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2011 年度 実績報告書

揺らぐ環境にある生体分子における機能発現機構の「頑健性」の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22654047
研究機関奈良女子大学

研究代表者

戸田 幹人  奈良女子大学, 理学部, 准教授 (70197896)

研究分担者 福水 健次  統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (60311362)
高見 利也  九州大学, 情報基盤研究開発センター, 准教授 (10270472)
キーワード時系列解析 / カーネル法 / 生体分子 / 機能発現 / 天然変性タンパク質 / 動力学 / 不変多様体 / 大自由度カオス
研究概要

(1)階層的集団運動を抽出するデータマイニングの展開と有効性の検証
ウエーブレットによりゆっくりした振動成分を抽出し、このように抽出された集団運動に対して、その動的な挙動の解析に向けて、カーネル相関解析・特異値分解により、集団運動の動力学を抽出する「データマイニング」の方法を展開した。またランダム行列の特異値分布の厳密な解析理論を展開し、量子カオス系の時系列データに応用し、その有効性を検証した。
(2)階層的集団運動の時系列データに対する統計的相関・因果推論
大自由度の「ランダム力学系」による時系列データから、「頑健」な機能発現を可能とする動力学的相関・因果関係を抽出するため、統計科学の新たな展開、特にカーネル最適化の方法である半正定値行列計画法の応用を探求した。特にカーネル主成分解析に実際に有効であることを確かめつつある。
(3)大自由度力学系の相空間構造・不変集合による階層的集団運動の解析
不変集合と、それらに対し漸近的に接近・離反する「安定・不安定集合」、これら「不変集合」相互間のつながり等、階層的な集団運動の動力学的メカニズムを、法双曲的不変多様体の崩壊に基いて理解する方法を展開した。その方法を、電場と磁場の下にある水素原子のイオン化のモデルに応用し、その有効性を検証した。古典力学での解析に加えて、量子系の解析も検討しつつある。
(4)具体的な生体分子の分子動力学計算への応用
ダイアラニン、シニョリン、ミオグロビン、SNaseなどのポリペプチドやタンパク質の分子動力学計算による時系列データに対して、上記の解析方法を応用しつつある。また生体分子に限らず、炭素クラスターの強レーザー場中の挙動の解析など、様々な化学反応系に時系列解析を応用し、基礎科学・応用科学としての広がりを示しつつある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究の鍵となるのは、ウエーブレット変換に依る集団運動の抽出とその変遷の解析である。種々の生体分子の時系列に対して、この方法の有効性を確認しつつあり、当初の予定通りに進展している。

今後の研究の推進方策

今後の進展の鍵となるのは、カーネル法による非線形統計解析である。カーネル法は極めて一般的な枠組みであるが、具体的な応用における指針の面で不十分なところがある。この点における打開策として期待できるのが、近年になって提唱されている半正定値行列計画法の応用である。この方法に依るカーネル主成分解析は順調な結果を出しており、この方向を今後追求する。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (15件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Nanosecond simulations of the dynamics of C60 excited by intense near-IR laser pulses : Impulsive Raman excitation, rearr angement, and fragmentation2012

    • 著者名/発表者名
      N.Niitsu, M.Kikuchi, H.Ikeda, K.Yamazaki, M.Kanno, H.Kono, K.Mitsuke, M.Toda, K.Nakai
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys.

      巻: 136 ページ: 164304(12)

    • DOI

      10.1063/1.4704896

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of motion features for molecular dynamics simulation of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M. Kamada, M. Toda, M. Sekijima, M. Takada and K. Joe
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: Vol. 502 ページ: 241-247

    • DOI

      DOI: 10.1016/j.cplett.2010.12.028

  • [雑誌論文] A dynamical switching of a reaction coordinate to carry the system through to a different product state at high energies2011

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, M. Toda and T. Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: Vol.106 ページ: 054101

    • DOI

      DOI: 10.1103/PhysRevLett.106.054101

  • [雑誌論文] Asymptotic analysis of singular values of rectangular complex matrices in the Laguerre and fied-trace ensembles2011

    • 著者名/発表者名
      S.Adachi, H.Kubotani, M.Toda
    • 雑誌名

      Journal of Physics A

      巻: 44 ページ: 292002(8)

    • DOI

      10.1088/1751-8113/44/29/292002

    • 査読あり
  • [学会発表] 分子階層モデルを使った量子ダイナミクスII2012

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-26
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象II2012

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈, 郡宏, 佐藤譲, 島伸一郎, 戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学(ポスター)
    • 年月日
      2012-03-25
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析22012

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
  • [学会発表] 局所スペクトルを用いた大自由度力学系の解析2012

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-2012

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2012-03-24
  • [学会発表] Fractional behavior in chemical reaction processes involving complex systems2012

    • 著者名/発表者名
      M.Toda
    • 学会等名
      International Workshop on Anomalous Statistics, Generalized Entropies, and Information Geometry
    • 発表場所
      Nara, Japan(Invited Talk)
    • 年月日
      2012-03-07
  • [学会発表] Time series analysis of molecular dynamics simulation : Collective behavior and configuration changes2011

    • 著者名/発表者名
      K.Fuji, M.Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia(poster)
    • 年月日
      20110626-20110710
  • [学会発表] 分子動力学の時系列データ解析-生体分子の複雑な動きとその意味-2011

    • 著者名/発表者名
      富士香奈、関嶋政和、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学(ポスター)
    • 年月日
      2011-09-24
  • [学会発表] 大域結合位相振動子系における遷移現象について2011

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈, 郡宏, 佐藤譲, 島伸一郎, 戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学(ポスター)
    • 年月日
      2011-09-24
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析2011

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-23
  • [学会発表] 法双曲不変多様体崩壊の量子力学的兆候2011

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-22
  • [学会発表] 分子階層モデルを使った生体分子の量子ダイナミクス2011

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山大学
    • 年月日
      2011-09-21
  • [学会発表] Exploring feature extraction method for time series data obtained by molecular dynamics simulation2011

    • 著者名/発表者名
      M. Kamada, M. Toda, M. Hayashida, A. Robertazzi, E. W. Knapp and T. Akutsu
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics : Conformational change and movement of the side chain2011

    • 著者名/発表者名
      K.Fuji, M.Sekijima, M.Toda
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(英語口頭)
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] Time series analysis using wavelet for molecular dynamics on of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      M.Toda
    • 学会等名
      8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS
    • 発表場所
      Maribor, Slovenia(Invited talk)
    • 年月日
      2011-07-09
  • [図書] Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      D.M.Leitner, Y.Matsunaga, A.Shojiguchi, C-B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • 総ページ数
      83-122
    • 出版者
      John Willey
  • [図書] Dynamical Reaction Theory based on Geometric Structures in Phase Space, Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      S.Kawai, H.Teramoto, C-B.Li, T.Komatsuzaki, M.Toda
    • 総ページ数
      123-169
    • 出版者
      John Willey
  • [図書] Ergodic Problems for Real Complex Systems in Chemical Physics, Adv.Chem.Phys., Vol.1452011

    • 著者名/発表者名
      A.Baba, S.Kawai, M.Toda, J.E.Straub, R.S.Berry
    • 総ページ数
      171-220
    • 出版者
      John Willey

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公開日: 2013-06-26  

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