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本研究はRNA分解酵素A(RNase A)のミスマッチ認識能を利用した新たな一塩基多型(SNP)解析法の開発し、個人識別への応用を目的としている。標的部位としてヒトABO式血液型糖鎖抗原に関連するトランスフェラーゼ遺伝子から220C/T、261G/deletion、297A/G、703G/A、796C/Aおよび803G/Cの計6座位のSNPsを選択した。ゲノムDNAは健常者から採取した口腔内細胞から抽出した。ゲノムDNAを用いて増幅した2本鎖DNA断片とSNP部位がRNA塩基であるDNA/RNAキメラプローブ、RNase Aを用いた検出反応では明確なSNPアリルの識別が困難な場合があり、さらに得られるDNA量が少ない場合にはシグナル自体が検出されないなどの問題点も明らかとなった。RNA塩基のプローブ末端からの距離や、RNA塩基数がプローブ反応性に影響を与えることが予想されることから、プローブ設計を含めた検出反応条件を改善する必要があると考えられた。一方、PCR産物を鋳型としたインビトロ転写反応を行うことで、非常に多くのRNA転写産物を増幅することが可能であることから、微量な試料からの高い増幅効率が期待できる分析手法であるものと考えられた。ただし増幅産物内の塩基配列が増幅効率に影響し増幅断片が得られない場合が観察されており、その分析領域の選択も重要であると思われた。今後、RNA塩基部位と塩基数が異なるプローブによる反応性の違いやインビトロ転写産物を鋳型としたSNP検出における識別精度について明らかにする予定である。
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