多数の核ゲノムコード遺伝子座を標的にした分子系統解析の試み

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22657060
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 名古屋市立大学
• 研究代表者: 熊澤 慶伯 名古屋市立大学, 大学院・システム自然科学研究科, 教授 (60221941)
• 研究協力者: 栗崎 政希 名古屋市立大学, 大学院・システム自然科学研究科, 博士
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• キーワード: 分子系統 / 次世代シーケンサー / 爬虫類 / ヘビ類 / 核ゲノム / cDNA

研究概要

4種の有鱗類の肝臓からトランスクリプトーム解析を行い、各種から100以上のほぼ完全長のcDNA塩基配列を効率的に決定した。Blast解析で遺伝子の同定を行い、種間での高発現遺伝子の共通性の評価及びパラログを持つ可能性の高い遺伝子の排除を行った。その結果得られた11遺伝子のcDNA塩基配列を用いて系統解析を行ったところ、ヘビ類がイグアナ下目及びアンギストカゲ下目に近縁であるとの結果が得られた。

研究成果

• [雑誌論文] Characterization of squamate olfactory receptor genes and their transcripts by the high-throughput sequencing approach (2012)
  • 著者名/発表者名: Dehara Y, Hashiguchi Y, Matsubara K, Yanai T, Kubo M and Kumazawa Y
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: 4(4) ページ: 602-616
  • DOI: DOI:10.1093/gbe/evs041
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial genomes of acrodont lizards : timing of gene rearrangements and phylogenetic and biogeographic implications (2010)
  • 著者名/発表者名: Okajima Y and Kumazawa Y
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 10 ページ: 141
  • DOI: DOI:10.1186/1471-2148-10-141
  • 査読あり
• [学会発表] 有鱗目におけるトランスクリプトームプロファイル:核遺伝子を用いた系統解析を目指して (2011)
  • 著者名/発表者名: 栗崎政希、松原和純、鳥羽通久、熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第13回大会
  • 発表場所: 京都大学(京都市)
  • 年月日: 2011-08-30
• [学会発表] 次世代シーケンシングによる新規ミトコンドリアゲノム配列決定の効率性と正確性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第13回大会
  • 発表場所: 京都大学(京都市)
  • 年月日: 2011-08-30
• [学会発表] 中-新生代の大陸移動と爬虫類の進化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 熊澤慶伯
  • 学会等名: 日本進化学会第12回大会「大陸移動と動物の進化2億年」シンポジウム
  • 発表場所: 東京工業大学(東京都)
  • 年月日: 2010-08-05
• [学会発表] Molecular phylogeny and biogeography of lizards (2010)
  • 著者名/発表者名: Kumazawa Y and Okajima Y
  • 学会等名: The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
  • 発表場所: ルブラ王山ホテル(名古屋市)
  • 年月日: 2010-08-01
• [図書] 第2版古生物学事典、日本古生物学会編 (2010)
  • 著者名/発表者名: 熊澤慶伯
  • 総ページ数: 211, 338, 444-445, 476-477, 584
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] 第1版生物の事典 (2010)
  • 著者名/発表者名: 熊澤慶伯、石原勝敏・末光隆
  • 総ページ数: 43-45, 47-49, 560
  • 出版者: 朝倉書店
• [備考]
  • URL: http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/～kuma/