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2011 年度 実績報告書

DNAチップのプローブ核酸として優れた特性を持つ新規人工核酸の理論設計

研究課題

研究課題/領域番号 22650061
研究機関豊橋技術科学大学

研究代表者

栗田 典之  豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (40283501)

キーワードDNAチップ / 人工核酸 / プローブ核酸 / 電流検出型 / 電気伝導特性 / DFT / Green関数 / シミュレーション
研究概要

1.金電極とDNA2重鎖間の接続構造を変化させた場合め電流電圧特性への影響の解析
密度汎関数(DFT)法に基づく高精度分子軌道法と非平衡Green関数法を組み合わせ、分子の電流電圧特性を、周囲に存在する水分子を考慮して高精度に解析できる分子シミュレーション手法を開発した。金電極のモデルとしてAu原子44個から成るクラスターを採用し、この電極をDNA2重鎖の両端に付加し、様々な接続構造に対し、DNA2重鎖の電気伝導度を計算した。その結果、DNA塩基にスタックするように金電極を接続させた場合に、より伝導度が高くなることを明らかにした。また、スタッキングの距離の僅かな変化により、伝導度が大きく変化することも明らかになった。
2.人工核酸塩基を含む人工DNA2重鎖の安定構造及び電流電圧特性の解析
高い電荷移動効率を持つ人工核酸が実験で合成され、それらの人工核酸を含む人工DNA2重鎖が高い電気伝導度を持つことが明らかにされている。本研究では、まず、既存の人工核酸塩基を含むDNA2重鎖の伝導度を解析し、実験結果を定性的に説明できる結果を得た。さらに、新規の人工核酸塩基を実験に先駆けて提案し、それらを含む人工DNA2重鎖の構造と伝導特性を解析し、従来よりも伝導特性に優れた新規の人工DNA2重鎖を提案した。
3.様々な低分子の電気伝導特性の高精度解析
本研究で開発した高精度な伝導度計算プログラムを用い、様々な構造の低分子の電気伝導度を解析し、実験で得られた伝導特性を定性的に説明できる結果を得た。特に、低分子と電極間の接続構造、及び低分子周囲の水和水が、伝導度に大きな影響を与えることを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

予定していた研究が順調に進み、3編の論文を、査読付きの国際学術誌に発表することができ、研究が予定通りに順調に進んでいると評価できる。

今後の研究の推進方策

現在、DNA2重鎖の長さを拡張した2重鎖の伝導特性を解析しようとしているが、計算にはかなりの計算機資源と時間が必要であり、今後、より計算速度に優れた計算手法を導入し、より効率的な解析を行いたいと考える。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Effect of hydration on electrical conductivity of DNA duplex : Green's function study combined with DFT2012

    • 著者名/発表者名
      Maeda, Y.; Okamoto, A.; Hoshiba, Y; Tsukamofo, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      巻: 53 ページ: 314-320

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A combined nonequilibrium Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of artificial DNA duplexes2012

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.; Maeda, Y; Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Computational Materials Science

      巻: 53 ページ: 416-424

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A combined Green's function/density-functional theory study of electrical conducting properties of single molecules tethered to Au electrodes2012

    • 著者名/発表者名
      Hoshiba, Y.; Maeda, Y.; Hamada, K.; Fukuoka, S.; Ishikawa, Y.; Kurita, N.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 521 ページ: 39-44

    • 査読あり
  • [学会発表] 密度汎関数法による人工核酸塩基を含むDNA2重鎖の電気伝導特性の解析2011

    • 著者名/発表者名
      岡本晃澄, 前田躍, 干場靖浩, 清水栄佑, Y.Ishikawa, 栗田典之
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2011-09-21
  • [備考]

    • URL

      http://kservice.klab.cs.tut.ac.jp/

URL: 

公開日: 2013-06-26  

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