ゲノムワイド遺伝子×遺伝子相互作用解析法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22590300
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 山形大学
• 研究代表者: 田宮 元 山形大学, 医学部, 教授 (10317745)
• 研究分担者: 植木 優夫 山形大学, 医学部, 助教 (10515860)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: SNP-GWAS / SNPs / ゲノムワイド関連解析 / モデル選択 / 変数選択 / 遺伝子×遺伝子相互作用 / 高次元変数選択

研究概要

多因子疾患の標準的な SNP-GWAS(ゲノムワイド関連解析)データを網羅的に用いて、「遺伝子×遺伝子相互作用」を検出するための、新しい遺伝統計学的手法を開発することを目的として、周辺回帰と罰則付回帰分析とを組み合わせた高次元変数選択の手法をゲノムワイド遺伝子×遺伝子相互作用解析に適用した遺伝統計アルゴリズムを開発した。また、それを安価な環境で実装し、 5000人× 50万 SNPの GWASデータで網羅的な相互作用検索を数時間以内に実行するソフトウェアプログラムを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Association of breast-fed neonatal hyperbilirubinemia with UGT1A1 polymorphisms: 211G>A (G71R) mutation becomes a risk factor under inadequate feeding (2013)
  • 著者名/発表者名: Sato H, Uchida T, Toyota K, Kanno M, Hashimoto T, Watanabe M, Nakamura T, Tamiya G, Aoki K, Hayasaka K.
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 58(1) ページ: 7-10
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2012.116
  • 査読あり
• [雑誌論文] Constructinga contemporary gene-environmental cohort: study design of the Yamagata Molecular Epidemiological Cohort Study (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamagata University Genomic CohortConsortium. Tamiya G、UekiM, 他57名
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 58(1) ページ: 54-56
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2012.128
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of melanogenesis genes with skin color variation among Japanese females (2013)
  • 著者名/発表者名: Abe Y, Tamiya G, Nakamura T, Hozumi Y, Suzuki T.
  • 雑誌名: J Dermatol Sci 巻: 69(2) ページ: 167-172
  • DOI: DOI:10.1016/j.jdermsci.2012.10.016
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of a Monoclonal Antibody Specifically Reacting with Neuron-specific TATA-Box Binding Protein-Associated Factor 1 (N-TAF1) (2013)
  • 著者名/発表者名: Makino S, Masuda C, Ando S, Tamiya G, Tooyama I.
  • 雑誌名: Antibodies 巻: 2 ページ: 1-8
  • DOI: DOI:10.3390/antib2010001
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ultrahigh-dimensional variable selection method for whole-genome gene-gene interaction analysis (2013)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 13 ページ: 72
  • DOI: DOI:10.1186/1471-2105-13-72
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved statistics for genome-wide interaction analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Cordell HJ.
  • 雑誌名: PLoS Genet 巻: 8(4) ページ: e1002625
  • DOI: DOI:10.1371/journal.pgen.1002625
  • 査読あり
• [雑誌論文] HLA-A*0206 with TLR3 polymorphisms exerts more than additive effects in Stevens-Johnson syndrome with severe ocular surface complications (2012)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Tokunaga K, Sotozono C, Sawai H, Tamiya G, Inatomi T, Kinoshita S.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7(8) ページ: e43650
  • DOI: DOI:10.1371/journal.pone.0043650
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epistatic interaction between Toll-like receptor 3 (TLR3) and prostaglandin E receptor 3 (PTGER3) genes (2012)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Tamiya G, Tokunaga K, Sotozono C, Ueki M, Sawai H, Inatomi T, Matsuoka T, Akira S, Narumiya S, Tashiro K, Kinoshita S.
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol 巻: 129(5) ページ: 1413-1416
  • DOI: DOI:10.1016/j.jaci.2012.01.069
  • 査読あり
• [雑誌論文] UBR5 Gene Mutation Is Associated with Familial Adult Myoclonic Epilepsy in a Japanese Family (2012)
  • 著者名/発表者名: Kato T, Tamiya G, Koyama S, Nakamura T, Makino S, Arawaka S, Kawanami T, Tooyama I.
  • 雑誌名: ISRN Neurol 巻: 2012 ページ: 508308
  • DOI: DOI:10.5402/2012/508308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sustained expression of a neuron-specific isoform of the Taf1 gene in development stages and aging in mice (2012)
  • 著者名/発表者名: Jambaldorj J, Makino S, Munkhbat B, Tamiya G.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 425(2) ページ: 273-277
  • DOI: DOI:10.1016/j.bbrc.2012.07.081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Automatic grouping using smooth-threshold estimating equations (2011)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Kawasaki Y.
  • 雑誌名: Electron J Statist 巻: 5 ページ: 309-328
  • DOI: DOI:10.1214/11-EJS608
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impaired Glucose Metabolism Slows Executive Function Independent of Cerebral Ischemic Lesions in Japanese Elderly: The Takahata Study (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Y, Iseki C, Wada M, Momma T, Ueki M, Kawanami T, Daimon M, Suzuki K, Tamiya G, Kato T.
  • 雑誌名: Intern Med 巻: 50(16) ページ: 1671-1678
  • DOI: DOI:10.2169/internalmedicine.50.4871
  • 査読あり
• [雑誌論文] Polymorphism of proinflammatory cytokine genes and albuminuria in the Japanese general population: the Takahata study (2011)
  • 著者名/発表者名: Mashima Y, Konta T, Kudo K, Suzuki K, Ikeda A, Ichikawa K, Shibata Y, Watanabe T, Tamiya G, Kato T, Kawata S, Kubota I.
  • 雑誌名: Nephrol Dial Transplant 巻: 26(12) ページ: 3902-3907
  • DOI: DOI:10.1093/ndt/gfr105
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノムコホート研究の理論的側面 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田宮元,植木優夫,中村智洋
  • 雑誌名: HORMONE FRONTIERINGYNECOLOGY 巻: 18(1) ページ: 27-34
  • URL: http://m-review.co.jp/magazine/detail/J17_18_01
  • 査読あり
• [雑誌論文] Boosting local quasi-likelihood estimators (2010)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Fueda K.
  • 雑誌名: Ann Inst StatMath 巻: 62(2) ページ: 235-248
  • DOI: DOI:10.1007/s10463-008-0173-5
  • 査読あり
• [学会発表] Genome-wide gene-gene interaction analysis based on ultrahigh-dimensional variable selection (2012)
  • 著者名/発表者名: Ueki M.
  • 学会等名: 5th International Conference of the ERCIM WG on COMPUTING & STATISTICS (ERCIM 2012)(招待講演)
  • 発表場所: オビエドカンファレンスセンター(オビエド・スペイン)
  • 年月日: 20121201-20121203
• [学会発表] Molecular evolution of IZUMO1 and CD9; genes involved in reproductive fitness (2012)
  • 著者名/発表者名: Tamiya G.
  • 学会等名: International Symposium on the Mechanisms of Sexual Reproduction in Animals and Plant. Joint Meeting of the 2nd Allo-Authentication Meeting and the5th Egg-Coat Meeting (MCBEEC)
  • 発表場所: ホテル名古屋ガーデンパレス(名古屋)
  • 年月日: 20121112-20121116
• [学会発表] adaptiveデザインのゲノム疫学研究への適用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中村智洋
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第57回大会
  • 発表場所: 京王プラザホテル(東京)
  • 年月日: 20121024-20121027
• [学会発表] 高次元変数選択法によるゲノムワイド遺伝子-遺伝子および遺伝子-環境相互作用解析法 (2012)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第57回大会
  • 発表場所: 京王プラザホテル(東京)
  • 年月日: 20121024-20121027
• [学会発表] 役に立つ集団遺伝学 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田宮元
  • 学会等名: 第5回生殖研究若手の会
  • 発表場所: 東京大学三崎臨海実験所(神奈川)
  • 年月日: 20120726-20120728
• [学会発表] A machine learning approach for genome-wide interaction analysis (2010)
  • 著者名/発表者名: Ueki M.
  • 学会等名: the 60th annual meeting of the American Society for Human Genetics
  • 発表場所: D.C.コンベンションセンター(ワシントン D.C.・アメリカ)
  • 年月日: 20101102-20101106
• [学会発表] Neuron-specific enhanced expression of TAF1 and its isoform (2010)
  • 著者名/発表者名: Makino S.
  • 学会等名: the 60th annual meeting of the AmericanSociety for Human Genetics
  • 発表場所: D.C.コンベンションセンター(ワシントン D.C.・アメリカ)
  • 年月日: 20101102-20101106
• [学会発表] Variable Selection in Discrete Choice Models (2010)
  • 著者名/発表者名: Kawasaki Y.
  • 学会等名: American Statistical Association
  • 発表場所: カナダプレイス(バンクーバー・カナダ)
  • 年月日: 20100731-20100805
• [備考]
  • URL: http://www.genetix-h.com/~AMERI/index.html