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本研究は、家畜化当初の古い特徴を遺伝的に保持している可能性がある日本在来家畜種、特にイヌ・ネコ・ウマに焦点をあて、遺伝的多様性の分析を通じて家畜化の過程を解明することを目的とする。初年度は、以下の3つに重点的に取り組んだ。
(1) 遺伝的サンプルの収集
イヌについては、日本犬保存会・天然記念物柴犬保存会等の協力を得て、各種展示会において口腔細胞を採取した。また、岐阜大学動物病院の協力のもと、イヌとネコの体毛を収集した。これらを通じて、合計100個体以上の貴重なサンプルを集めることができた。一方、ウマについては、木曽馬の血液試料の収集を進めた。これらの口腔細胞・体毛・血液試料などから、市販のキットを用いてDNAを抽出した。
(2) 注目するDNA領域の決定
特にイヌについて、活発な研究がおこなわれてきたミトコンドリアDNAの分析結果と比較する上で重要な、Y染色体DNAのSNP解析に取り組むことを決定した。当初はDNAの増幅が困難であったが、Nested-PCR法に基づくプロトコルを確立した。この他、味覚受容体遺伝子、体毛に関する遺伝子、性決定遺伝子等について予備解析をおこなった。
(3) DNA多型の解析
日本在来犬種のうち、柴犬・紀州犬・四国犬・甲斐犬の4品種に注目して、ミトコンドリアDNAとY染色体DNAの多様性の分析を進めた。甲斐犬に関して、他の3品種と異なるY染色体DNAハプロタイプが発見され、さらなる解析を進めている。
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