超並列フラグメント分子軌道法プログラムライブラリの開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22550015
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 稲富 雄一 九州大学, 情報基盤研究開発センター, 学術研究員 (70437747)
• 研究分担者: 青柳 睦 九州大学, 情報基盤研究開発センター, 教授 (00260026) ; 高見 利也 九州大学, 情報基盤研究開発センター, 准教授 (10270472) ; 眞木 淳 九州先端科学技術研究所, 研究員 (10404047) ; 小林 泰三 九州大学, 情報基盤研究開発センター, 学術研究員 (20467880)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: フラグメント分子軌道法 / 超並列化

研究概要

効率的な超並列実行により高速にフラグメント分子軌道法に基づいた大規模生体分子に対するFMO計算を行うために,超並列FMOプログラムOpenFMOの開発を行った.また,最適化において,計算機科学関連の研究者,技術者の協力が得やすいように,FMOプログラムをモジュール化して,各モジュールの接続部分を設計した.その結果,数万並列でも効率よく並列実行できるプログラムが完成した.また,作成したモジュールを利用することで,効率よく並列FMOプログラムの開発が可能になることが示された.

研究成果

• [雑誌論文] Performance Tuning of Parallel Fragment Molecular Orbital Program (OpenFMO) for Effective Execution on K-computer
  • 著者名/発表者名: Yuichi INADOMI, Jun MAKI, Hiroaki HONDA, Toshiya TAKAMI, Taizo KOBAYASHI, Mutsumi AOYAGI and Kazuo MINAMI
  • 雑誌名: Journal of Computer Chemstry, Japan 巻: (accepted)
  • 査読あり
• [学会発表] Performance improvement of FMO program for effective massively parallel execution on K-computer (2013)
  • 著者名/発表者名: Yuichi Inadomi
  • 学会等名: Invited Oral, International Workshop on Massively Parallel Programming Now in Molecular Science
  • 発表場所: Waseda University, Japan
  • 年月日: 2013-01-28
• [学会発表] Performance Tuning of FMO Code (OpenFMO) for Effective Massively Parallel Execution (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuichi Inadomi, Jun Maki, Hiroaki Honda, Toshiya Takami, Takeshi Nanri, Mutsumi Aoyagi and Kazuo Minami
  • 学会等名: poster, Theory and Applications of Computational Chemistry(TACC-2012)
  • 発表場所: Pavia, Italy
  • 年月日: 20120902-07
• [学会発表] 並列FMOプログラムOpenFMOの性能最適化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 稲富雄一,眞木淳,高見利也,本田宏明,小林泰三,南里豪志,青柳睦,南一生
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告2012-HPC-133,口頭発表
  • 発表場所: 有馬温泉
  • 年月日: 20120326-27
• [学会発表] Optimization of FMO Code (OpenFMO) for Effective Massively Parallel Execution (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuichi Inadomi
  • 学会等名: poster P02, The 4th French-Japanese Workshop on Computational Methods in Chemistry
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 20120305-06
• [学会発表] 並列FMOプログラムOpenFMOの性能最適化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 稲富雄一,眞木淳,高見利也,小林泰三,青柳睦,南一生
  • 学会等名: HPCS2012,ポスター発表 P1-3
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-01-25
• [学会発表] 並列FMOプログラムOpenFMOの超並列化への取り組み (2011)
  • 著者名/発表者名: 稲富雄一,眞木淳,本田宏明,高見利也,小林泰三,西田晃,青柳睦,南一生
  • 学会等名: 第5回分子科学討論会2011 札幌,ポスター発表 1P108
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 20110920-23
• [学会発表] FMO法の超並列化への取り組み (2010)
  • 著者名/発表者名: 稲富雄一,眞木淳,本田宏明,西田晃,高見利也,小林泰三,青柳睦,南一生
  • 学会等名: 第4回分子科学総合討論会2010大阪,ポスター発表2P095
  • 発表場所: 大阪大学豊中キャンパス
  • 年月日: 2010-09-15
• [学会発表] スーパーコンピュータ「京」におけるマスタ・ワーカ型プログラミングモデルの検討
  • 著者名/発表者名: 村井均,南一生,横川三津夫,梅田宏明,佐藤三久,辻美和子,稲富雄一,青柳睦,中島真
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告
  • 発表場所: 福井
• [備考]
  • URL: http://www.openfmo.org/OpenFMO/index.html