| 研究概要 |
クローン病を対象としたGenome wide association study(GWAS)のメタ解析によって、IL12Bがクローン病感受性遺伝子候補であることが示された。IL12Bが感受性遺伝子であることを確定するためには、その相関する対立遺伝子がIL12B遺伝子の機能、特に発現に影響を与えることを示さなければならない。本研究では、(1)IL12B遺伝子周囲のTag SNPを用いて、最も強く日本人クローン病と相関するハプロタイプを同定し、(2)同定したリスクハプロタイプが、IL12B遺伝子発現にどのような影響を与えるかを明らかにする。その際、ハプロタイプ特異的トランスクリプト定量というオリジナルな手法を用いて解析する。(3)発現に影響を与えるメカニズムを明らかにするために、in vitroでのプロモーターアッセイ、EMSA、ChIP等を行い、IL12Bが感受性遺伝子であることを確定することを目的としている。本年度においては、(1)の解析を中心に行った。すなわち、IL12B遺伝子周囲のTag SNPを用いて、最も強く日本人クローン病と相関するハプロタイプを同定する作業を行った。すなわち、GWASで相関が確認されているtag SNP rs6887695を中心に、前後100kbから40ケTag SNPを、Tagger software (Nat Genet, 2005. 37 (11):p.1217-23.)を用いて選び、タイピングを行った。対象は日本人クローン病患者400名、日本人健常対照者600名である。タイピングはPCR-restriction fragment length polymorphism法で行った。タイピング結果から、HAPLOVIEW (Bioinformatics, 2005. 21(2):p. 263-5)を用いて予測ハプロタイプ頻度を算出し、chi-square testで相関解析を行った。その結果、日本人IL12B遺伝子を含む領域には、3つのメジャーハプロタイプ(A,B,C)が存在していることを明らかにした。そのうちハプロタイプAがリスクハプロタイプであり、ハプロタイプBが非リスクハプロタイプであることを明らかにした。
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