研究課題
本研究は『ニワトリの国際スタンダードSNPマーカー作製およびその解析システムを構築すること』を目的とし、96組のニワトリ国際スタンダードSNPマーカー作製と解析システムを構築するとともに、DigiTag2法によるSNPs解析を設計したSNPマーカーに対して実施し、ヤケイおよびニワトリにおける利用の実現性を確認するとともに、利用上の問題点を検討した。DigiTag2法を利用し、14集団239羽を用いてSNPタイピングした。その結果、これらのサンプルに対して96セットのSNPのうち74SNPについてSNPタイピングすることができた。これらの遺伝子頻度から算出した総合同値確率(P)は、P=2.70×10^-20となった。全世界の鶏飼育羽数は1.85×10^10羽（2009年）である。このことから、74SNP124羽の解析で世界中で飼育されているニワトリ及びヤケイ全てを本システムを使ってタイピングすることで、ニワトリの個体識別が理論的に可能であることが示唆された。さらにSTRUCTUREを用いた集団解析の結果、用いた14集団は遺伝学的に16の集団、つまりアローカナと小国に品種内の多様性がみられた。一方、EIGENSTRATによる主成分分析の結果、セキショクヤケイ以外のヤケイと、セキショクヤケイ及びニワトリの大きく2つの集団に分かれた。これらの結果からニワトリ成立過程でセキショクヤケイの関与がもっとも大きなこと、トサジドリがセキショクヤケイと最も近縁であることが明らかとなった。本研究で構築したSNP解析システムはニワトリおよびヤケイの集団構造を解析するために有効であり、品種鑑別ならびに個体識別の可能性も示唆された。この成果から，イノシシおよびブタについてのSNPマーカー作成についても試みた。
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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