微生物識別用RNAアプタマーの創製

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22658034
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用生物化学
• 研究機関: 豊橋技術科学大学
• 研究代表者: 菊池 洋 豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 教授 (40273320)
• 研究協力者: 梅影 創 豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 専任講師 (30419436)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: 生物工学 / 核酸 / RNA / 細菌 / 芽胞 / プローブ

研究概要

アプタマー選択のための新たな二つの方法、「分子間相互作用の速度論的解析(シミュレーション)を基にした新たなアプタマー選択法」、および「迅速な蛍光ラベル法」を開発した。この方法を細菌芽胞を標的とするRNAアプタマー選択に用いた。得られたどのRNA分子種も芽胞への結合能を示した。これら新規RNAアプタマーは栄養細胞には全く結合せず、芽胞のみに結合した。得られたどの分子種も調べた限りすべての菌の芽胞に結合し、菌種を超えた共通の芽胞成分に特異的なRNAアプタマーが得られたものと結論された。

研究成果

• [雑誌論文] Inhibition of hirame rhabdovirus (HIRRV) growth by RNA aptamers (2012)
  • 著者名/発表者名: Hwang, S. D., Midorikawa, N., Punnarak, P., Kikuchi, Y., Kondo, H., Hirono, I., Aoki, T.
  • 雑誌名: J. Fish Diseases 35(12) ページ: 927-934
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA aptamer(s) inhibit the growth of the fish pathogen viral hemorrhagic septicemia virus (VSHV) (2012)
  • 著者名/発表者名: Punnarak, P.,Santos, M. D., Hwang, S. D., Kondo, H., Hirono, I., Kikuchi, Y., and Aoki, T.
  • 雑誌名: Marine Biotechnology14(6) ページ: 752-761
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-affinity RNA aptamers to C-reactive protein (CRP): newly developed pre-elution methods for aptamer selection (2012)
  • 著者名/発表者名: Orito, N., Umekage, S., Sato, K., Kawauchi, H., Tanaka, H., Sakai, E., Tanaka, T., and Kikuchi, Y.
  • 雑誌名: J. Physics Conf. Ser. ページ: 352
  • DOI: DOI:10.1088/1742-6596/352/1/012042
  • 査読あり
• [雑誌論文] Artificial RNA aptamer production by the marine bacterium Rhodovulum sulfidophilum: Improvement of the aptamer yield using a mutated transcriptional promoter (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, H., Umekage, S., Tanaka, T., and Kikuchi, Y.
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering112(5) ページ: 458-461
  • 査読あり
• [雑誌論文] Kinetically designed RNA aptamer selection (2010)
  • 著者名/発表者名: Umekage, S., Enami, Y., and Kikuchi, Y.
  • 雑誌名: ISNAC 2010 ページ: 104-105
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracellular production of an RNA aptamer by ribonuclease-free marine bacteria harboring engineered plasmids: a proposal for industrial RNA drug production (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, H., Ando, T., Umekage, S., Tanaka, T., and Kikuchi, Y.
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol.76(3) ページ: 786-793
  • 査読あり
• [学会発表] 海洋性光合成細菌による人工short hairpin RNAの生産(口頭発表) (2013)
  • 著者名/発表者名: ○長尾信義、鈴木宏道、沼野利佳、梅影創、菊池洋
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年度大会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2013-03-25
• [学会発表] Artificial RNA production using an engineered bacterium(口頭発表) (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiromichi Suzuki, So Umekage, Terumichi Tanaka, and ○Yo Kikuchi
  • 学会等名: Annual Meeting of the RNA Society (in conjunction with 13 th Annual Meeting of the RNA Society of Japan)
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-06-18
• [図書] In vivocircular RNA expression by the permuted intron-exon (PIE) method, in Innovations in Biotechnology (Ed. E. C. Agbo, ISBN 978-953-51-0096-6, Intech Open) Chapter 4 (2012)
  • 著者名/発表者名: Umekage, S., Uehara, T., Fujita, Y., Suzuki, H., and Kikuchi, Y.
  • 総ページ数: 75-90
  • 出版者: Intech Open
• [図書] 生体エネルギーと代謝、「理工系学生のための生命科学・環境科学」榊佳之・平石明編 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菊池洋
  • 総ページ数: 19-33
  • 出版者: 東京化学同人
• [図書] 「理工系学生のための生命科学・環境科学」榊佳之・平石明編 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菊池洋
  • 総ページ数: 5-18
  • 出版者: 東京化学同人
• [図書] Extracellular nucleic acids of the marine phototrophic bacterium Rhodovulum sulfidophilumand related bacteria: Physiology and biotechnology. In "Extracellular nucleic acids"., eds. Kikuchi, Y.and Rykova, E. A series of "Nucleic Acids and Molecular Biology", ed. Gross,H. J., Vol. 25 (2010)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, Y
  • 総ページ数: 55-67
  • 出版者: Springer-Verlag, Heidelberg
• [図書] "Extracellular nucleic acids". A series of "Nucleic Acids and Molecular Biology", ed. Gross, H. J., Vol. 25 (2010)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, Y.and Rykova, E. eds.
  • 総ページ数: 232
  • 出版者: Springer-Verlag, Heidelberg
• [図書] Produktion definierter RNAs im Kulturuberstand von Bakterien (in German) (2010)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, Y., Suzuki, H., und Umekage, S
  • 総ページ数: 6-7
  • 出版者: LABORWELT
• [備考]
  • URL: http://www.tut.ac.jp/teach/main.php?mode=detail&article=362
• [産業財産権] 改良されたオリゴヌクレオチドおよびそのオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物 (2013)
  • 発明者名: 梅影創、越智明徳、菊池洋
  • 権利者名: 国立大学法人豊橋技術科学大学
  • 産業財産権番号: 特許出願2011-120806
  • 出願年月日: 2013-05-30
  • 外国