真核生物ゲノムにおけるRNAインタラクトーム予測

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22700304
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 弘前大学
• 研究代表者: 種田 晃人 弘前大学, 大学院・理工学研究科, 准教授 (70332492)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• キーワード: 生体生命情報学 / RNA工学 / ゲノム / 遺伝子

研究概要

RNA配列解析のための計算手法として、多目的遺伝的アルゴリズムによるRNA配列アライメント予測システムと、RNA配列設計手法の開発を行った。開発したシステムにより予測されるアライメントと共通二次構造は、RNA間相互作用予測を行う際に有用な情報を与えると考えている。また、開発した配列設計法は、RNA間相互作用を含む他の手法では困難なタイプの機能性RNA配列設計にも適用可能であり、人工的に機能性RNAを設計する際に有用である。

研究成果

• [雑誌論文] Multi-objective genetic algorithm for pseudoknotted RNA sequence design (2012)
  • 著者名/発表者名: Akito Taneda
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 3巻 ページ: 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] MODENA : a multi-objective RNA inverse folding (2011)
  • 著者名/発表者名: Akito Taneda
  • 雑誌名: Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry 巻: 4巻 ページ: 1-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Web Server for Multi-objective Pairwise RNA Sequence Alignment with an Index for Selecting Accurate Alignments (2011)
  • 著者名/発表者名: Akito Taneda
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: 4巻 ページ: 2-8
  • 査読あり
• [学会発表] Computational RNA sequence design toward creation of artificial functional RNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会(シンポジウム講演)
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 構造変化を伴う機能性RNAの配列設計 (2011)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 第10回RNA/RNPを見つける会
  • 発表場所: カルチャーリゾートフェストーネ(沖縄県)
  • 年月日: 2011-09-16
• [学会発表] RNAの逆フォールディング (2011)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 次世代バイオインフォマティクス研究会2011
  • 発表場所: 産業技術総合研究所北海道センター(北海道)
  • 年月日: 2011-08-02
• [学会発表] 多目的最適化によるRNA配列解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 新しい RNA/RNPを見つける会2010
  • 発表場所: 弘前大学コラボレーションセター(青森県)
  • 年月日: 2010-09-06
• [学会発表] A multi-objective evolutionary algorithm for RNA sequence design (2010)
  • 著者名/発表者名: 種田晃人
  • 学会等名: 生命情報工学研究センターワークショップ2010(CBRC2010)
  • 発表場所: 産業技術総合研究所臨海副都心センター別館(東京都)
  • 年月日: 2010-07-27
• [備考]
  • URL: http://rna.eit.hirosaki-u.ac.jp/cofolga2mo/srv/
• [備考]
  • URL: http://rna.eit.hirosaki-u.ac.jp/modena/