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protease DB (MEROPS: http://merops.sanger.ac.uk/)からの配列及び、ヒトやマウスでの知見を利用し、明らかとなっているCiona intestinalisゲノムへの相同性検索等を行いプロテアーゼ遺伝子の網羅的な抽出を行った。結果、Asparatic、Cycteine、Metallo、Serin、Threonine proteaseをそれぞれ、11、112、184、208、19個、計535遺伝子のプロテアーゼ遺伝子候補を得た。この検索で得られた遺伝子の中には繰り返しモチーフ(SUSHI、EGF、WD40等)を持つ遺伝子が混ざって得られてしまう事が分かったので、それらを除く作業、及びマニュアルによりグループ毎に系統樹作製し詳細なアノテーションを行った結果、Asparatic、Cysteine及びMetallo proteaseに関してはアノテーションを終了した。系統樹に関しては、随時ナメクジウオゲノムなども用い、進化的に保存性が高いかどうかも検討した。さらに、ESTカウントやマイクロアレイデータなどを用い、それぞれの遺伝子の発現を検討することで、進化間で保存性が高く、testisに特異的に発現が見られる遺伝子や発生のある時期特異的に発現する遺伝子をそれぞれ数個抽出した。また、これまでの網羅的研究より明らかとなっているホヤタンパク質の発現情報をデータベース化し、CIPRO (Ciona intestinalis protein database)として公開した。
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