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2011 年度 研究成果報告書

系統解析用オーソログデータセット作成システムの開発

研究課題

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研究課題/領域番号 22710184
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関静岡大学

研究代表者

堀池 徳祐  静岡大学, 若手グローバル研究リーダー育成拠点, 特任助教(テニュアトラック) (20535306)

研究期間 (年度) 2010 – 2011
キーワードゲノム進化学
研究概要

全ゲノム配列が決定された生物を対象に全タンパク質のアミノ酸配列情報を用いてオーソログデータセットを作成するシステムを開発した。オーソログとは種分岐によって生じた相同遺伝子のことである。このシステムにより得られるデータセットは従来のオーソログデータセットと異なり、アウトパラログ(対象とする生物群が分岐する前に遺伝子重複によって生じた相同遺伝子)や遺伝子水平伝播によってもたらされた遺伝子を可能な限り取り除くため、大規模遺伝子情報を用いた系統解析に利用できる。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] HGT-Gen : a tool for generating a phylogenetic tree with horizontal gene transfer2011

    • 著者名/発表者名
      Tokumasa Horiike
    • 雑誌名

      Bioinformation Daisuke

      ページ: 211-213

    • 査読あり
  • [学会発表] 遺伝子水平伝播シミュレーションプログラム(HGT-Gen)の開発2012

    • 著者名/発表者名
      堀池徳祐
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-03-11
  • [学会発表] Development of new method for making ortholog dataset2011

    • 著者名/発表者名
      Tokumasa Horiike
    • 学会等名
      The2010 Annual meeting of the society for molecular
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2011-07-27
  • [学会発表] Development of ortholog dataset for phylogenetic analysis2010

    • 著者名/発表者名
      堀池徳祐
    • 学会等名
      BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-07
  • [備考]

    • URL

      http://www.grl.shizuoka.ac.jp/~thoriike/research.html

URL: 

公開日: 2013-07-31  

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