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2011 年度 実績報告書

蛋白質環境下におけるアミノ酸のプロトン親和性変化の量子論的解析

研究課題

研究課題/領域番号 22740259
研究機関筑波大学

研究代表者

神谷 克政  筑波大学, 数理物質系, 助教 (60436243)

キーワード蛋白質 / ナノ・バイオ / 計算科学 / アミノ酸 / プロトン親和性 / 第一原理計算 / 構造・機能・電子状態 / 密度汎関数理論
研究概要

ナノメートルのスケールの生命現象では、プロトンの微視的な振る舞いが重要な役割を担う。蛋白質中のプロトンの挙動は、アミノ酸のプロトン親和性に支配され、それは周囲の蛋白質環境との相互作用で決まる。本研究では、アミノ酸のプロトン親和性に対する環境の効果を量子論的手法により原子スケールで解明する。水溶液環境から蛋白質環境への連続的なアプローチにより、蛋白質環境の特異性を明らかにし、環境の変化によるアミノ酸のプロトン親和性の制御機構を解明する。それにより、蛋白質の立体構造情報の量子論的解析法の確立と、その構造・機能相関を原子スケールで解明するためのフレームワークの提唱を目指す。
本年度は、機能と構造との相関が示唆されたタンパク質の重要な例として、チトクロム酸化酵素を取り上げた。この酵素は、呼吸作用の最終段階を担うプロトン輸送タンパク質である。その生物機能としては、酸素分子の還元反応とそれに共役したプロトン輸送反応があるが、未だタンパク質内部のプロトンの移動機構は完全に解明されていない。そこで本年度は、プロトン経路入口に存在する特異な水素結合環境に注目し、入口を構成するアミノ酸残基のプロトン親和性との関係を、密度汎関数理論に基づく第一原理分子動力学法を用いて解析した。その結果、構成アミノ酸残基のプロトン親和性と相関するアミノ酸の回転が生じる事が明らかになった。この結果から、本酵素の生理的な構造と相関したプロトン輸送機構が示唆された。さらに、種々なナノ・バイオ物質に対しても第一原理計算を行い、電子状態と構造の相関関係についての微視的な知見を得た。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

今年度前半には、東日本大震災の影響で計算機を例年のように使用する事ができない時期もあったが、優先順位をつけ、稼働可能な計算機を用いることにより一定の成果を出す事ができた。

今後の研究の推進方策

次年度は、非天然合成化合物の生分解酵素であり環境浄化の点で重要なナイロン分解酵素に対し、分解反応を担うアミノ酸の周りの蛋白質環境に対する研究に力を入れる予定である。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (15件)

  • [雑誌論文] First-principles molecular dynamics study on the atomistic behavior of His503 in bovine cytochrome c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya and Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta

      巻: 1807 ページ: 1328-1335

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2011.03.015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics and electronic structure of encapsulated single-stranded DNA in carbon nanotubes2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Susumu Okada
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 83 ページ: 155444-1-155444-6

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.83.153413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics and electronic structure of graphene adsorbed on HfO2(111) : Density functional theory calculations2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Naoto Umezawa, Susumu Okada
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 83 ページ: 153413-1-153413-4

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.83.153413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic Origin of the Breakdown of the Quasi-Cubic Approximation in Nitride Semiconductors2011

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Ebihara, Katsumasa Kamiya, Kenji Shiraishi, Atsushi A, Yamaguchi
    • 雑誌名

      Physica Status Solidi (c)

      巻: 8 ページ: 2279-2281

    • DOI

      10.1002/pssc.201001085

    • 査読あり
  • [学会発表] 官能基の類似性を利用した酸解離定数の新規算出法と応用2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨、馬場剛史、安田奈都美、神谷克政、北河康隆、重田育照、奥村光隆
    • 学会等名
      第92回日本化学会春季年会
    • 発表場所
      慶應義塾大学日吉キャンパス(神奈川県)
    • 年月日
      2012-03-27
  • [学会発表] First-principles analysis on proton transport pathways of cytochrome c oxidase2012

    • 著者名/発表者名
      Yasuteru Shigeta, Katsumasa Kamiya
    • 学会等名
      Asian International Symposium,日本化学会第92春季年会
    • 発表場所
      慶応義塾大学(東京都)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-26
  • [学会発表] QM/MM第一原理分子動力学法によるナイロン工業副産物分解酵素の反応機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      神谷克政、馬場剛史、マウロボエロ、松井亨、根来誠司、重田育照
    • 学会等名
      第67回日本物理学会年次大会
    • 発表場所
      関西学院大学(兵庫県)
    • 年月日
      2012-03-24
  • [学会発表] カーボンナノチューブに吸着したアミノ酸のエネルギー論と電子構造2012

    • 著者名/発表者名
      神谷克政、岡田晋
    • 学会等名
      The 42nd Fullerenes-Nanotubes-Graphene General Symposium
    • 発表場所
      東京大学、武田ホール(東京都)
    • 年月日
      2012-03-06
  • [学会発表] Energetics and Electronic Structures of Inserted Single-Stranded DNA into Single-Walled Carbon Nanotubes2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Susumu Okada
    • 学会等名
      Workshop on Carbon Nanotube in Commemoration of The 20th Anniversary of its Discovery
    • 発表場所
      The International House of Japan (Tokyo)
    • 年月日
      2011-12-12
  • [学会発表] First-Principles Molecular Dynamics Study on Reaction Mechanisms of Nylon-6 Byproduct-Degrading Enzyme2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Takeshi Baba, Mauro Boero, Toru Matsui, Seiji Negoro, Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      The 14th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations
    • 発表場所
      The University of Tokyo (Tokyo)
    • 年月日
      2011-11-01
  • [学会発表] Electronic structure of graphene adsorbed on HfO2 surfaces2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Naoto Umezawa, Susumu Okada
    • 学会等名
      24th International Microprocesses and Nanotechnology Conference
    • 発表場所
      ANA hotel (Kyoto)
    • 年月日
      2011-10-26
  • [学会発表] Universal Theory of ON-OFF Switching Mechanism of RRAM via VO Based Conducting Channels-Guiding Principle for Oxide Based High Quality RRAM-2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Moon Young Yang, Seong-Geon Park, Blanka Magyari-Kope, Yoshio Nishi, Masaaki Niwa, Kenji Shiraishi
    • 学会等名
      1st International Workshop on Resistive RAM
    • 発表場所
      IMEC (Leuven, Belgium)(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-20
  • [学会発表] アミド化合物の酵素合成:高効率触媒の形成要件2011

    • 著者名/発表者名
      小林達也, 中田悠介, 馬場剛史, 河島康之, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 重田育照, 松井亨, 神谷克政, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2011-09-28
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素Ny1Bの基質認識機構2011

    • 著者名/発表者名
      西口拓紀, 中田悠介, 小林達也, 河島康之, 重田育照, 馬場剛史, 神谷克政, 武尾正弘, 加藤太一郎, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2011-09-28
  • [学会発表] タンパク質内アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用2011

    • 著者名/発表者名
      松井亨, 馬場剛史, 安田奈都美, 神谷克政, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2011-09-23
  • [学会発表] Experimental and computational studies on mutational effects on nylon-6 byproducts-degrading enzyme2011

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Baba, Katsumasa Kamiya, Toru Matsui, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Seiji Negoro, Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学・書写キャンパス(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] Energetics and Electronic Structure of Encapsulated Single Stranded DNA in Carbon Nanotubes2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiya, Okada
    • 学会等名
      NT11 International Conference on the Science and Application of Nanotubes
    • 発表場所
      University of Cambridge (Cambridge, UK)
    • 年月日
      2011-07-14
  • [学会発表] Energetics and Electronic Structures of Graphene Adsorbed on HfO2 Surfaces2011

    • 著者名/発表者名
      Katsumasa Kamiyazawa, Naoto Umezawa, Susumu Okada
    • 学会等名
      NT11 International Conference on the Science and Application of Nanotubes
    • 発表場所
      University of Cambridge (Cambridge, UK)
    • 年月日
      2011-07-12
  • [学会発表] ナイロン6工業副産物分解酵素の反応機構の第一原理分子動力学法による解析2011

    • 著者名/発表者名
      神谷克政, 馬場剛史, 松井亨, 根来誠司, 重田育照
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • 年月日
      2011-06-08

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公開日: 2013-06-26  

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