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2012 年度 実績報告書

揺らぐ環境にある生体分子における機能発現機構の「頑健性」の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22654047
研究機関奈良女子大学

研究代表者

戸田 幹人  奈良女子大学, 自然科学系, 准教授 (70197896)

研究分担者 高見 利也  九州大学, 情報基盤研究開発センター, 准教授 (10270472)
福水 健次  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (60311362)
研究期間 (年度) 2010-10-20 – 2013-03-31
キーワード生体分子 / 機能発現 / 分子機能 / 階層性 / 集団運動 / カーネル法 / 不変多様体 / 分岐現象
研究概要

本研究の目的は、非平衡非定常な環境において、生体分子の機能が頑健に発現する動力学的機構を解明する事である。生体分子の機能とは、揺らぐ外界のもとで、刺激に対する応答としての階層的集団運動が、分子自身の非線型動力学により頑健かつ自発的に形成され、それがさらに一連の構造変化・化学反応を動的に誘起することである。本研究では、計算科学・統計科学・非線型物理の学際的共同研究により、下記の課題に取り組んだ。(1)分子動力学計算で得られる大規模時系列データから階層的集団運動を抽出する「データマイニング」の開拓:タンパク質分子の分子動力学データに対し、ウエーブレットにより集団運動的な振動を取り出すことができた。さらに抽出された集団運動に対して、その動的な挙動の解析に向け、特異値分解などの手法を駆使し、集団運動の動力学を抽出する「データマイニング」の方法を開拓しつつある。
(2)「データマイニング」で抽出された階層的集団運動に対して相関・因果関係を解析する統計的因果推論の構築:従来、時系列の因果性の解析は、定常性など限定的な状況でなければ困難だと思われてきた。しかし近年、福水らが中心となりカーネル非線形回帰分析にもとづいて因果関係を推定する方法論が展開されている。本研究では、これらの理論に依拠しながら、実際のデータ解析で重要となる原像問題・カーネル最適化問題に取り組み、従来の方法が不十分であることを明らかにした。
(3)大自由度非線型力学系の不変集合解析による「粗視化」とそれに基づく階層的アルゴリズムの開発:大自由度力学系における階層的集団運動の特徴、時空間スケールにおける階層性の起源など、非平衡現象における集団運動を不変集合に基づいて研究した。特に「法双曲性の破れによる分岐現象」の存在を明らかに、この分岐現象が、反応座標の切り替わり等、力学系の階層構造の変化に帰結することを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (15件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 大自由度力学系の集団運動抽出に向けた問題提起-化学反応動力学の観点から-2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 雑誌名

      数理研講究録

      巻: Vol.1827 ページ: 154-170

    • URL

      http://www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~kyodo/kokyuroku/contents/pdf/1827-15.pdf

  • [雑誌論文] Fluctuations of Healthy and Unhealthy Heartbeat Intervals2013

    • 著者名/発表者名
      Boon Leong Lan and Mikito Toda
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: Vol.102 ページ: 18002

    • DOI

      DOI: 10.1209/0295-5075/102/18002

  • [雑誌論文] Time series analysis of molecular dynamics simulation using wavelet2012

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 雑誌名

      PROCEEDINGS OF THE 8th International Summer School/Conference LET'S FACE CHAOS THROUGH NONLINEAR DYNAMICS

      巻: Vol.1468 ページ: 367-374

    • DOI

      DOI: 10.1063/1.4745595

  • [雑誌論文] Nanosecond simulations of the dynamics of C60 excited by intense near-IR laser pulses: Impulsive Raman excitation, rearrangement, and fragmentation2012

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Niitsu, Miyu Kikuchi, Hayato Ikeda, Kaoru Yamazaki, Manabu Kanno, Hirohiko Kono, Koichiro Mitsuke, Mikito Toda, and Katsunori Nakai
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 136 ページ: 164304(12pages)

    • DOI

      10.1063/1.4704896

    • 査読あり
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析4

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
  • [学会発表] シグナル伝達に関与するPDZドメインの分子動力学データに対する時系列解析

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象V

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析─集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る─III

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
  • [学会発表] 法双曲的不変多様体崩壊の量子的兆候

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      広島大学
  • [学会発表] Stationary Lagrangian Coherent Structureによる化学反応動力学の理解

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会
    • 発表場所
      立命館大学
  • [学会発表] Time-series analysis for protein dynamics using discrete wavelet transform with kernel canonical correlation analysis

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Kamada, Mikito Toda, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
  • [学会発表] The time series analysis of molecular dynamics data about PDZ domain in synapse

    • 著者名/発表者名
      Naoko Kishida, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
  • [学会発表] Time-series analysis of molecular dynamics: Conformational change and dynamics of collective behavior

    • 著者名/発表者名
      Kana Fuji, Masakazu Sekijima, Hiroshi Fujisaki, Mikito Toda
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      名古屋大学
  • [学会発表] シナプス結合に関与するPDZドメインの分子動力学データに対する時系列解析

    • 著者名/発表者名
      岸田直子,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-II

    • 著者名/発表者名
      冨士香奈,関嶋政和,藤崎弘士,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
  • [学会発表] 分子の階層モデルによる量子ダイナミクス3

    • 著者名/発表者名
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
  • [学会発表] 生体分子の分子動力学時系列データに対する統計解析3

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人,高見利也,福水健次,菊地浩人,藤崎弘士
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
  • [学会発表] 大域結合振動子系における遷移現象III

    • 著者名/発表者名
      甲谷里奈,郡宏,佐藤譲,島伸一郎,戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋期大会
    • 発表場所
      横浜国立大学
  • [学会発表] Collective vs individual motions of biomolecules

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      International Workshop : Physics of information, information in physics, and the demon
    • 発表場所
      Institute of Molecular Science
    • 招待講演
  • [図書] 力学系理論による化学反応論の理解と発展2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央,戸田幹人,小松崎民樹
    • 総ページ数
      31
    • 出版者
      高等研より出版予定
  • [備考] chaos and nonlinear science

    • URL

      http://minnie.disney.phys.nara-wu.ac.jp/~toda/index_j.html

URL: 

公開日: 2014-07-24  

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