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先の萌芽研究により、鯖蝕経験のない群と齲蝕経験の多い群とでそれぞれのプラークの細菌叢に有意な違いがあることが明らかとなり、さらに、齲蝕経験のない群のプラーク細菌叢では齲蝕経験の多い群に比べて、X属の細菌の占める割合が大きいことがわかった。本研究では、まず、X属の細菌に着目し、両者のプラークにおけるX属の細菌種の分布を調べた。X属には数種類の菌種が知られている。X属に特異的な16S rRNA部位の配列をプライマーとして設計し、先の萌芽研究の各被験者のDNAをテンプレートとして16S rRNA遺伝子断片を増幅し、クローンライブラリーを作製した。齲蝕経験のない9名と齲蝕経験の多い10名に対して各々10クローンずつ抽出し、塩基配列を決定してその細菌種を特定したところ、齲蝕経験のない群については9名中8名から1菌種のみが検出され、残りの1名からは2菌種が検出された。さらに興味深いことに、8名から検出された菌種はすべて同一のものであった。一方、齲蝕経験の多い群では、10名中7名から複数の菌種が検出され、そのうち2菌種が検出されたのが5名、3菌種が検出されたのが2名であった。齲蝕経験のない群と齲蝕経験の多い群のプラーク細菌叢では、X属の細菌の構成割合が異なるのみならず、細菌種の分布にも違いがあることが明らかとなった。
次に、被験者からのX属細菌種の分離同定を試みた。縁上プラークを採取し、コロンビアCNAヒツジ血液寒天培地に塗沫し、コロニー形態を参考にして釣菌し、16S rRNA遺伝子の塩基配列を決定した。分離同定を試みた14名の被験者のうち、9名からX属の細菌を分離することに成功した。
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