タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22570160
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 神谷 成敏 大阪大学, 蛋白質研究所, 招へい研究員 (80420462)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: 構造 / 機能予測

研究概要

効率的に薬剤をデザインするために、タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発を行った。本法は分子動力学シミュレーションから得られた結合自由エネルギーを評価関数とするため、高精度なタンパク質-薬剤複合体の予測が可能である。複数のタンパク質とリガンドの複合体構造予測を行った。その結果、自由エネルギーが安定な複数のクラスタが得られ、全ての系において天然構造が安定なクラスタに含まれることが確認された。以上から、本法は高精度でタンパク質-薬剤複合体構造が予測可能であることが示された。

研究成果

• [雑誌論文] (2013)
  • 著者名/発表者名: N. Kamiya, I. Fukuda, H. Nakamura
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 巻: 568-569 ページ: 26-32
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2012)
  • 著者名/発表者名: I. Fukuda, N. Kamiya, Y. Yonezawa, H. Nakamura
  • 雑誌名: J. Chem. Phys 巻: 137 ページ: 054314
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Higo, J. Ikebe, N. Kamiya, H. Nakamura
  • 雑誌名: Biophys. Rev 巻: 4 ページ: 27-44
  • 査読あり
• [学会発表] Molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water (2012)
  • 著者名/発表者名: N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
  • 学会等名: 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2012-09-24
• [学会発表] Flexible docking between antigen and antibody by multicanonical molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: N. Kamiya, J. Higo, H. Nakamura
  • 学会等名: 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県姫路市
  • 年月日: 2012-09-18
• [学会発表] 抗原-抗体間のフレキシブルドッキング・マルチカノニカル分子動力学シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 神谷成敏、肥後順一、中村春木
  • 学会等名: 日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 大阪府吹田市
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] Conformational transitions in the CDRH3 region of the antidansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: N. Kamiya, J. Ikebe, K. Umezawa, Y. Yonezawa, J. Higo, H. Nakamura
  • 学会等名: 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市
  • 年月日: 2010-09-20