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2010 年度 実績報告書

中性子結晶解析法によるヒドロゲナーゼの水素活性化反応機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22657031
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (90183574)

キーワードヒドロゲナーゼ / 中性子結晶解析 / 反応機構 / Ni酵素 / プロトン経路
研究概要

本申請研究では,硫酸還元菌由来の水素酸化還元酵素・ヒドロゲナーゼのNi-Fe活性部位における水素活性化の反応中間体を,中性子結晶解析法により直接観察することを主目的とする.そのために最終的には分子中の全ての水素原子を重水素に置換した酵素試料を調製することを目指す.本酵素の基質は「水素および重水素」である.従って,構造中に(重)水素を「直接に精度良く見る」ことが可能な中性子結晶解析法は最適の研究手法である.中性子回折実験において,試料中の水素原子は,非干渉性散乱の割合が大きいためバックグラウンドを上げて回折データのS/N比に多大な悪影響を与える。
そこで,平成22年度は,通常の野生(水素)型ヒドロゲナーゼ試料を,重水中で,重水素化した沈殿剤(2-メチル-2,4-ペンタンジオール)を用いて結晶化したところ,約4mm^3の単結晶の調製に成功した.得られた結晶を,日本原子力開発研究機構の実験炉で得られる中性子線を用いて回折実験を行ったところ,7A分解能の回折パターンの取得に成功した.さらに,本結晶を最近開発された中性子回折実験用の試料凍結装置を用いて,100Kにて回折実験をしたところ,分解能は5A分解能まで到達した.現在,さらなる分解能の向上を目指して結晶化条件の改善を進めている.また,タンパク質の全水素原子を重水素にするため,重水中で重水素化培地を用いての硫酸還元菌の培養条件の検討を進めている.

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (12件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] How Coenzyme B12-dependent Ethanolamine Ammonialyase Deals with Both Enantiomers of 2-Amino-1-propanol as Substrates : Structure-based Rationalization2011

    • 著者名/発表者名
      N. Shibata, Y. Higuchi and T. Toraya
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 50 ページ: 591-598

    • DOI

      DOI:10.1021/bi101696h

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Functional Role of the Glycosylated N-terminal Domain of Chondromodulin-I2011

    • 著者名/発表者名
      J.Kondo, et al.
    • 雑誌名

      J.Bone Miner.Metab.

      巻: 29 ページ: 23-30

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Positively Charged Domain Located Downstream of PIP Box, Together with TD Amino Acids within PIP Box, is Important for CRL4^<Cdt2>-mediated Proteolysis2011

    • 著者名/発表者名
      M.Michishita, et al.
    • 雑誌名

      Gene to Cells

      巻: 16 ページ: 12-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and Molecular Evolution of Multicopper Blue Proteins2010

    • 著者名/発表者名
      H. Komori and Y. Higuchi
    • 雑誌名

      BIOMOLECULAR CONCEPTS

      巻: 1 ページ: 31-40

    • DOI

      DOI:10.1515/BMC.2010.004

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enzymatic Synthesis of Nylon-6 units in Organic Solvent Contained Low-water : Structural Requirement of 6-aminohexanoate-dimer Hydrolase for Efficient Amide Synthesis2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Kawashima, et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Cat.B

      巻: 64 ページ: 81-88

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression, Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of Ethanolamine Ammonia-lyase from Escherichia coli2010

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.

      巻: F66 ページ: 709-711

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structures of Ethanolamine Ammonia-lyase complexed with Coenzyme B_<12> Analogs and Substrates2010

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 285 ページ: 26484-26493

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cytochrome c polymerization by successive domain swapping at the C-terminal helix2010

    • 著者名/発表者名
      S.Hirota, et al.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.

      巻: 107 ページ: 12854-12859

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of the Dis similatory Sulfite Reductase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2010

    • 著者名/発表者名
      H.Ogata, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.

      巻: F66 ページ: 1470-1472

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Dimeric and Trimeric Cytochromes c from Horse Heart2010

    • 著者名/発表者名
      M.Taketa, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.

      巻: F66 ページ: 1477-1479

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure Analysis of Bacillus subtilis Ferredoxin-NADP Oxid oreductase and the Structural Basis for Its Substrate Selectivity2010

    • 著者名/発表者名
      H.Komori, et al.
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 19 ページ: 2279-2290

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural Basis for the Reaction Mechanism of Dissimilatory Sulfite Reductase2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Shomura, et al.
    • 学会等名
      International Symposium on Chemistry of Reductases IV
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20110120-20110121
  • [学会発表] Crystallization and X-ray Analysis of ATP-sulfurylase from Sulfate-reducing Bacteria2011

    • 著者名/発表者名
      M.Taketa, et al.
    • 学会等名
      International Symposium on Chemistry of Reductases IV
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20110120-20110121
  • [学会発表] 中性子構造化学でヒドロゲナーゼの水素分子活性化機構は理解できるか?2011

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      中性子構造生物学およびタンパク質水和構造に関するシンポジウム
    • 発表場所
      水戸
    • 年月日
      2011-03-04
  • [学会発表] 枯草菌由来フェレドキシン-NADPH還元酵素のX線結晶構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      小森博文, et al.
    • 学会等名
      2010年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      吹田
    • 年月日
      20101203-20101205
  • [学会発表] 膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      庄村康人, et al.
    • 学会等名
      2010年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      吹田
    • 年月日
      20101203-20101205
  • [学会発表] B12-補酵素関与エタノールアミアンモニアリアーゼの立体構造に基づく立体化学経路の解明2010

    • 著者名/発表者名
      柴田直樹, et al.
    • 学会等名
      2010年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      吹田
    • 年月日
      20101203-20101205
  • [学会発表] Basis for the Lack of Stereospecificity in Coenzyme B_<12>-dependent Ethanolamine ammonia-lyase2010

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, et al.
    • 学会等名
      The 10th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Pusan
    • 年月日
      20101101-20101103
  • [学会発表] The Role of the π-electron System in Regulation of Reduction Potentials of Tetraheme Cytochrome C_<3>2010

    • 著者名/発表者名
      H.Akutsu, et al.
    • 学会等名
      The 10th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Pusan
    • 年月日
      20101101-20101103
  • [学会発表] Improved Technologies for High-resolution X-ray Crystallography2010

    • 著者名/発表者名
      H.Tanaka, et al.
    • 学会等名
      The 10th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Pusan
    • 年月日
      20101101-20101103
  • [学会発表] Enzymatic Degradation and Synthesis of Nylon-6 Related Compounds.2010

    • 著者名/発表者名
      S.Negoro, et al.
    • 学会等名
      International Symposium on BioPolymers 2010
    • 発表場所
      Stuttgart
    • 年月日
      2010-10-04
  • [学会発表] Cytochrome c Polymerization by Successive Domain Swapping at the C-terminal Helix2010

    • 著者名/発表者名
      S.Hirota, et al.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
  • [学会発表] ナイロンオリゴマ-分解酵素の精密構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-18
  • [図書] 構造生物学-原子構造からみた生命現象の営み2010

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹, 中川敦史
    • 総ページ数
      253
    • 出版者
      共立出版株式会社

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公開日: 2012-07-19  

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