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2013 年度 実績報告書

水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算

研究課題

研究課題/領域番号 22750023
研究機関独立行政法人日本原子力研究開発機構

研究代表者

志賀 基之  独立行政法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究員 (40370407)

研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2014-03-31
キーワード水素移動 / 第一原理計算 / 分子動力学 / 同位体効果 / 温度効果 / プロトン移動 / 量子効果
研究概要

水素原子の量子性(零点振動・トンネリングなど)は同位体効果など化学的性質に反映される。しかし、通常の「静的な」量子化学計算には原子の量子効果が含まれていないため、大きな構造ゆらぎをもつ水素結合の定量的な構造解析は難しく、実験との詳細な比較が難しいのが現状である。そこで本研究の目的は、原子の量子ゆらぎと温度ゆらぎを厳密に取り扱うことのできる経路積分法を取り入れた ab initio 計算法を提案・確立し、これを用いて水溶液や核酸塩基対などの水素結合性分子集団やその重水素置換体の熱力学的構造ゆらぎや反応性を理論的に明らかにすることである。
本研究では、 ab initio 経路積分法を用いて、水素結合性分子集団における水素移動反応のシミュレーションを行い、トラジェクトリデータから反応機構などを解析した。本研究の目的に沿うために、自由エネルギー計算、実時間ダイナミクス、溶媒効果の取り込み、計算の効率化などを行うためにプログラムを整備・拡張した。次に、並列計算機を用いて、水イオンや核酸塩基対など水素結合性クラスターの ab initio 経路積分シミュレーションを実行し、可視化用コンピュータで分子動力学トラジェクトリのデータ解析を行った。これらの成果を国内外の学会や論文誌に発表した。平成24年度で計画どおり研究がすべて無事完了した。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2013 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Quantum fluctuation and vibrational dynamics of aqueous Cu+ and Ag+ clusters2013

    • 著者名/発表者名
      A. Koizumi, M. Tachikawa, M. Shiga
    • 雑誌名

      Chemical Physics

      巻: 419 ページ: 44-49

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2013.03.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature dependence on the structure of Zundel cation and its isotopomers2013

    • 著者名/発表者名
      K. Suzuki, M. Tachikawa, M. Shiga,
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138 ページ: 184307(1-7)

    • DOI

      10.1063/1.4803655

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiscale enhanced path sampling based on the Onsager-Machlup action: Application to a model polymer2013

    • 著者名/発表者名
      H. Fujisaki, M. Shiga, K. Moritsugu, A. Kidera
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 054117(1-9)

    • DOI

      10.1063/1.4817209

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Boundary based on Exchange Symmetry Theory for Multilevel Simulations I. Basic Theory2013

    • 著者名/発表者名
      M. Shiga, M. Masia
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 044120(1-8)

    • DOI

      10.1063/1.4816629

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Boundary based on Exchange Symmetry Theory for Multilevel Simulations II. Multiple Time Scale Approach2013

    • 著者名/発表者名
      M. Shiga, M. Masia
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 144103(1-14)

    • DOI

      10.1063/1.4823729

    • 査読あり
  • [学会発表] Challenges toward ab initio molecular simulations of rare events2013

    • 著者名/発表者名
      M. Shiga
    • 学会等名
      産総研ワークショップ
    • 発表場所
      産総研関西センター
    • 年月日
      2013-11-21
  • [学会発表] A Boundary Condition for Multilevel Simulations for Diffusive Systems2013

    • 著者名/発表者名
      M. Shiga, M. Masia
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2013-11-18
  • [学会発表] 交換対称性を利用した QM/MM 法の境界条件

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子交換対称性を用いた QM/MM 分子動力学法

    • 著者名/発表者名
      志賀基之
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      福岡市健康づくりサポートセンター
    • 招待講演

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公開日: 2015-05-28  

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