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2012 年度 実績報告書

次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析

研究課題

研究課題/領域番号 22687021
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

長田 直樹  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教 (70416270)

研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2014-03-31
キーワード進化 / ゲノム / 植物
研究概要

本年度は,最終的な異質倍数体(A. kamchatica)の解析に向けて,親種のひとつであるハクサンハタザオ(A. halleri gemmifera)のゲノム解析に注力した.次世代シークエンサーを用いて台湾産,日本産のそれぞれの野生種のサンプルより得られたDNAについて配列を決定した.その結果,それぞれについて以前よりも高品質なゲノム配列のアセンブル(N50=50~100kb)を得ることができた.技術的な問題により,ゲノム配列の連結度(どれだけ連続した塩基配列が得られたか)については必ずしも満足のいくものではなかったが,断片化された情報であっても,雑種のアリル特異的な遺伝子発現パターンを解析するには十分であると考えられる.この得られた配列を既に国際グループによって解読されている近縁種のA. lyrataゲノムと整列を行い,二種で異なっている塩基の数を推定した.
また,ゲノム規模の解析と並行して,ゲノム上の約100座位についてArabidopsis近縁種のDNA配列を解析した. その結果,遺伝子ごとの置換率の違いが比較的大きいことや,同祖遺伝子を比較した場合,およその年あたり塩基置換率が草本類であるAdapidopsisは木本類であるポプラよりも桁違いに高いことが分かった.この現象は世代時間効果として知られており,植物においても年あたりの突然変異率よりもむしろ世代あたりの突然変異率が一定に近いということが示唆された.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

申請書では大きく三つの目標を立てた.そのうち,次世代シークエンサーを用いたデータ収集と弱有害補完モデルについての研究は予定通り進行した.ただし,核型解析については予定通り進めることができなかったために自己評価は③とする.

今後の研究の推進方策

来年度は研究計画の最終年度となるので,これまで得られた大量のデータを解析することに専念し,生物学的に有用な知見を得ることを目標とする.ただし,研究計画の期間中に配列解析技術が早い勢いで進歩したせいもあり,更に新たなデータを加えることにより,より解析の精度を上げることも考えている.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2012 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Evolutionary rates of commonly used nuclear and organelle markers of Arabidopsis relatives (Brassicaceae)2012

    • 著者名/発表者名
      Chi-Chun Huan, Kuo-Hsiang Hung, Wei-KuangWang, Chao-Li Huang, Tsai-Wen Hsu, Naoki Osada, Chi-Chuan Hwang, Tzen-Yuh Chiang
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 499 ページ: 194-201

    • DOI

      10.1016/j.gene.2012.02.037

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chao-Li Huang et al. Footprints of natural and artificial selection for photoperiod pathway genes in Oryza2012

    • 著者名/発表者名
      Chao-Li Huang et al.
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 70 ページ: 769-782

    • DOI

      j.1365-313X.2012.04915.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Whole-genome sequencing and analysis of the Malaysian cynomolgus macaque (Macaca fascicularis) genome2012

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Higashino et al.
    • 雑誌名

      Genome Biology

      巻: 13 ページ: R58

    • DOI

      gb-2012-13-7-r58

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Weak selection and protein evolution2012

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Akashi et al.
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: 192 ページ: 15-31

    • DOI

      genetics.112.140178

    • 査読あり
  • [学会発表] 霊長類でのX染色体と常染色体との遺伝的多様性の比について

    • 著者名/発表者名
      長田直樹
    • 学会等名
      日本人類学会
    • 発表場所
      慶応大学日吉キャンパス
    • 招待講演
  • [図書] An overview of transcriptome studies in nonhuman primates. In: Post genome Biology of primates2012

    • 著者名/発表者名
      Naoki Osada
    • 総ページ数
      286
    • 出版者
      Springer

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公開日: 2014-07-24  

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