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2010 年度 実績報告書

Protein Folding Codonによるタンパク質機能調節機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22655057
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 教授 (60206430)

研究分担者 遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 講師 (90550236)
長門石 曉  甲南大学, 先端生命工学研究所, 助教 (30550248)
キーワードProtein Folding Codon / 翻訳速度 / mRNA高次構造 / 熱力学的安定性 / タンパク質構造 / 分子クラウディング
研究概要

1. 翻訳速度の定量解析に向けた翻訳反応条件の検討
mRNA中の安定な構造が翻訳の伸長速度にどの程度影響を与えるのかを検討するため、モデルmRNAの経時的な翻訳過程を評価した。その結果、翻訳過程の律速段階が翻訳開始段階に存在し、一般的な翻訳反応条件では、翻訳伸長反応に焦点を当てた解析を行うことができないことが明らかとなった。そこで、翻訳反応の途中でリボソームを一時的に停止させ、律速段階である翻訳開始過程を省いた評価法を検討した。これまで翻訳反応を一旦停止させる試みは他に例がないが、我々は翻訳に必須となるアミノアシルtRNA合成酵素の一部を反応系中から取り除くことにより、翻訳途中のリボソームをmRNA上の特定の位置で一旦停止させることに成功した。また、一旦停止させた後、翻訳再開反応溶液を加えることで、同調させた形で翻訳伸長反応を再開させることができた。これにより、今後、mRNA中に安定な高次構造を人為的に挿入し、翻訳伸長反応速度との相関を評価できると考えられる。
2. タンパク質の結合が及ぼす核酸の熱安定性変化の寄与の評価
高次構造を形成してタンパク質と結合することが知られている1本鎖核酸を対象に、タンパク質結合による熱安定性の変化を評価した。その結果、タンパク質結合による核酸構造の安定化への寄与は、一般的なカチオンによる核酸安定化とは異なる機構で関与していることが明らかとなった。このことから、mRNAの構造安定性に対してもタンパク質結合が特異な影響を及ぼしていると推察され、mRNA高次構造へのタンパク質の結合もProtein Folding Codonの一端として関与していることが考えられる。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (16件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Thermodynamic stability of Hoogsteen and Watson-Crick base pairs in the presence of histone H3-mimicking peptide.2011

    • 著者名/発表者名
      S.Pramanik, K.Nakamura, K.Usui, S.Nakano, S.Saxena, J.Matsui, D.Miyoshi, N.Sugimoto.
    • 雑誌名

      Chem.Commun.

      巻: 47 ページ: 2790-2792

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monomorphic RNA G-quadruplex and polymorphic DNA G-quadruplex structures responding to cellular environmental factors2010

    • 著者名/発表者名
      D.H.Zhang, T.Fujimoto, S.Saxena, H.Q.Yu, D.Miyoshi, N.Sugimoto
    • 雑誌名

      Biochemisry

      巻: 49 ページ: 4554-4563

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular evolution of functional Nucleic Acids with chemical modifications2010

    • 著者名/発表者名
      M.Kuwahara, N.Sugimoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 15 ページ: 5423-5444

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sole and stable RNA duplexes of G-rich sequences located in the 5'-untranslated region of protooncogenes2010

    • 著者名/発表者名
      S.Saxena, D.Miyoshi, N.Sugimoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 49 ページ: 7190-7201

    • 査読あり
  • [学会発表] mRNAの高次構造が影響する翻訳伸長反応の解析手法の構築2011

    • 著者名/発表者名
      川崎悠・遠藤玉樹・杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第91春季年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20110326-29
  • [学会発表] 特別講演会/細胞中の遺伝子制御化学2011

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第91春季年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20110326-20110329
  • [学会発表] mRNA構造に及ぼす分子クラウディング環境の影響2011

    • 著者名/発表者名
      村上健太郎・遠藤玉樹・杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第91春季年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20110326-20110329
  • [学会発表] 細胞内分子機能スイッチの構築に向けたタンパク質とのアロステリック相互作用を示すRNAのセレクション2011

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹・杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第91春季年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20110326-20110329
  • [学会発表] Control of gene expression through an allosteric interaction of transactivator prote in and its target RNA2010

    • 著者名/発表者名
      T.Endoh, N.Sugimoto
    • 学会等名
      The 37th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2010
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      20101110-20101112
  • [学会発表] Stabilization of the adenine-specific riboswitch in its ligand binding under molecular crowding condition2010

    • 著者名/発表者名
      K.Murakami, T.Endoh, N.Sugimoto
    • 学会等名
      The 37th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2010
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      20101110-20101112
  • [学会発表] Comparative study for the effects of cation and thrombin on the thermal stabilization of G-quadruplex2010

    • 著者名/発表者名
      N.Isono, S.Nagatoishi, M.Kudou, K.Tsumoto, N.Sugimoto
    • 学会等名
      The 37th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2010
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      20101110-20101112
  • [学会発表] A New Concept for Design of Functional Nucleic Acids2010

    • 著者名/発表者名
      N.Sugimoto
    • 学会等名
      International Symposium on Therapeutic Nucleic Acids
    • 発表場所
      Poland
    • 年月日
      20101014-20101016
  • [学会発表] タンパク質と四重鎖DNAの相互作用における分子クラウディング効果2010

    • 著者名/発表者名
      長門石曉・磯野伸・津本浩平・杉本直己
    • 学会等名
      第4回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20100924-26
  • [学会発表] mRNAの熱安定性が及ぼす翻訳反応への影響2010

    • 著者名/発表者名
      川崎悠・村上健太郎・遠藤玉樹・杉本直己
    • 学会等名
      第4回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20100924-26
  • [学会発表] 分子クラウディング環境におけるリボスイッチRNAの高次構造安定化に対する熱力学的定量評価2010

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹・村上健太郎・杉本直己
    • 学会等名
      第4回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20100924-20100926
  • [学会発表] G-quadruplex stability in the presence of its binding protein under a molecular crowding condition2010

    • 著者名/発表者名
      S.Nagatoishi, N.Isono, N.Sugimoto
    • 学会等名
      IRT 2010-XIX International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids Lyon
    • 発表場所
      France
    • 年月日
      20100829-20100903
  • [学会発表] 核酸化学のニュートレンド2010

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会生体機能関連化学部会若手の会 サマースクール2010
    • 発表場所
      亀山
    • 年月日
      20100716-20100717
  • [学会発表] RNAサイレンシング関連蛋白質の核酸結合における溶媒効果2010

    • 著者名/発表者名
      長門石曉・杉本直己
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20100616-18
  • [学会発表] Characters of Watson-Crick and Hoogsteen Base Pairs Inducing Structural Polymorphism under Molecular Crowding Conditions2010

    • 著者名/発表者名
      D.Miyoshi, K.Nakamura, H.Karimata, T.Ohmichi, N.Sugimoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference (Biopolymers)
    • 発表場所
      USA
    • 年月日
      20100606-20100611
  • [学会発表] Stabilization and Function of Nucleic Acids under Molecular Crowding Conditions2010

    • 著者名/発表者名
      N.Sugimoto
    • 学会等名
      Symposium on Nucleic Acids Chemistry (Structure and Interactions)
    • 発表場所
      Slovenia
    • 年月日
      20100529-20100531
  • [図書] バイオチップ実用化ハンドブック2010

    • 著者名/発表者名
      杉本直己, 中野修一
    • 総ページ数
      13-19
    • 出版者
      第1章DNAチップの基礎 第1節 ハイブリダイゼーション
  • [図書] 現代化学,4712010

    • 著者名/発表者名
      杉本直己、小林克彰
    • 総ページ数
      26-30
    • 出版者
      DNAの働きを制御する環境-分子クラウディングによる空間概念-
  • [図書] 現代化学,4722010

    • 著者名/発表者名
      杉本直己、遠藤玉樹
    • 総ページ数
      26-31
    • 出版者
      タンパク質の合成を制御する環境-分子クラウディングによる時間概念-

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公開日: 2012-07-19  

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