等電点無制限RFHR・2D・PAGE による原核生物翻訳系蛋白質の包括的解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22510210
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 株式会社吉田生物研究所 (2012); 株式会社吉田生物研究所(バイオ情報研究部門) (2010-2011)
• 研究代表者: 和田 明 株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 部門長 (80025387)
• 研究分担者: 上田 雅美 株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部, 研究員 (30512511)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: 翻訳 / RFHR法 / プロテオミクス / リボソーム / 100Sリボソーム / 源核生物

研究概要

部門長本研究で等電点無制限RFHR・2D・PAGE の分離能と定量性をさらに向上させ、バクテリアの翻訳系蛋白質の包括的解析に適用した。我々が発見した100Sリボソーム(70Sのニ量体)の形成に関わる蛋白質群に重点を置き、バクテリア15種について解析した結果、バクテリアには二つの異なった100Sリボソームが存在することがわかった。一つは遍在するlongHPF によって形成され、他はγグループのみに存在するRMFによって形成される。

研究成果

• [雑誌論文] Conservation of two distinct types of 100S ribosome in bacteria (2013)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Chieko Wada, Takashi Daifuku, Yoshihiko Sako, Yoshitaka Bessho, Aya Kitamura, Ryosuke L. Ohniwa, Kazuya Morikawa, Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Keiichi Namba and Akira Wada
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 18(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] YqjD is an inner membrane protein associated with stationary-phase ribosomes in Escherichia coli. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Shou Furuike , Akiko Sakai, Masami Ueta, Akira Wada.
  • 雑誌名: J Bacteriol. 巻: 194 ページ: 4173-4183
  • DOI: doi:10.1128/JB.00396-12.
• [雑誌論文] Proteomic Analysis Regarding Resistance to Anticancer Drugs Using a 5-Fluorouracil-Resistant Human Gastric Cancer Cell Line and The Radical-Free and Highly Reducing Method of Two-Dimensional Electrophoresis (PDF) (2011)
  • 著者名/発表者名: A. OGATA, Akira WADA, Masami UETA, H. FUSHITANI, S. TANAKA, K. KIMURA, A. SAKAI, H. YOSHIDA, A. MIYAMOTO, Y. FUJITA and N. TANIGAWA
  • 雑誌名: BULLETIN OF THE OSAKA MEDICAL COLLEGE 巻: 57 ページ: 31-38
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative proteomic analysis of the ribosomes in 5-fluorouracil resistance of a human colon cancer cell line using the radical-free and highly reducing method of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2010)
  • 著者名/発表者名: Kousei Kimura , Akira Wada Masami Ueta , Ogata A, Tanaka S, Sakai A, Yoshida H, Fushitani H, Miyamoto A, Fukushima M, Uchiumi T, Tanigawa N.
  • 雑誌名: Int J Oncol. 巻: 37 ページ: 1271-1278
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron cryomicroscopy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Structure 巻: 9 ページ: 18719-18724
  • DOI: doi:10.1016/j.str.2010.02.017.
  • 査読あり
• [学会発表] バクテリアには保存された二つのタイプの10 0Sリボソームが存在する (2013)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第二回リボソームミーテイング
  • 発表場所: 東京農工大農学部
  • 年月日: 20130328-29
• [学会発表] 100Sリボソーム形成に対するcAMP-CRPの関与 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶, 上田雅美、和田千恵子、和田明、石浜明
  • 学会等名: 第二回リボソームミーテイング
  • 発表場所: 東京農工大農学部
  • 年月日: 20130328-29
• [学会発表] 大腸菌の栄養飢餓環境における遺伝子発現応答 (2012)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史、武内力矢、道瀬ひとみ、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 20121211-14
• [学会発表] Spring-8/SACLA での生体試料イメージング手法の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 別所義隆、城地保昌、木村隆志、渋谷明美、木村彩、上田雅美、和田明、竹内昌治、坂口利文、仁田原翔太、玉腰雅忠、森屋利幸、大島泰郎、西野吉則
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 20121211-14
• [学会発表] バクテリアには二つのタイプの1 0 0S リボソームが存在する (2012)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高史、別所義隆、北村彩、大庭良介、森田一也、難波啓一、和田明
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 20121211-14
• [学会発表] 1 0 0 S リボソーム形成遺伝子rmf のcAMP-CRP による転写調節 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田千恵子、和田明、石浜明
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 20121211-14
• [学会発表] 飢餓的ストレス条件下における細菌の生存戦略 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤貴之、上田雅美、宮田知子、吉田秀司、和田千恵子、和田 明、難波啓一
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 20121211-14
• [学会発表] 真正細菌における二つのタイプの100Sリボソームの比較 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高文、別所義隆、北村彩、大庭良介、森川一也、難波啓一、和田明
  • 学会等名: 第84回日本遺伝学会大会
  • 発表場所: 九州大学医学部100年講堂
  • 年月日: 20120924-26
• [学会発表] 真正細菌には二つのタイプの100Sリボソームが存在する (2012)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、橋本哲男、吉田秀司、左子芳彦、大福高文、別所義隆、北村彩、大庭良介、森川一也、難波啓一、和田明
  • 学会等名: 第14回RNA学会年会
  • 発表場所: 東北大学100周年記念会館
  • 年月日: 20120718-20
• [学会発表] 100Sリボソーム形成遺伝子rmf の転写制御 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田千恵子、和田明、和田明、石浜明
  • 学会等名: 第14回RNA学会年会
  • 発表場所: 東北大学100 周年記念会館
  • 年月日: 20120718-20
• [学会発表] RFHR 2D PAGE によるリボソームの研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 和田明
  • 学会等名: 第1回リボソームミーテイング
  • 年月日: 20120315-16
• [学会発表] Translational hibernation stage への移行機構解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
  • 学会等名: 第1回リボソームミーテイング
  • 年月日: 20120315-16
• [学会発表] Eubacteria における二つのタイプの100Sリボソーム形成 (2012)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、難波啓一、和田明
  • 学会等名: 第1回リボソームミーテイング
  • 年月日: 20120315-16
• [学会発表] 遺伝子破壊株を用いた大腸菌の栄養ストレス応答の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史、道瀬ひとみ、竹内力矢、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] Two mechanisms for 100S ribosome formation in eubacteria (2011)
  • 著者名/発表者名: Ueta Masami, Chieko Wada, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Takashi Daifuku, Yoshihiko Sako, Nammba Keiichi, Akira Wada
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] 内膜およびリボソームに結合する大腸菌タンパク質YqjD の特性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、牧泰史、古池晶、境晶子、上田雅美、和田明
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] Eubacteria におpける二つのタイプの100Sリボソーム形成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、加藤貴之、宮田知子、大福高史、左子芳彦、和田明
  • 学会等名: 第83回日本遺伝学会
  • 発表場所: 京都大学農学部農学研究科
  • 年月日: 20110920-23
• [学会発表] Two types of 100S ribosome formation in eubacteria (2011)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
  • 学会等名: The 16th Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center
  • 年月日: 20110614-18
• [学会発表] Structure of 100S ribosome in the hibernation (2011)
  • 著者名/発表者名: Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Yasushi Maki, Shu Furuike, Masami Ueta, Akira Wada and Keiichi Namba
  • 学会等名: the 16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center
  • 年月日: 20110614-18
• [学会発表] 100Sリボソームの構造rとその特徴 (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 20101207-12
• [学会発表] 3種のグラム陽性細菌が100Sリボソームを形成する (2010)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 20101207-12
• [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史、道瀬ひとみ、竹内力矢、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲冶、森浩禎
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 20101207-12
• [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPF(hibernation promoting factor)ホモログによる100Sリボソーム形成 (2010)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、和田明
  • 学会等名: 第82回日本遺伝学会大会
  • 発表場所: 北海道大学高等教育機能開発総合センター
  • 年月日: 20100920-23
• [学会発表] Cryo-EM により明らかにされた100Sリボソームの特徴 (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、加藤貴之、宮田知子、牧泰史、古池晶、上田雅美、和田明、難波啓一
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 一ツ橋記念講堂
  • 年月日: 20100727-29
• [学会発表] グラム陽性細菌におけるHPF(hibernation promoting factor)ホモログによる100Sリボソーム形成 (2010)
  • 著者名/発表者名: 上田雅美、和田千恵子、吉田秀司、和田明
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 一ツ橋記念講堂
  • 年月日: 20100727-29
• [備考] 株式会社吉田生物研究所のホームページ