哺乳類胚におけるエピゲノム制御のシステムレベルでの解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22510220
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 京都大学 (2012); 独立行政法人理化学研究所 (2010-2011)
• 研究代表者: 熊木 勇一 京都大学, 医学研究科, 助教 (50455341)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: エピゲノム制御 / エピジェネティクス / DNA メチル化 / ヒストン修飾 / システムバイオロジー / バイオインフォマティクス

研究概要

DNA のメチル化は哺乳類の発生に必須であるが、その直接的な機能については未だ不明な点が多い。そこで、 DNA メチル化酵素を欠損した ES 細胞及び分化した中胚葉経細胞、栄養膜幹細胞を用い、野生株細胞と比較し、遺伝子発現及びヒストン修飾のゲノムワイドな解析を行った。その結果、遺伝子発現、ヒストン修飾状態のどちらについても、DNA メチル化の消失よりも主として細胞種の違いに依存すること、遺伝子群により DNA メチル化の消失に対する感受性が異なることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] DNA Methylation Restricts Lineage-Specific Functions of Transcription Factor Gata4 during Embryonic Stem Cell Differentiation (2013)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Oda#, Yuichi Kumaki#, Masaki Shigeta#, Lars Martin Jakt, Chisa Matsuoka, Akiko Yamagiwa, Hitoshi Niwa and Masaki Okano
  • 雑誌名: PLOS Genetics 巻: 9_(in press)
  • DOI: DOI:10.1371/journal.pgen.1003574
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Methylation Is Dispensable for the Growth and Survival of the Extraembryonic Lineages (2010)
  • 著者名/発表者名: Morito Sakaue#, Hiroshi Ohta#, Yuichi Kumaki, Masaaki Oda, Yuko Sakaide, Chisa Matsuoka, Akiko Yamagiwa, Hitoshi Niwa, Teruhiko Wakayama and Masaki Okano
  • 雑誌名: Current Biology 巻: 20 ページ: 1452-1457
  • DOI: DOI:10.1016/j.cub.2010.06.050
  • 査読あり
• [学会発表] Genome-wide analysis of histone modification in DNA methylation deficient cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuichi Kumaki, Akiko Yamagiwa, Chisa Matsuoka and Masaki Okano
  • 学会等名: 第63回日本細胞生物学会大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2011-06-27
• [学会発表] Dnmt 欠損細胞におけるヒストン修飾の ChIP-chip 法による解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 熊木勇一、山際晶子、松岡智沙、岡野正樹
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] Dnmt 欠損細胞におけるヒストン修飾の ChIP-chip 法による解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 熊木勇一、山際晶子、松岡智沙、岡野正樹
  • 学会等名: 第4回エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 米子
  • 年月日: 2010-05-28