侵入外来種の侵入・定着時の進化的応答の検出:全ゲノム配列決定によるアプローチ

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22657004
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生態・環境
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 河田 雅圭 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90204734)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• キーワード: 侵略外来種 / アノールトカゲ / 小笠原 / 進化 / 全ゲノム解読

研究概要

1965年に小笠原諸島に侵入し、侵略外来種となっているグリーンアノール(Anolis calorlinensis)が、40年以上の間で、どのような進化をしたかを調べるため、小笠原父島の16個体、移入元であるフロリダの8個体を次世代シークエンサーSOLiDを使って、全ゲノム解読を行った。読まれた断片の配列を、データベース上にある配列2. 0. 61を使用して、アセンブルを行った。現在、アセンブルが終了し、染色体LGbとLGhの塩基多様度の違いを調べた。その結果、父島集団の個体が塩基多様度が大きいことが明らかになった。

研究成果

• [雑誌論文] Habitat variability correlates with duplicate content of Drosophila genomes (2012)
  • 著者名/発表者名: Makino, T. and Kawata, M.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of vertebrate tissues driven by differential modes of gene duplication (2012)
  • 著者名/発表者名: Satake, M., Kawata, M., McLysaght, A. and Makino, T
  • 雑誌名: DNA Research 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Shifts in morphology and diet of non-native sticklebacks introduced into Japanese crater lakes (2012)
  • 著者名/発表者名: Adachi, T., A. Ishikawa, S. Mori, W. Makino, M. Kume, M. Kawata, and J. Kitano
  • 雑誌名: Ecology and Evolution
  • DOI: DOI:10.1002/ece3.234
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mammalian X Chromosome Inactivation evolved as a dosage compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome (2012)
  • 著者名/発表者名: Pessia, E., Makino, T., Bailly-Bechet, M., McLysaght, A., and Marais, G. A. B
  • 雑誌名: PNAS 巻: 109 ページ: 5348-5351
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive Primer Design for Analysis of Population Genetics in Non-Sequenced Organisms (2012)
  • 著者名/発表者名: Tezuka, A. N. Matsushima, Y. Nemoto, H. D. Akashi, M. Kawata and T. Makino
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 7(2) ページ: e32314
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimal feeding under stoichiometric constraints : A model of compensatory feeding with functional response (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki-Ohno, Y., M. Kawata, and J. Urabe
  • 雑誌名: Oikos 巻: 121 ページ: 569-578
  • 査読あり
• [雑誌論文] Divergence in Sex Steroid Hormone Signaling between Sympatric Species of Japanese Threespine Stickleback. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kitano, J., Y. Kawagishi, S. Mori., C. L. Peichel., T. Makino, M. Kawata, M. Kusakabe
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6(12) ページ: e29253
  • 査読あり
• [雑誌論文] The long-term consequences of hybridization between the two Daphnia species (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishida, S , A. Takahashi , N. Matsushima , J. Yokoyama , W. Makino , J. Urabe and M. Kawata
  • 雑誌名: D. galeata and D. dentifera, in mature habitats. BMC Evolutionary Biology 巻: 11 ページ: 209
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phenotypic and genetic differences in a perennial herb across a natural gradient of CO2 concentration. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, I., Y. Onoda, N. Matsushima, J. Yokoyama, M. Kawata and K. Hikosaka
  • 雑誌名: Oecologia 巻: 165 ページ: 809-818
  • 査読あり
• [雑誌論文] The MC1R gene in the guppy (Poecilia reticulata): Genotypic and phenotypic polymorphisms (2011)
  • 著者名/発表者名: Tezuka, A, H. Yamamoto, J. Yokoyama, c. van Oosterhout, and M. Kawata
  • 雑誌名: BMC Research Notes 巻: 4 ページ: 31
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of evolutionary changes in prey use on the relationship between food web complexity and stability (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, W. Kondoh, M and M. Kawata
  • 雑誌名: Population Ecology 巻: 53 ページ: 59-72
  • 査読あり
• [雑誌論文] Adaptive divergence in the thyroid hormone signaling pathway in the stickleback radiation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kitano, J., Lema, S. C., Luckenbach, J. A., Mori, S., Kawagishi, Y., Kusakabe, M., Swanson, P., and Peichel, C. L.
  • 雑誌名: Current Biology
  • DOI: doi:10.1016/j.cub.2010.10.050
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of gene regulatory networks by fluctuating selection and intrinsic constraints (2010)
  • 著者名/発表者名: Tsuda, E. M. and M. Kawata
  • 雑誌名: PLoS Computational Biology 巻: 6(8) ページ: e1000873
  • 査読あり
• [雑誌論文] Why is adaptation prevented at ecological margins? New insights from individual-based simulations. (2010)
  • 著者名/発表者名: Bridle, J. R., J. Polechova, M. Kawata, R. K. Butlin
  • 雑誌名: Ecology Letters 巻: 13 ページ: 485-494
  • 査読あり
• [雑誌論文] Duplicability of self-interacting human genes (2010)
  • 著者名/発表者名: Perez-Bercoff A, Makino T and McLysaght A.
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 10 ページ: 160
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ohnologs in the human genome are dosage balanced and frequently associated with disease (2010)
  • 著者名/発表者名: Makino T and McLysaght A.
  • 雑誌名: PNAS 巻: 107(20) ページ: 9270-9274
  • 査読あり
• [学会発表] Genetic bases for adaptation to different thermal environment in Cuban Anolis Lizards.: EAFES5. (2012)
  • 著者名/発表者名: Akashi, H., Cadiz Diaz, A., Makino, T., and Kawata, M
  • 学会等名: 日本生態学会第59回大会
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Selection for expression level detected by the interspecific comparison of cis-reguratory sequences (2012)
  • 著者名/発表者名: Sato, M. P., Makino, T., Suzuki-Ohno, Y., Iwasaki, W. M., Kawata, M
  • 学会等名: EAFES5
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Selection and drift in the population divergence of color polymorphism (2012)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Y., Nagata, N. and Kawata, M
  • 学会等名: EAFES5
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] The effect of LWS opsin genotypes on color sensitivity and female preference. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sakai, Y., Kaizu, T., Ohtsuki, H., Tezuka, A., Kasagi, K., Kawamura, S. and Kawata, M
  • 学会等名: EAFES5
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Relationship between duplicated gene and environmental adaptation in mammalia.: EAFES5 (2012)
  • 著者名/発表者名: Tamate, S., Kawata, M. Makino, T
  • 学会等名: 日本生態学会第59回大会
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Relative importance of range expansion, speciation and niche differences on regional species diversity in the trunk-ground Anolis lizards in Cuba.: EAFES5 (2012)
  • 著者名/発表者名: Cadis Diaz, A., Nagata, N., Diaz Beltran, L. M., Echenique-Diaz, L. M., Akashi, H., Makino, T., Kawata, M
  • 学会等名: 日本生態学会第59回大会
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Phenotypic and ecological shifts in introduced crater lake stickleback populations : EAFES5 (2012)
  • 著者名/発表者名: Adachi, T., Ishikawa, A., Mori, S., Makino, W., Kume, M., Kawata, M., Kitano, J
  • 学会等名: 日本生態学会第59回大会
  • 発表場所: 龍谷大学
  • 年月日: 2012-03-18
• [学会発表] 適応進化を制限する遺伝的機構と生物多様性[シンポジウム] (2011)
  • 著者名/発表者名: 河田雅圭
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] 多様な生息地への適応を制限するゲノム構造[シンポジウム] (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧野能士, 河田雅圭
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] カシノナガキクイムシの行動モデルによるナラ枯れの感染拡大予測[口頭発表] 影響 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大野(鈴木)ゆかり, 今廣佐和子, 河田雅圭, 中静透
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] 自然選択がショウジョウバエの転写調節領域進化に与える影響 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤光彦, 牧野能士, 大野(鈴木)ゆかり, 岩嵜航, 河田雅圭
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] 環境変化で出現する新奇形質:遺伝子制御ネットワークの隠蔽変異が適応進化を促進 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩嵜航, 津田真樹, 河田雅圭
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] イトヨにおける新規環境への急速適応[口頭発表] (2011)
  • 著者名/発表者名: 安達竜也, 森誠一, 牧野渡, 河田雅圭, 北野潤
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12
• [学会発表] 比較ゲノム解析による網羅的プライマーデザイン[企画集会] (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧野能士
  • 学会等名: 日本生態学会第58回全国大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20110308-12