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本プロジェクトは、コーディング遺伝子のプロモーター領域をターゲットとした合成RNAを使用しています。私はプロジェクトの最初の段階でsaRNA(小分子活性化RNA)とagRNAs(アンチジーンRNA)のメカニズムに関する文献を詳しく調べました。現在の学説によれば、これらのRNAは双方向性プロモーター活性によって生成されるアンチセンスRNAをターゲットとすることで遺伝子の活性化を誘導するとされています。
私はさらに進んで、1.既にプロモーターをターゲットとするRNAによって引き起こされると報告されているポジティブコントロール、2.双方向性プロモーター活性の証拠がある追加の遺伝子座、3.双方向性プロモーター活性の証拠のない追加の遺伝子座を含むいくつかの遺伝子のコーディング領域をターゲットとする合成RNAを設計しています。
私はまた、センス転写物および想定されるアンチセンス転写物の両方を調べるためのqRTPCRプライマーを設計しました。
プロジェクトの最初の段階として、現在、リポフェクション試薬を使用した一過性トランスフェクションにより、これらのRNAをテストし始めています。また、追加の一連のポジティブコントロールとして、いくつかの遺伝子座に対するsiRNAを加え、確実にリポフェクションが作用し、適切なレベルの合成RNAが細胞内に入ることを確認するためのプライマーも設計しました。
より医学的に意味のある研究にするため、私は幹細胞の維持とインシュリン生産にかかわる遺伝子を加えました。幹細胞とインシュリンを発現している細胞の中の鍵遺伝子のプロモーターのアンチセンス鎖から合成される転写物をターゲットとしていますが、これはこれらの転写物が医学的に幹細胞再生(iPS)および糖尿病と関連しているためです。
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