次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22687021
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 長田 直樹 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教 (70416270)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: ゲノム / 異質倍数体 / トランスクリプトーム

研究概要

異なった二種のゲノムが一つになった時には，様々な遺伝的な相互作用が起こると考えられている．本研究は特に，モデル生物であるシロイヌナズナの近縁種に注目して，次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行った．これらの二種には自然に発生したと考えられる異質倍数体が存在することが知られている．これらの異質倍数体と親種の遺伝子発現様式をゲノムレベルで比較した．本研究で新たに解読された親種のゲノム配列をもとに各染色体由来の転写産物が偏りなく推定できるような方法を開発し，それをもとに転写産物の発現量を推定した．

研究成果

• [雑誌論文] Extracting population genetics information from a diploid genome sequence (review) (2014)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 雑誌名: Front. Ecol. Evol 巻: 2 ページ: 7
  • DOI: 10.3389/fevo.2014.0000
  • 査読あり
• [雑誌論文] Weak selection and protein evolution (review) (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Akashi, Naoki Osada, Tomoko Ohta
  • 雑誌名: Genetics 巻: 192 ページ: 15-31
  • DOI: 10.1534/genetics.112.140178
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary rates of commonly used nuclear and organelle markers of Arabidopsis relatives (Brassicaceae) (2012)
  • 著者名/発表者名: Chi-Chun Huan, Kuo-Hsiang Hung, Wei-KuangWang, Chao-Li Huang, Tsai-Wen Hsu, Naoki Osada, Chi-Chuan Hwang, Tzen-Yuh Chiang
  • 雑誌名: Gene 巻: 499 ページ: 194-201
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.02.037
  • 査読あり
• [雑誌論文] Footprints of natural and artificial selection for photoperiod pathway genes in Oryza (2012)
  • 著者名/発表者名: Chao-Li Huang, Cheng-Yu Hung, Yu-Chung Chiang, Chi-Chuan Hwang, Tsai-Wen Hsu, Chi-Chun Huang, Kuo-Hsiang Hung, Kun-Chan Tsai, Kuo-HsiungWang, Naoki Osada, Barbara Anna Schaal, Tzen-Yuh Chiang
  • 雑誌名: Plant J 巻: 70 ページ: 769-782
  • DOI: 10.1111/j.1365-313X.2012.04915.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial-nuclear interactions and accelerated compensatory evolution : Evidence from the primate cytochrome c oxidase complex (2012)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada, Hiroshi Akashi
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol 巻: 29 ページ: 337-346
  • DOI: 10.1093/molbev/msr211
  • 査読あり
• [雑誌論文] Population genetics in non-model organisms : II. Natural selection in marginal habitats revealed by deep sequencing on dual platforms (2011)
  • 著者名/発表者名: Renchao Zhou, Shaoping Ling, Wenming Zhao, Naoki Osada, Sufang Chen, Meng Zhang, Hua Bao, Cairong Zhong, Bing Zhang, Xuemei Lu, David Turissini, Norman C. Duke, Jian Lu, Suhua Shi, Chung-I Wu
  • 雑誌名: Mol Biol Evol 巻: 28 ページ: 2833-2842
  • DOI: 10.1093/molbev/msr102
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenetic inconsistency caused by ancient sex-biased migration (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6 ページ: e25549
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0025549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-locus analysis of genetic divergence between outcrossing Arabidopsis species : evidence of genome-wide admixture (2010)
  • 著者名/発表者名: Wei-KuangWang, Chuan-Wen Ho, Kuo-Hsiang Hung, Kuo-HsiungWang, Chi-Chun Huang, Hitoshi Araki, Chi-Chuan Hwang, Naoki Osada, Tzen-Yuh Chiang
  • 雑誌名: New Phytol 巻: 188 ページ: 488-500
  • DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03383.x
  • 査読あり
• [学会発表] Finding the factors of reduced genetic diversity on X chromosomes of Macaca fascicularis (2013)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada, Shigeki Nakagome, Shuhei Mano, Yosuke Kameoka, Ichiro Takahashi, Keiji Terao
  • 学会等名: SMBE2013
  • 発表場所: Chicago, USA
  • 年月日: 20130709-11
• [学会発表] Dissecting regulatory mechanisms of transcriptome variation in Drosophila melanogaster (2013)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 学会等名: ISEGB2013
  • 発表場所: Chung-Hsing University, Taichung, Taiwan
  • 年月日: 2013-11-08
• [学会発表] キイロショウジョウバエにおける集団内でのcis およびtrans 遺伝子発現変異の定量 (2013)
  • 著者名/発表者名: 長田直樹, 宮城竜太郎, 高橋文
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 慶応大学日吉キャンパス
  • 年月日: 2013-09-20
• [学会発表] Inferring natural selection by stratifying a single genome sequence (2012)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 学会等名: SMBE2012
  • 発表場所: Dublin, Ireland
  • 年月日: 20120623-28
• [学会発表] Inference of population history using a single genome data (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] 機能喪失とCpG サイトの崩壊による旧世界ザルCYP1A2 遺伝子の高い遺伝的多様性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 長田直樹, 宇野泰広
  • 学会等名: 第83回日本遺伝学会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2011-09-22
• [学会発表] Compensatory evolution between mitochondrial and nuclear genomes : evidence from primate respiratory chain complex genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada, Hiroshi Akashi
  • 学会等名: SMBE2011
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-07-28
• [学会発表] ミトコンドリア・核遺伝子間の弱有害補完モデル : 霊長類COX 遺伝子群の進化を例に (2010)
  • 著者名/発表者名: 長田直樹, 明石裕
  • 学会等名: 第90回日本遺伝学会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] Population Genetics of Non-human Primates : How AreWe Diverse? (2010)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 学会等名: International Primatological Society Congress
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2010-09-13