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現在の日本の水稲育種は近年育成された品種同士の交雑に由来するものが多く、表現形質や遺伝的多様性の狭い範囲で留まっている。水稲品種「山田錦」は酒米として現在も栽培され、日本酒造りに重要な心白を有し、大粒で、晩生であり、現代品種には見られなくなった特徴を数多く保有している。本研究は「山田錦」の特性である心白、晩生に着目し、「コシヒカリ」を遺伝的背景とし、「山田錦」ゲノムを網羅する一連の染色体断片を導入した染色体断片置換系統群を作出するのと同時に、今年度も引き続き、心白を中心した分析を行った。
「コシヒカリ」と「山田錦」との交雑F1に、「コシヒカリ」を反復親に使った連続戻し交雑を行ってきた。目的の心白関連QTL領域（計４領域）が「山田錦」ホモに固定した個体をDNAマーカーで選抜した。単独のQTLが「山田錦」ホモになった個体だけでなく、複数のQTLがホモ化した個体も見いだした。平成２２～２４年度は気候が大幅に変動し、心白発現も大きく変動した。しかしながら、染色体６と染色体９にそれぞれ１つずつQTLが確認でき、安定して検出できた。染色体断片置換系統群を作出のため、BC3F3集団ならびにBC4F2集団へ世代を進めた。そのうち大粒、「コシヒカリ」よりも明らかに早生ならびに晩生の系統が見いだされた。
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