2011 年度研究成果報告書

マイクロRNAプロモータの網羅的プロファイリング

研究課題

研究課題/領域番号	22710189
研究種目	若手研究(B)
配分区分	補助金
研究分野	ゲノム生物学
研究機関	独立行政法人理化学研究所
研究代表者	川路英哉独立行政法人理化学研究所, 小分子RNA連携ユニット, ユニットリーダー (20525406)
研究期間 (年度)	2010 – 2011
キーワード	miRNA / primary transcript / promoter / transcriptome / transcriptional regulation / small RNA / next generation sequencer
研究概要	マイクロRNAの生合成経路をノックダウンしその核内RNAを次世代シーケンサによりプロファイルするアプローチを試みた。一分子シーケンサを用いることで定量的な転写開始点プロファイリングを行うHeliScopeCAGEを用い60のmiRNAに関するプロモータ24個を同定し、長鎖RNAを断片的にシーケンスすることでその全長の再構築を目指すRNA-Seqを用いることで、24のうちの半数以上に関するprimary miRNAを同定した。