| 研究課題/領域番号 |
22590300
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| 研究機関 | 山形大学 |
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研究代表者 |
田宮 元 山形大学, 医学部, 教授 (10317745)
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| 研究分担者 |
植木 優夫 山形大学, 医学部, 助教 (10515860)
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| 研究期間 (年度) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| キーワード | 遺伝子×遺伝子相互作用 / SNPs / ゲノムワイド関連解析 / 変数選択 / モデル選択 / 高次元変数選択 / SNP-GWAS |
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| 研究概要 |
多因子疾患の標準的なSNP-GWAS（ゲノムワイド関連解析）データを網羅的に用いて、「遺伝子×遺伝子相互作用」を検出するための、新しい遺伝統計学的手法を開発することを目的として研究を行った。研究計画は、ゲノムワイド遺伝子×遺伝子相互作用解析に、１）罰則付回帰分析を適用した遺伝統計手法を開発し、２）一般的な計算機資源で実行可能なソフトウェアツールを開発し公開するというものであった。実際に、研究期間内に、罰則付回帰分析と周辺回帰を組み合わせた高次元変数選択の手法（Sure Independence Screening; SIS）の手法をゲノムワイド遺伝子×遺伝子相互作用解析に適用した遺伝統計アルゴリズムを開発し、それを安価なGPGPU環境（General Purpose Graphic Processing Unit）で実装し、5000人×50万SNPのGWASデータ（WTCCCより取得）で網羅的な相互作用検索を数時間以内に実行するソフトウェアプログラムを開発した。本研究の成果は、申請者を最終著者としてBMC Bioinformatics 2012; 13(1):72にて論文出版が行われており、特許出願も行った。また、実際に、高次元変数選択の手法を疾患データに適用した研究として、J Allergy Clin Immunol. 2012; 129(5): 1413-6にて論文出版を行っている。以上の内容につき、国内外での複数の関連学会で発表した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
理由
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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