研究概要

蛋白質間相互作用部位及び相互作用相手の予測法と、蛋白質複合体を分類するための類似性指標を開発した。方法の中心はニューラルネットワークのアンサンブルを用いる点にある。予測モデルの精度は、クエリー毎にリアルタイムでモデルのトレーニングを行なうことで、著しく向上した。また、訓練データ内に蛋白質Qが存在することで、蛋白質Pの予測精度がどれだけ向上するかをもって、蛋白質PQ間の類似性指標とした。ゲノム解析への応用のため、より高速な予測モデルを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Novel approach for selecting the best predictor for identifying the binding sites in DNA binding proteins (2013)
  • 著者名/発表者名: Nagarajan R, Ahmad S, GromihaM
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: (In Press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distinct transcriptional regulatory modules underlie STAT3's cell type-independent and cell type-specific functions (2013)
  • 著者名/発表者名: Hutchins AP, Diez D, Takahashi Y, Ahmad S, Jauch R, Tremblay ML, Miranda-Saavedra D
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 41(4) ページ: 2155-70
  • URL: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction and experimental validation of a putative non-consensus binding site for transcription factor STAT3 in serum amyloid A gene promoter (2012)
  • 著者名/発表者名: Tiwari P, Tripathi LP, Nishikawa-Matsumura T, Ahmad S, Song SN, Isobe T, Mizuguchi K, Yoshizaki K
  • 雑誌名: Biochim Biophys Acta 巻: 1830(6) ページ: 3650-5
  • URL: http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2013.01.024
  • 査読あり
• [雑誌論文] Partner-aware prediction of interacting residues in protein-protein complexes from sequence data (2011)
  • 著者名/発表者名: Ahmad S, Mizuguchi K
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6(12) ページ: e29104
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of electric moments of RNA-binding proteins: implications for mechanism and prediction (2011)
  • 著者名/発表者名: Ahmad S, Sarai A
  • 雑誌名: BMC Struct Biol 巻: 11 ページ: 8
  • URL: http://doi.org/10.1186/1472-6807-11-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Fernandez M, Kumagai Y, Standley DM, Sarai A, Mizuguchi K, Ahmad S
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Nov 30 ページ: 12 Suppl 13:S5
  • URL: http://doi.org/10.1186/1471-2105-12-S13-S5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Residue propensities, discrimination and binding site prediction of adenine and guanine phosphates (2011)
  • 著者名/発表者名: Firoz A, Malik A, Joplin KH, Ahmad Z, Jha V, Ahmad S
  • 雑誌名: BMC Biochem 巻: 12 ページ: 20
  • URL: http://doi.org/10.1186/1471-2091-12-20
  • 査読あり
• [学会発表] A meta-analysis of public microarray datasets to detect differential expression of heat shock proteins in children (2012)
  • 著者名/発表者名: Shandar Ahmad
  • 学会等名: Biomarker discovery conference
  • 発表場所: Shoal Bay, Australia
  • 年月日: 2012-11-13
• [学会発表] A sliding-probe model for predicting partner aware protein-protein interaction sites (2012)
  • 著者名/発表者名: Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi
  • 学会等名: Genome Informatics Conference (GIW2012)
  • 発表場所: Taiwan
  • 年月日: 2012-11-06
• [学会発表] Predicting Bio-molecular interactions in proteins and nucleic acids, International (2011)
  • 著者名/発表者名: Shandar Ahmad
  • 学会等名: Interdisciplinary science conference
  • 発表場所: Jamia Millia Islamia University, New Delhi, India (invited talk by Shandar Ahmad)
  • 年月日: 2011-11-16
• [学会発表] Statistical analysis and prediction of kinked residue positions in helical membrane proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi
  • 学会等名: Japanese Society of Bioinformatics (JSBI) annual meeting 2010
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2010-11-13
• [学会発表] Michael Llamosa Fernandez, Akinori Sarai and Shandar Ahmad (2010)
  • 著者名/発表者名: Kinase Inhibition Modeling by Proteochemometrics and Docking Analysis
  • 学会等名: Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB 2010)
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2010-07-12
• [学会発表] Sequence-to-structure prediction errors can reveal conformational flexibility in helical membrane proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Shandar Ahmad, Hemjit Singh, Yogesh Paudel, Takaharu Mori, Yuji Sugita and Kenji Mizuguchi
  • 学会等名: Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB 2010)
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2010-07-11
• [学会発表] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins using sequence and evolutionary information (2010)
  • 著者名/発表者名: Michael Llamosa Fernandez, Yutaro Kumagai, Daron Standley, Akinori Sarai, Kenji Mizuguchi, Shandar Ahmad
  • 学会等名: Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB 2010)
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2010-07-11
• [備考] 相互作用残基ペア及び単一の蛋白質相互作用部位を予測するウェブサーバーが開発され公開されている。さらなるソフトウェアとデータを公開予定。現在、投稿準備中。
  • URL: http://tardis.nibio.go.jp/netasa/ppipp/