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大阪湾環境再生連絡会が主催する「第５回大阪湾生き物一斉調査」（平成24年6月2・3日実施）に参画し、市民団体による調査を博物館の立場でサポートした。この調査には湾内21地域において1328名が参加した。前年と比べると3地域、397名増加した。このうち13地域から講師派遣の依頼があり、大阪湾海岸生物研究会から16名の講師を派遣した。実施に先立って、調査のリーダーを対象に和歌山市加太海岸などで合計3回の生物観察に関する研修を実施し、大阪市立自然史博物館の学芸員3名が指導に当たった。調査の結果、合計503種の生物が記録され、前年度と比べると111種も増加した。その中には62種の貴重種（レッドリスト掲載種など）が含まれていた。今回は「外来種」をテーマとして取り組んだ結果、湾奥部に外来種が顕著に多い傾向を明らかにすることができた。一斉調査の成果は、
平成25年度が大阪湾再生行動計画の最終年となることから、この年度を大阪湾フォーラムや大阪湾生き物一斉調査の総仕上げの年と位置づけ、当博物館において大阪湾をテーマとした特別展を開催することとした。また、大学関係者とともに国土交通省、市民団体に呼びかけて、その前年からの２年間を「大阪湾Years 2012-2013」とする枠組みを創出した。特に博物館・水族館関係者に対しては、平成25年度中に各館園が大阪湾をテーマとした展示を企画することを呼びかけ、7館園が連携して「大阪湾Years連携企画展」を開催する運びとなり、共通のポスターも制作した。地域の博物館・水族館が同一年度に共通のテーマで企画展示を開催することは画期的であるとの評価を得ている。
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