コンピュータシミュレーションを利用した小分子機能性RNAの構造及び作用機構の解明

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22700317
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 山崎 智 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 産総研特別研究員 (80463876)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• キーワード: バイオインフォマティクス / 生体機能利用 / 核酸 / 立体構造予測 / 分子シミュレーション

研究概要

数十～百塩基長程度の小さなRNA分子が、細胞内でタンパク質合成抑制等の機能を担っている事が、様々な生物種において知られている。これら小分子機能性RNAの作用機構を明らかにするためには、まずその立体構造を得る事が必要不可欠である。本研究では、数塩基からなる小断片をコンピュータ上でパズルのように組み合わせて全体の立体構造を得る手法に対して、小断片の扱い方や構造評価関数へ改良を加える事で、高速かつ高精度な小分子機能性RNAの立体構造予測を可能にした。

研究成果

• [雑誌論文] A new method for evaluating the specificity of indirect readout in protein-DNA recognition (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Yamasaki、Tohru Terada、Hidetoshi Kono、Kentaro Shimizu、Akinori Sarai
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: Vol.40
  • DOI: DOI:10.1093/nar/gks462
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prospects for tertiary structure prediction of RNA based on secondary structure information (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Yamasaki、Shugo Nakamura、Kazuhiko Fukui
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 巻: Vol.52 ページ: 557-567
  • DOI: DOI:10.1021/ci2003413
  • 査読あり
• [学会発表] RNA tertiary structure prediction based on secondary structure and fragment structure library (2011)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 二次構造情報とフラグメント構造群に基づくRNA三次構造予測 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 第10回新しいRNA/RNPを見つける会
  • 発表場所: 沖縄
  • 年月日: 2011-09-15
• [学会発表] RNA三次構造予測の現状と展望 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 次世代バイオインフォマティクス研究会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 2011-08-03
• [学会発表] 二次構造予測結果に基づくRNA三次構造予測システムの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 平成22年度LS-BT合同研究発表会
  • 発表場所: 茨城
  • 年月日: 2011-02-01
• [学会発表] Attempts to predict RNA tertiary structures using fragment structural library based on secondary structures (2010)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] Attempts to predict RNA tertiary structures using fragment structural library based on secondary structures (2010)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: CBRC2010
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] Information entropy as a measure of the contribution of indirect readout in protein-DNA recognition (2010)
  • 著者名/発表者名: 山崎智
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 2010-06-18