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中部琉球に固有のクロイワトカゲモドキでは、現在5亜種が認識され、各亜種の分布は1つから多くて4つの島嶼に限られている。全亜種が環境省と沖縄・鹿児島県から絶滅危惧種の指定を受けばかりでなく、両県から天然記念物に指定されている。他の多くの種と同様に、本種についても、近年の開発よる生息地の減少、移入生物による生態的撹乱、違法な商取引等によりほとんどの個体群が存続の危機に瀕している。しかし、包括的な個体群の遺伝的多様性の評価およびそれに基づく個体群単位での適切な保全は行われていない。
そこで包括的な解析を行うための準備として、本年度は沖縄島を中心に組織サンプルの採集を行った。また、瀬底島、古宇利島、渡嘉敷島、伊江島、久米島においても採集を行った。これらを用いてミトコンドリアDANのチトクロームb遺伝子約1000塩基対の分析を行った。その結果、沖縄島に分布する基亜種内には4つの系列が含まれていることが明らかになった。これら4系列の分布範囲は明瞭な地理的構造を示し、本部半島から国頭村南部にかけて近接していた。さらに、沖縄島本部半島に分布する集団と伊江島のマダラトカゲモドキ個体群はほとんど遺伝的に分化していないことが示された。
これらと並行して、核DNAのマーカーであるマイクロサテライトを分析するため、必要なプライマーの開発にも着手した。濃縮されたDNA断片に対してクローニングを行い、80コロニー分の塩基配列を決定した。そのうち45コロニーの断片でマイクロサテライト配列が確認され、うち16配列に対してプライマーを設計した。
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