研究課題
ゲノム組換えの宿主として筋Thermococcus kodakarensis KU216(ΔpyrF)のを用いた。まずKU216宿主およびpUDTrpE(pyrFマーカーを有するtrpE破壊ベクター)を用いて遺伝子組換えに必要なDNA量を検討した。その結果、0.03μgでもウラシル要求性が相補されたPyrF^+株が得られた。次にKU216を宿主としてKOD1ゲノムを用いてPyrF^+株が得られるかを検討した。まずKOD1およびKU216のゲノムDNAを抽出した。プラスミドDNAと異なりゲノムDNAの場合、細胞内に取り込まれ難い可能性も考えられたため、塩化カルシウム処理したものや、ゲノムDNAを予め制限酵素処理して断片化したものでも形質転換を行った。また、ネガティブコントロールとしてpyrF遺伝子をもたないKU216のゲノムでも形質転換を行った。その結果、塩化カルシウム処理および制限酵素処理の有無に拘わらずKOD1ゲノムで処理したものはPyrF^+株が得られ、KU216ゲノムでは得られなかった。KOD1ゲノムで形質転換を行って得られたPyrF^+株集合体からゲノムDNAを抽出して遺伝子型をPCRにより解析した。pyrFの外側と内側にアニーリングするプライマーセットを用いた。その結果、pyrF部位で組換えが起こり欠損が復帰していることが分かった。これらのことからT.kodakarensis KU216においてはT.kodakarensis KOD1から抽出したゲノムDNA90μgを用いて形質転換(PyrF^+株の作製)が可能なことが分かった。またゲノム供与体として未培養の好熱性アーキアに注目し、Caldiarchaeum subterraneumのメタゲノム解析を行った
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Nucleic Acids Research
ページ: doi:10.1093/nar/gkq1228
Nature
巻: 467 ページ: 352-355
Encyclopedia of Life Sciences
ページ: DOI:10.1002/9780470015902.a0021900