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タンパク質間相互作用パターン解析と予測法の開発のため、研究実施計画に基づきタンパク質間相互作用部位データベースの作成を行った。SCOP1.75の11万ドメインを使用しデータを高速検索のためのインデックス情報を追加たフォーマットで作成した。
三次元の相互作用部位検索に使用する検索方法を平成22年度に新たに開発した。タンパク質の三次元構造を問い合わせにして、局所的な部分構造検索(3-D substructure search)の新たなアルゴリズムを開発し、従来の方法の9～23倍高速な検索が可能となった。この手法により、部分構造検索(タンパク質間相互作用部位)の速度が飛躍的に向上し、データベース公開時に非常に有用であることが期待される。この手法は本研究のタンパク質間相互作用解析だけにとどまらず、アミノ酸配列の相同性が乏しいタンパク質問の類似構造検索においても非常に有用であることは明らかである。
また構造検索法だけでなく、相互作用状態の評価方法を開発し、その精度をブラインドテストのCAPRIに出場することで検証を行った。タンパク質間相互作用パターン解析により計算された指標が、相互作用の有無を予測するのに有効であることが示された。
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