生活習慣病の予防・診断および薬剤投与前の事前診断のための遺伝子解析法の開発

2010 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 22710191
• 研究機関: 独立行政法人国立国際医療研究センター
• 研究代表者: 西田 奈央 独立行政法人国立国際医療研究センター, 肝炎・免疫研究センター, 上級研究員 (50456109)
• キーワード: SNP / タイピング / 多因子疾患

研究概要

個人に対応した生活習慣病の予防・診断や薬剤投与前の事前診断を目的とするSNP解析では、短時間で正確な解析結果を得ることが重要となる。本研究では、DigiTag2法によるSNP解析を短時間かつ低コストで実施することを目指して、実験プロトコルの改良を進める。
本年度は、DigiTag2法によるSNP解析にかかる時間を短縮するためのプロトコル改良を実施した。従来のプロトコルでは、Qiagen multiplex PCRキット(工程:マルチプレックスPCR)およびEx Taq polymerase酵素(工程:ラベリング)を使用し、それぞれの工程に5時間30分、3時間30分の時間がかかっていた。両工程で使用する酵素をKAPA2G FAST PCRキット(KAPA)に変えたところ、それぞれの工程にかかる時間を、2時間、1時間30分まで短縮することが可能であることが明らかとなった。SNP解析結果を得るためにかかる総時間についても、従来のプロトコルでは10時間を超えていたが、今回の改良により約5時間まで短縮することができた。
KAPA2G FAST PCRキットを用いたSNP解析結果を、従来のプロトコルによるSNP解析結果と比較したところ、解析結果に大きな違いは見られなかった。現在、ヒトの様々な疾患(肝炎、2型糖尿病など)を対象として、KAPA2G FAST PCRキットを用いたDigiTag2法によるSNP解析を実施している。その結果、443種のSNPを対象とした解析を実施し、そのうち419種のSNPで遺伝子型を決定することに成功した(タイピング成功率94.6%)。
来年度は、タイピングコストの削減を目指した実験プロトコルの改良を実施する。

研究成果

• [雑誌論文] Common variation in GPC5 is associated with acquired nephrotic syndrome. (2011)
  • 著者名/発表者名: Okamoto K, Tokunaga K, Doi K, Fujita T, Suzuki H, Katoh T, Watanabe T, Nishida N, Mabuchi A, Takahashi A, Kubo M, Maeda S, Nakamura Y, Noiri E
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: (掲載確定) ページ: 459-463
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of copy number variation detection methods and database construction. (2011)
  • 著者名/発表者名: Koike A, Nishida N, Yamashita D, Tokunaga K.
  • 雑誌名: BMC Genetics 巻: 12 ページ: 29
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of IL28B variants with response to pegylated-interferon alpha plus ribavirin combination therapy reveals intersubgenotypic differences between genotypes 2a and 2b. (2011)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto N, Nakagawa M, Tanaka Y, Sekine-Osajima Y, Ueyama M, Kurosaki M, Nishida N, Tamori A, Yuki NS, Itsui Y, Azuma S, Kakinuma S, Hige S, Itoh Y, Tanaka E, Hiasa Y, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M, Watanabe M ; the Ochanomizu-Liver Conference Study Group.
  • 雑誌名: J Medical Virology 巻: 83 ページ: 871-878
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pre-treatment prediction of response to pegylated-interferon plus ribavirin for chronic hepatitis C using genetic polymorphism in IL28B and viral factors. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurosaki M, Tanaka Y, Nishida N, Sakamoto N, Enomoto N, Honda M, Sugiyama M, Matsuura K, Sugauchi F, Asahina Y, Nakagawa M, Watanabe M, Sakamoto M, Maekawa S, Sakai A, Kaneko S, Ito K, Masaki N, Tokunaga K, Izumi N, Mizokami M.
  • 雑誌名: Journal of Hepatology 巻: 54 ページ: 439-48
  • 査読あり
• [雑誌論文] ITPA gene variant protects against anemia induced by pegylated interferon-α and ribavirin therapy for Japanese patients with chronic hepatitis C. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto N, Tanaka Y, Nakagawa M, Yatsuhashi H, Nishiguchi S, Enomoto N, Azuma S, Nishimura-Sakurai Y, Kakinuma S, Nishida N, Tokunaga K, Honda M, Ito K, Mizokami M, Watanabe M.
  • 雑誌名: Hepatology Research 巻: 40 ページ: 1063-1071
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association scans for genetic susceptibility to endometriosis in Japanese population. (2010)
  • 著者名/発表者名: Adachi S, Tajima A, Quan J, Haino K, Yoshihara K, Masuzaki H, Katabuchi H, Ikuma K, Suginami H, Nishida N, Kuwano R, Okazaki Y, Kawamura Y, Sasaki T, Tokunaga K, Inoue I, Tanaka K.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 55 ページ: 816-821
  • 査読あり
• [雑誌論文] lambda-Interferons and the single nucleotide polymorphisms : A milestone to tailor-made therapy for chronic hepatitis C. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Tokunaga K, Mizokami M.
  • 雑誌名: Hepatology Research 巻: 40 ページ: 449-460
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional regulation of endochondral ossification by HIF-2α during skeletal growth and osteoarthritis development (2010)
  • 著者名/発表者名: Taku Saito, Atsushi Fukai, Akihiko Mabuchi, Toshiyuki Ikeda, Fumiko Yano, Shinsuke Ohba, Nao Nishida, Toru Akune, Noriko Yoshimura, Takumi Nakagawa, Kozo Nakamura, Katsushi Tokunaga, Ung-il Chung, Hiroshi Kawaguchi
  • 雑誌名: Nature Medicine 巻: 16 ページ: 678-686
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association analysis of susceptibility candidate region on chromosome 5q31 for tuberculosis. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ridruechai C, Mahasirimongkol S, Phromjai J, Yanai H, Nishida N, Matsushita I, Ohashi J, Yamada N, Moolphate S, Summanapan S, Chuchottaworn C, Manosuthi W, Kantipong P, Kanitvittaya S, Sawanpanyalert P, Keicho N, Khusmith S, Tokunaga K
  • 雑誌名: Genes and Immunity 巻: 11 ページ: 416-422
  • 査読あり
• [学会発表] Genome-wide association study (GWAS) opens a new approach to identify host genetic factors for multifactorial diseases (2010)
  • 著者名/発表者名: 西田奈央
  • 学会等名: aAsian Hepatitis Forum
  • 発表場所: Tokyo Disney Sea Hotel MIRACOSTA(千葉県、浦安市)
  • 年月日: 2010-12-16
• [学会発表] C型慢性肝炎に対するペグインターフェロン+リバビリン併用療法の有効性を規定するホスト側遺伝要因の同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西田奈央、田中靖人、杉山真也、小池麻子、提嶋恵美、小笠原有子、石橋良美、柴田靖加、溝上雅史、徳永勝士
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
  • 年月日: 2010-12-10
• [学会発表] C型慢性肝炎に対するペグインターフェロン+リバビリン併用療法の有効性を規定するIL28B遺伝子の同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西田奈央、田中靖人、杉山真也、小池麻子、提嶋恵美、小笠原有子、石橋良美、柴田靖加、溝上雅史、徳永勝士
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会
  • 発表場所: 大宮ソニックシティ(埼玉県、大宮市)
  • 年月日: 2010-10-30
• [学会発表] Genome-wide screening to identify host genetic factors for hepatitis and developing a public database "Human Genome Variation Database" (2010)
  • 著者名/発表者名: 西田奈央
  • 学会等名: 2010 Translational Research Excellence Conference
  • 発表場所: Brisbane Convention & Exhibition Centre (Brisbane, Australia)
  • 年月日: 2010-10-11