mRNA発現解析に基づいた、機能未知遺伝子の分類

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22510208
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 新海 暁男 独立行政法人理化学研究所, 機能解析第1研究チーム, チームリーダー (10391989)
• 連携研究者: 上利 佳弘 独立行政法人理化学研究所, 機能解析第1研究チーム, 特別研究員 (50469889)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: 遺伝子発現調節 / X線結晶構造 / 機能発見 / 高度好熱菌 / Thermus thermophilus / 蛋白質 / TetRファミリー / 転写因子

研究概要

DNA上の遺伝情報がmRNAへと写し取られる転写反応は、転写因子と呼ばれる蛋白質によって制御されている場合があり、多くの場合、関連する機能を持つ遺伝子群は同じ転写因子の制御下にある。そこで我々は、機能未知遺伝子の機能を推測するために、Thermus thermophilus HB8株をモデル生物として用い、機能既知遺伝子と同時に転写制御されている機能未知遺伝子を探索した。その結果、4つの新規転写因子に制御されている合計6つの機能未知遺伝子を同定することができた。

研究成果

• [雑誌論文] Structure and function of a TetR family transcriptional regulator, SbtR, from Thermus thermophilus HB8 (2013)
  • 著者名/発表者名: Agari Y, Sakamoto K, Yutani K, Kuramitsu S, Shinkai A.
  • 雑誌名: Proteins 巻: (in press)
  • DOI: doi: 10.1002/prot.24266
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional repression mediated by a TetR family protein, PfmR, from Thermus thermophilus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: Agari Y, Sakamoto K, Kuramitsu S, Shinkai A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 巻: 194(17) ページ: 4630-4641
  • DOI: doi:10.1128/JB.00668-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phenylacetyl-coenzyme A is an effector molecule of TetR family transcriptional repressor PaaR from Thermus thermophilus HB8 (2011)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto K, Agari Y, Kuramitsu S, Shinkai A
  • 雑誌名: J. Bacteriol 巻: 193(17) ページ: 4388-4395
  • DOI: doi:10.1128/JB.05203-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] TetR family transcriptional repressor Thermus thermophilus FadR controls fatty acid degradation (2011)
  • 著者名/発表者名: Agari Y, Agari K, Sakamoto K, Kuramitsu S, Shinkai A
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 157(Pt 6) ページ: 1589-1601
  • DOI: doi:10.1099/mic.0.048017-0
  • 査読あり
• [学会発表] 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株における転写因子の機能解析と機能未知遺伝子の分類 (2013)
  • 著者名/発表者名: 新海暁男
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館、鳥取
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] 分子間ジスルフィド結合を持つThermus thermophilus HB8由来TetRファミリー転写因子TTHA0167の構造と機能 (2012)
  • 著者名/発表者名: 坂本恵子、上利佳弘、倉光成紀、新海暁男
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: マリンメッセ福岡、福岡
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] Thermus thermophilus HB8由来TetRファミリー転写調節因子 PfmRによる転写抑制 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上利佳弘、坂本恵子、倉光成紀、新海暁男
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: マリンメッセ福岡、福岡
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] Functional identification of transcriptional regulators from T. thermophilus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: 新海暁男
  • 学会等名: 第2回モデル生物丸ごと一匹学会
  • 発表場所: SPring-8、兵庫
  • 年月日: 2012-09-29
• [学会発表] Structural and functional analysis of TetR family transcriptional regulator PfmR from Thermus thermophilus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上利佳弘、坂本恵子、新海暁男
  • 学会等名: 第2回モデル生物丸ごと一匹学会
  • 発表場所: Spring-8、兵庫
  • 年月日: 2012-09-29
• [学会発表] Structural and functional analysis of TetR family transcriptional regulator TTHA0167 from T. thermophilus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: 坂本恵子、上利佳弘、新海暁男
  • 学会等名: 第2回モデル生物丸ごと一匹学会
  • 発表場所: SPring-8、兵庫
  • 年月日: 2012-09-29
• [学会発表] Thermus thermophilus PaaR, a TetR family transcriptional repressor, is involved in phenylacetic acid degradation (2011)
  • 著者名/発表者名: 坂本恵子、上利佳弘、倉光成紀、新海暁男
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜、横浜
  • 年月日: 2011-12-15
• [学会発表] 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株をモデル生物とし、転写制御の観点から機能未知遺伝子を分類する:転写因子の機能発見研究と機能未知遺伝子の分類 (2011)
  • 著者名/発表者名: 新海暁男、上利佳弘、坂本恵子
  • 学会等名: 第84回日本生化学大会
  • 発表場所: 京都国際会館、京都
  • 年月日: 2011-09-23
• [学会発表] Study of transcriptional regulatory system of T. thermophilus HB8: Structure and function of two TetR family proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: 新海暁男、上利佳弘、坂本恵子
  • 学会等名: 第1回モデル生物丸ごと一匹学会
  • 発表場所: SPring-8、兵庫
  • 年月日: 2011-08-20
• [学会発表] Functional and structural characterization of the TetR family transcriptional repressor PaaR from Thermus thermophilus HB8 (2011)
  • 著者名/発表者名: 坂本恵子、上利佳弘、倉光成紀、新海暁男
  • 学会等名: 第1回モデル生物丸ごと一匹学会
  • 発表場所: SPring-8、兵庫
  • 年月日: 2011-08-20
• [学会発表] Structural and functional genomics of a model organism Thermus thermophilus HB8: toward functional discovery of functionally unknown proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Shinkai A, Bessho Y, Agari Y, Iino H, Fukui K, Kitamura A, Sakamoto K, Kim K, Masui R, Yokoyama S, Kuramitsu S
  • 学会等名: International Conference on Structural Genomics
  • 発表場所: Chestnut Conference Centre、トロント、カナダ
  • 年月日: 2011-05-13
• [学会発表] 脂肪酸の分解を制御する、高度好熱菌Thermus thermophilus HB8 由来TetR ファミリー転写因子FadR の構造と機能"BMB2010 (2010)
  • 著者名/発表者名: 上利佳弘、上利和子、坂本恵子、倉光成紀、新海暁男
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会・第83回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
  • 年月日: 2010-12-07