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2012 年度 実績報告書

X線結晶構造解析による土壌細菌由来チオシアネート分解系酵素の触媒機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22550147
研究機関東京農工大学

研究代表者

野口 恵一  東京農工大学, 学術研究支援総合センター, 准教授 (00251588)

研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2013-03-31
キーワード環境 / 触媒機構 / タンパク質 / 基質認識 / 結晶構造
研究概要

チオシアネート(SCN-)は工業廃水に多量に含まれる汚染物質であり、その分解系の研究は環境保全のために重要な課題の一つである。多くの植物はSCN-基を含む化合物を有しており、植物が枯死した後のSCN-の分解には土壌細菌が関わっている。従って、土壌細菌のもつSCN-分解系を利用した環境浄化が注目を集めているが、分解を行う酵素系の詳細は明らかにされていない。本研究では、SCN-を硫酸イオン(SO42-)にまで分解する代謝系を有している土壌細菌Thiobacillus thioparus THI115由来チオシアネート加水分解酵素 (SCNase)、および、硫化カルボニル分解酵素(COSase)について、SCN-分解系酵素の変異体、基質複合体の結晶構造解析を行い、これら酵素の触媒機構を原子レベルで明らかにすることを目的として研究を行った。
前年度までに終了した野生型COSase、および、COSaseと基質類似化合物であるSCN-の複合体の構造解析の結果より、COSaseの全体構造はβ炭酸脱水酵素に非常に類似しているが、6本のα-ヘリックスのうちN末端から5番目のα-ヘリックスが活性部位への基質の進入経路を狭めている点がこれまでに結晶構造解析されたβ-CAとは立体構造的には大きく異なる点であることを明らかにした。したがって、COSaseの基質選択には基質経路が大きな役割を果たしていると考えられた。さらに、触媒ポケット中での基質認識に関わるアミノ酸残基としてIle33、Met45、His63、Ala68、Ile82、Leu87などが予想されたが、最近結晶構造が報告された二硫化炭素(CS2)やCOS分解活性を有するAcidianus sp. strain A1-3 由来二硫化炭素加水分解酵素の立体構造との比較から、Ile33が最も関与する可能性が高いことが示差された。

現在までの達成度 (区分)
理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2013 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Carbonyl sulfide hydrolase is an enzyme required for chemolithotrophic growth of Thiobacillus thioparus strain THI115 with thiocyanate2013

    • 著者名/発表者名
      Ogawa T, Noguchi K, Saito M, Nagahata Y, Kato H, Ohtaki A, Nakayama H, Dohmae N, Matsushita Y, Odaka M,Yohda M, Nyunoya H, Katayama Y
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 135 ページ: 3818-3825

    • DOI

      10.1021/ja307735e

    • 査読あり
  • [学会発表] Difference in the substrate recognition among nitrile haydrate family

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Aihara、Masa Sato、Yasuaki Yamanaka、Toshinori Watanabe、Keiichi Noguchi、Masafumi Yohda、Masafumi Odaka
    • 学会等名
      12th Japan-China-Korea Joint Symposium on Enzyme Enginnering
    • 発表場所
      Kanazawa Excel Hotel Tokyu
  • [学会発表] チオシアネート加水分解酵素基質ポケット近傍アルギニン残基の基質特異性への影響

    • 著者名/発表者名
      渡邉俊則、山中保明、荒川孝俊、浪間聡志、中山洋、片山葉子、堂前直、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
  • [学会発表] ニトリルヒドラターゼ触媒機構の時間分割X線結晶構造解析

    • 著者名/発表者名
      山中保明、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学
  • [学会発表] 変異体を用いたチオシアネート加水分解酵素反応機構の解析

    • 著者名/発表者名
      渡邉俊則、山中保明、荒川孝俊、浪間聡志、中山洋、片山葉子、堂前直、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      酵素工学研究会第68回講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
  • [学会発表] Rhodococcus erythropolis N771 由来一酸化窒素合成酵素及び酸化還元酵素様蛋白質の発現と生化学的解釈

    • 著者名/発表者名
      北田亜美、前田悠貴、清水聡史、山中保明、大滝証、金城大進、山田和弘、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      酵素工学研究会第68回講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
  • [学会発表] ニトリルヒドラターゼファミリーの基質認識機構の違い

    • 著者名/発表者名
      相原敬之、佐藤雅、山中保明、渡邉俊則、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      酵素工学研究会第68回講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
  • [学会発表] Functions of Two Strictly Conserved Arginine Residues in Fe-type Hydratase from Rhodococcus erythropolis N771

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Aihara、Yasuaki Yamanaka、Keiichi Noguchi、Masafumi Yohda、Masafumi Odaka
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      Tower Hall Funabori
  • [学会発表] Rhodococcus erythropolis N771由来ニトリルヒドラターゼの触媒機構における必須アルギニン残基の機能

    • 著者名/発表者名
      相原敬之、山中保明、野口恵一、中山洋、堂前直、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
  • [学会発表] Rhodococcus erythropolis N771 由来一酸化窒素合成酵素及び酸化還元酵素様タンパク質の発現と生化学的解析

    • 著者名/発表者名
      北田亜美、前田悠貴、清水敏史、山中保明、大滝証、金城大進、山田和弘、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
  • [学会発表] 活性化タンパク質P15Kによるチオシアネート加水分解酵素成熟化機構の解明

    • 著者名/発表者名
      渡邉俊則、中西拓也、荒川孝俊、堀祥太、中山洋、片山葉子、堂前直、Gumataotao Natarie、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡国際会議場

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公開日: 2014-07-24  

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