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2012 年度 実績報告書

システム生物学応用に向けた仮説枚挙システムの実現

研究課題

研究課題/領域番号 22700141
研究機関山梨大学

研究代表者

山本 泰生  山梨大学, 医学工学総合研究部, 助教 (30550793)

研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2013-03-31
キーワード仮説枚挙 / システム生物学 / 帰納推論 / グルコース抑制 / CF帰納法 / パスウェイ補完
研究概要

当初計画した研究計画に基づき,以下に示す2つの研究課題に取り組んだ.
1.CF帰納法に基づく仮説枚挙システムの実現とその高度化:
ヒューリスティクスを導入した逆包摂法を提案し,昨年度に開発したCF帰納法に基づく仮説推論システムに導入した.また従来の代表的なシステムであるProgolと生成される仮説の予測精度に関する比較を行いその性能を実証的に評価した.さらにCF帰納法の手続きの中で必要となる非単調双対化処理について理論的な考察を進め,非単調双対化問題が2つの単調双対化問題に変換できることを明らかにした.本研究の成果は当該分野の国際会議の一つであるInt. Conf. on Inductive Logic Programming (2012) において発表し,前者の研究成果については,Revised and selected papersの一つとして採録された.
2.帰納推論技術による酵母菌のグルコース抑制に関する知識発見:
酵母菌のグルコース抑制に関する論理モデルについて,観測データである各変異株における遺伝子発現データを用いて,論理的に可能性のある未知のインタラクションを推定・補完する手法を構築した.またその結果について生物学の専門家からヒアリングおよび専門データベースとの照合を通して検証を行った.その結果,データベース上ですでに存在が確認されていたものを含め実際に有用な複数のインタラクションを抽出することに成功した.また,モデルの定性的検証方法について再検討を行い,4値論理の枠組みを用いて遺伝子発現の変化量データを定性的に扱うモデル検査手法を提案した.またこの結果は,情報処理学会バイオ情報学第29回研究会において発表した.

現在までの達成度 (区分)
理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Heuristic Inverse Subsumption in Full-clausal Theories2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamamoto, K. Inoue, K. Iwanuma (Y. Yamamoto)
    • 雑誌名

      Revised Selected Papers from Int. Conf. on Inductive Logic Programming2012, Lecture Notes in Artificial Intelligence

      巻: 7842 ページ: 241-256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-monotone Dualization via Monotone Dualization2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamamoto, K. Iwanuma, K. Inoue (Y. Yamamoto)
    • 雑誌名

      Late Breaking Papers of the 22nd Int. Conf. on Inductive Logic Programming, CEUR proceedings

      巻: 975 ページ: 74-79

    • 査読あり
  • [学会発表] 多値論理を用いた生体ネットワークシステムのモデル検査2012

    • 著者名/発表者名
      坂本 悠,山本 泰生,岩沼 宏治 (坂本 悠)
    • 学会等名
      情報処理学会 バイオ情報学第29回研究会 (SIG-BIO)
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学 (沖縄県)
    • 年月日
      20120629-20120629
  • [学会発表] 時系列信号処理に基づくSAT解法: Wave-SATソルバの実現に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      宮城 智輝,山本 泰生,岩沼 宏治 (宮城 智輝)
    • 学会等名
      人工知能学会全国大会 (第26回)
    • 発表場所
      山口県教育会館 (山口県)
    • 年月日
      20120612-20120612
  • [備考] CF帰納法に基づく仮説推論システム

    • URL

      http://www.iwlab.org/our-lab/our-staff/yy/software

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公開日: 2014-07-24  

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