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2010 年度 実績報告書

水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算

研究課題

研究課題/領域番号 22750023
研究機関独立行政法人日本原子力研究開発機構

研究代表者

志賀 基之  独立行政法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究副主幹 (40370407)

キーワード第一原理計算 / 分子動力学法 / 経路積分法 / 水素結合 / 同位体効果 / 量子効果 / 温度効果 / プロトン移動
研究概要

水素原子の量子性(零点振動・トンネリングなど)は同位体効果など化学的性質に反映される。しかし、通常の「静的な」量子化学計算には原子の量子効果が含まれていないため、大きな構造ゆらぎをもつ水素結合の定量的な構造解析は難しく、実験との詳細な比較が難しいのが現状である。そこで本研究の目的は、原子の量子ゆらぎと温度ゆらぎを厳密に取り扱うことのできる経路積分法を取り入れたab initio計算法を提案・確立し、これを用いて水溶液や核酸塩基対などの水素結合性分子集団やその重水素置換体の熱力学的構造ゆらぎや反応性を理論的に明らかにすることである。
本研究では、ab initio経路積分法を用いて、水素結合性分子集団における水素移動反応のシミュレーションを行い、トラジェクトリデータから反応機構などを解析する。本研究の目的に沿うためには、まず(1)自由エネルギー計算、実時間ダイナミクス、溶媒効果の取り込み、計算の効率化などを行うためにプログラムを整備・拡張する必要がある。それをもとに、(2)並列計算機を用いて、水イオンや核酸塩基対など水素結合性クラスターのab initio経路積分シミュレーションを実行し、可視化用コンピュータで分子動力学トラジェクトリのデータ解析を行う。まず、(1)の作業を平成22年度で行った。また、本研究に必要なハードウェアを整備するため、高性能並列PCクラスターを購入した。平成22年度はこの研究において、7件の学会発表と6件の論文発表を行った。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] A concerted mechanism between proton transfer of Zundel anion and displacement of counter cation2011

    • 著者名/発表者名
      Akihito Koizumi, Kimichi Suzuki, Motoyuki Shiga, Masanori Tachikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics (communication)

      巻: 134 ページ: 031101(1-3)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Onsager-Machlup action-based path sampling and its combination with replica exchange for diffusive and multiple pathways2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Fujisaki, Motoyuki Shiga, Akinori Kidera
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 132 ページ: 134101(1-8)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient ab initio path integral hybrid Monte Carlo based on the fourth-order Trotter expansion : Application to fluoride ion-water cluster2010

    • 著者名/発表者名
      Kimichi Suzuki, Masanori Tachikawa, Motoyuki Shiga
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 132 ページ: 144108(1-7)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study on the mechanism of double proton transfer in pophycene by path-integral molecular dynamics simulations2010

    • 著者名/発表者名
      Takehiro Yoshikawa, Shuichi Sugawara, Toshiyuki Takayanagi, Motoyuki Shiga, Masanori Tachikawa
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 496 ページ: 14-19

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanochemical Transduction of Externally Applied Forces to Mechanophores2010

    • 著者名/発表者名
      J.Ribas-Arino, M.Shiga, D.Marx
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 132 ページ: 10609-10614

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 水素・重水素の量子統計力学を反映した量子論的分子シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル

      巻: 132 ページ: 10609-10614

    • 査読あり
  • [学会発表] Ab initio経路積分シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      福井県県民ホール
    • 年月日
      2010-11-25
  • [学会発表] 水素・重水素の量子統計力学を反映した量子論的分子シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      福井県県民ホール(学術賞受賞講演)
    • 年月日
      2010-11-25
  • [学会発表] 水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      分子科学会
    • 発表場所
      大阪大学豊中キャンパス
    • 年月日
      2010-09-17
  • [学会発表] Ab initio path integral simulations-A fully quantum approach2010

    • 著者名/発表者名
      M. Shiga
    • 学会等名
      Molecular and Ionic Clusters Conference 2010
    • 発表場所
      新潟県十日町当間リゾート
    • 年月日
      2010-09-08
  • [学会発表] 水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2010-05-23
  • [学会発表] 水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算2010

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発・第5回公開シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学柏の葉キャンパス
    • 年月日
      2010-02-23
  • [学会発表] Ab initio simulations beyond classical dynamics2010

    • 著者名/発表者名
      Motoyuki Shiga
    • 学会等名
      XRQTC seminar
    • 発表場所
      バルセロナ大学(スペイン)(招待講演)
    • 年月日
      2010-01-13

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公開日: 2012-07-19  

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