非均一サンプリングNMR法のデータ検証ツールの確立と難しいタンパク質への応用

2010 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 22770106
• 研究機関: 首都大学東京
• 研究代表者: JEE JunGoo 首都大学東京, 戦略研究センター, 客員准教授 (50381554)
• キーワード: 多次元NMR法 / 非均一サンプリング / 自動構造計算

研究概要

本研究の目的は、(1)多次元NMR法の新しい手法である非均一サンプリング(non-uniform sampling、NUS)法で測定したデータをプロセシングする方法を確立する。(2)そのNUS法を利用し従来多次元NMR法で研究困難だった生体高分子を研究する。ことである。非均一サンプリング法は従来法より多次元NMR測定時間を1/3以上減らすことを可能にする。一方、結果に誤りのピークが出る弱点もある。従って、三次元構造計算に必要なNOEスペクトルの場合、非均一サンプリング法は誤った構造に至る可能性があるので、その利用が困難であった。私は非均一サンプリング法で測定したNOEスペクトルを三次元構造計算に適用出来る方法を作った。私はまず(a)NUSデータから見えるbaseline歪みは三次元NOEスペクトルの強い対角ピークが原因であることを明らかにした。その次に(b)強い対角ピークが出ないNOEスペクトルを非均一サンプリング法で測定しCYANAで自動構造計算を行い、この場合結果に問題がないことを見せた。論文投稿を準備中である。

研究成果

• [雑誌論文] Solution structure of the HRDC domain of human Bloom syndrome protein BLM. (2010)
  • 著者名/発表者名: Akiko Sato, Masaki Mishima, Aki Nagai, Sun-Yong Kim, Yutaka Ito, Toshio Hakoshima, Jun-Goo Jee, Ken Kitano
  • 雑誌名: J.Biochem. 巻: 148 ページ: 517-525
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detection of the sulfhydryl groups in proteins with slow hydrogen exchange rates and determination of their proton/deuteron fractionation factors using the deuterium-induced effects on the 13Cβ NMR signals. (2010)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Takeda, JunGoo Jee, Tsutomu Terauchi, Masatsune Kainosho
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc. 巻: 132 ページ: 6254-6260
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and mutagenesis studies of the C-terminal region of licensing factor Cdtl enable the identification of the key residues for binding to replicative helicase Mcm proteins. (2010)
  • 著者名/発表者名: JunGoo Jee, Takeshi Mizuno, Katsuhiko Kamada, Hidehito Tochio, Yasumasa Chiba, Ken-ichiro Yanagi, Gentaro Yasuda, Hidekazu Hiroaki, Fumio Hanaoka, Masahiro Shirakawa
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 285 ページ: 15931-15940
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electrostatic interaction between oxysterol binding protein and VAMP- associated protein-A revealed by NMR and mutagenesis studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, JunGoo Jee, Harumi Fukada, Masaki Mishima, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 285 ページ: 12961-12970
  • 査読あり
• [雑誌論文] NSC114792, a novel small molecule identified through structure-based computational database screening, selectively inhibits JAK3. (2010)
  • 著者名/発表者名: Byung-Hak Kim, Jun-Goo Jee, Chang-Hong Yin, Claudio Sandoval, Somasundaram Jayabose, Daisuke Kitamura, Erika A.Bach, Gyeong-Hun Baeg
  • 雑誌名: Mol.Cancer 巻: 9 ページ: 36-48
  • 査読あり