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2011 年度 実績報告書

中性子結晶解析法によるヒドロゲナーゼの水素活性化反応機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22657031
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

キーワードヒドロゲナーゼ / 中性子結晶解析 / 反応機構 / Ni酵素 / プロトン経路
研究概要

本申請研究では,硫酸還元菌由来の水素酸化還元酵素・ヒドロゲナーゼのNi-Fe活性部位における水素活性化の反応中間体を,中性子結晶解析法により直接観察することを主目的とする.本酵素の基質は「水素および重水素」である.従って,構造中に(重)水素を「直接に精度良く見る」ことが可能な中性子結晶解析法は最適の研究手法である.中性子回折実験において,試料中の水素原子は,非干渉性散乱の割合が大きいためバックグラウンドを上げて回折データのS/N比に多大な悪影響を与える.
そこで,平成22年度は,酵素・ヒドロゲナーゼ中のすべての水素原子を重水素原子に置き換えることを計画し,重水素化した培養試薬を用い,重水中で硫酸還元菌の培養を計画した.しかし,結晶化実験に十分な量の精製酵素を得ることは困難であった.平成22,23年度にかけて,通常の野生型ヒドロゲナーゼ試料について,重水中において,重水素化した沈殿剤(2-メチル-2,4-ペンタンンジオール)を用いて良質で大きな単結晶を得るための条件を探索し,約4mm^3の単結晶の調製に成功した.平成22年度に,得られた結晶を日本原子力研究開発機構の原子炉において,最近開発された中性子回折実験用の試料凍結装置を用いて,100Kにて回折実験をしたところ,最高分解能は5A分解能まで到達した.平成23年度は,東日本大震災の影響で原子炉が稼働しなかったため,中性子回折実験はできなかった.そこで,結晶の凍結条件の探索を続け,主にX線回折法によりその条件を評価した.その結果,昨年度よりもモザイク性の低い回折データを得られる凍結条件を得た.また,タンパク質の全水素原子を重水素にするため,重水中で重水素化培地を用いての硫酸還元菌の培養条件の検討を進めている.

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] The Three-dimensional Structure of Nylon Hydrolase and the Mechanism of Nylon-6 Hydrolysis2012

    • 著者名/発表者名
      S.Negoro, et al
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 287 ページ: 5079-5090

    • DOI

      DOI:10.1074/jbc.M111.321992

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • 著者名/発表者名
      H.Komori, et al
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie

      巻: 51 ページ: 1861-1864

    • DOI

      DOI:10.1002/anie.201107739

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • 著者名/発表者名
      H.Shomura, et al
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 21 ページ: 707-716

    • DOI

      DOI:10.1002/pro.2058

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Studies on Mutational Structures of a Nylon-6 Byproduct-degrading Enzyme2011

    • 著者名/発表者名
      T. Baba, K. Kamiya, T. Matsui, N. Shibata, Y. Higuchi, T. Kobayashi, S. Negoro and Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: 507 ページ: 157-161

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.03.046

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallographic Characterization of the DIX Domain of the Wnt Signalling Positive Regulator Ccd12011

    • 著者名/発表者名
      S. Terawaki, K. Yano, T. Katsutani, K. Shiomi, K. Keino-Masu, M. Masu, Y. Shomura, H. Komori, N. Shibata and Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Acta Crystallgor

      巻: F67 ページ: 758-761

    • DOI

      DOI:10.1107/S1744309111016526

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Membrane-bound Respiratory [NiFe] Hydrogenase from Hydrogenovibrio marinus2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Shomura, et al
    • 雑誌名

      Acta Crystallgor

      巻: 67 ページ: 827-829

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111019804

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of Nylon Oligomer Hydrolase (NylC) from Agromyces sp KY5R2011

    • 著者名/発表者名
      K.Yasuhira, et al
    • 雑誌名

      Acta Crystallgor

      巻: 67 ページ: 892-895

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111022858

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of π-Electron Systems in Stabilization of the Oxidized Tetraheme Architecture in Cytochrome c_32011

    • 著者名/発表者名
      Y.Takayama, et al
    • 雑誌名

      Bull.Chem.Soc.Jpn.

      巻: 84 ページ: 1096-1101

    • DOI

      doi:10.1246/bcsj.20110039

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for a [4Fe-3S] Cluster in the Oxygen-tolerant Membrane-bound [NiFe]-hydrogenase2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Shomura, et al
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 479 ページ: 253-257

    • DOI

      doi:10.1038/nature10504

    • 査読あり
  • [学会発表] 酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析-水素エネルギー利用に向けた基礎科学的研究-2011

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      関西サイエンスフォーラム
    • 発表場所
      リーガロイヤルNCB(大阪府)(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-29
  • [学会発表] ゼータサイザーでタンパク質のオリゴマー北を解析する2011

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 学会等名
      日本結晶学会年会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道)(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-24
  • [学会発表] マルチ銅酸化酵素の構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      小森博文, 等
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府)
    • 年月日
      2011-09-23
  • [学会発表] Structural study of the O_2-tolerant [NiFe] hydrogenase2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Shomura, et al
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] シトクロムc-552の多量体生成と二量体構造2011

    • 著者名/発表者名
      林有吾, 等
    • 学会等名
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県)
    • 年月日
      2011-09-14
  • [学会発表] Crystal structure analysis of release factor 32011

    • 著者名/発表者名
      K.Kihira, et al
    • 学会等名
      XXII Congress and General Assembly of International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Madrid (Spain)
    • 年月日
      2011-08-28
  • [学会発表] Primer design for cDNA synthesis based on the crystal structure2011

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, Y.Higuchi
    • 学会等名
      XXII Congress and General Assembly of International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Madrid (Spain)
    • 年月日
      2011-08-27
  • [学会発表] ウマシトクロムcおよび緑膿菌シトクロムc_<551>の多量体形成2011

    • 著者名/発表者名
      廣田俊, 等
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      茨城大学(茨城県)
    • 年月日
      2011-06-23

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公開日: 2013-06-26  

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