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2022 年度 実施状況報告書

ペプチド核酸(PNA)による細胞内核酸操作技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22K05350
研究機関名古屋大学

研究代表者

愛場 雄一郎  名古屋大学, 理学研究科, 准教授 (10581085)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワードDNA / PNA / ペプチド核酸 / 人工核酸 / 遺伝子 / インベージョン
研究実績の概要

DNAやRNAの配列選択的な認識は、生命現象の解明や遺伝子発現制御などにおける基盤的な技術であり、その達成に向け様々な研究がなされてきた。その中でもDNAに化学修飾を施した人工核酸は、その設計が簡便なことからこれまで広く研究されてきた。人工核酸では、核酸の相補性を利用した2本鎖形成により、標的核酸の配列特異的な認識を達成可能である。しかし1本鎖状態で存在するRNAに対し、天然のDNAは多くが2本鎖状態で存在し、人工核酸を適応するにはさらなる工夫が必要であった。それに対し本研究課題では、2本鎖DNAを直接認識可能なPNAのインベージョンと呼ばれる現象に着目し、細胞内に存在するDNAやRNAを効率的に認識する技術としてPNAを展開することを目的とした。また、我々が独自に開発したparallel型インベージョンという新たなDNA認識様式を利用することで、より応用性の高い方法論の確立を目指した。
本年度では、インベージョン効率(DNA認識効率)の向上に向けて注力して検討を進めたが、当初計画していた手法では期待していたような高い効果は得られなかったものの、別なアプローチからPNAのインベージョン効率を高める方法論を見出した(現在、国際論文誌への投稿に向け準備中)。上記の成果は、複雑な化学修飾などを必要とせず、応用という観点からも優れていると言える。また並行して、PNAの細胞内応用に向けた準備も進めており、PNAの導入効率の改善に向けた化学修飾について検討を進め、良好な結果が得られている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本研究課題では、PNAの高機能化を進め、遺伝子工学ツールへとPNAのインベージョン技術を展開することを目的としている。これに対し本年度では、研究課題①については当初予定していた手法では期待していたような高い効果は得られなかったが、別なアプローチからPNAのインベージョン効率を高める方法論を見出している。また、研究課題②と③に関連して、細胞内応用に向けたPNAの導入技術に関する知見も得られており、当初の計画以上の進展であると判断した。

今後の研究の推進方策

当初の申請書では、「①立体構造を制御したPNAによるインベージョンの効率化」、「②機能性分子を付与した高機能化PNAの開発」、「③RNAの局在を制御するPNAの開発」の3つの研究を、本研究課題の主要テーマとして挙げている。研究課題①を通し、PNAによるインベージョンの認識効率の向上を図り、研究課題②によりPNAに細胞内応用するうえでの有用な機能を付与し、最終的には課題③でのPNAの細胞内応用を目指している。現在のところ、課題①は別なアプローチではあるがインベージョン効率の向上に成功し、課題②はその一例を確立しつつある。次年度以降、課題①と②をさらに発展させつつ、課題③を目指したいと考えている。また、PNAおよびインベージョン複合体の構造情報は、全課題を通して研究設計を行う上での重要な情報となるため、これらの取得についても並行して検討を進めたいと考えている。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Southern Illinois University/Purdue University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Southern Illinois University/Purdue University
  • [雑誌論文] Sequence-Specific Recognition of Double-Stranded DNA by Peptide Nucleic Acid Forming Double-Duplex Invasion Complex2022

    • 著者名/発表者名
      Aiba Yuichiro、Shibata Masanari、Shoji Osami
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 12 ページ: 3677~3677

    • DOI

      10.3390/app12073677

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sequence-Specific Recognition of Double-Stranded DNA by Using Only PNAs in Parallel with Natural Nucleobases2022

    • 著者名/発表者名
      Shibata Masanari、Aiba Yuichiro、Hibino Masaki、Shoji Osami
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-wq3dm

    • オープンアクセス
  • [学会発表] 二本鎖DNAとのインベージョン複合体形成におけるparallel配向ペプチド核酸の特性評価2023

    • 著者名/発表者名
      柴田 将成、愛場 雄一郎、日比野 柾、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会(2023)
  • [学会発表] 複数組のparallel型PNAを用いたインベージョンによる高効率なDNA認識2023

    • 著者名/発表者名
      望月 直哉、柴田 将成、愛場 雄一郎、伊藤 公太、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会(2023)
  • [学会発表] ペプチド核酸PNAによる2本鎖DNAの直接認識2023

    • 著者名/発表者名
      愛場 雄一郎
    • 学会等名
      第7回 SPIRITS生物-無機-有機融合化学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] ペプチド核酸PNAの新規インベージョン法を用いた高効率なDNA認識2023

    • 著者名/発表者名
      望月直哉、柴田将成、愛場雄一郎、伊藤公太、有安真也、荘司長三
    • 学会等名
      IRCCS成果報告会
  • [学会発表] Improved DNA Recognition by Invasion Using Multiple Consecutive Pairs of Shifted PNAs2023

    • 著者名/発表者名
      Naoya Mochizuki, Masanari Shibata, Yuichiro Aiba, Kota Ito, Shinya Ariyasu, Osami Shoji
    • 学会等名
      GTR成果報告会(2023)
  • [学会発表] Development of Modified Peptide Nucleic Acids Directly Recognizing Double-Stranded DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Aiba
    • 学会等名
      Webinar Universe 24 in 核酸化学ユニバース 14 (FIBER未来大学 FIBER FUTURE COLLEGE)
    • 招待講演
  • [学会発表] Improved Double-Stranded DNA Recognition by Chemically Modified Peptide Nucleic Acids (PNAs)2022

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Aiba, Masaki Hibino, Masanari Shibata, Shinya Ariyasu, Osami Shoji
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Effective Recognition of Target DNA Using a Novel Invasion Method of Peptide Nucleic Acid (PNA)2022

    • 著者名/発表者名
      Naoya Mochizuki, Kota Ito, Masanari Shibata, Yuichiro Aiba, Shinya Ariyasu, Osami Shoji
    • 学会等名
      IRCCS-IRTG-GTR Joint Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of Chemically Modified Peptide Nucleic Acids (PNAs) to Efficiently Recognize Double-Stranded DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Aiba, Masaki Hibino, Masanari Shibata, Shinya Ariyasu, Osami Shoji
    • 学会等名
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Kota Kinabalu 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ペプチド核酸(PNA)融合ペプチドを用いたsplit GFPシステムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      塩澤 駿清、愛場 雄一郎、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      第53回中部化学関係学協会支部連合秋季大会
  • [学会発表] ゲノムスケールDNA合成に向けた修飾PCRプライマーの合成効率向上2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木 大輔、野村 浩平、恩田 馨、稲垣 雅仁、阿部 奈保子、橋谷 文貴、木村 康明、愛場 雄一郎、阿部 洋、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [学会発表] ペプチド核酸PNAの新規インベージョン法を用いた広範な標的DNAの認識2022

    • 著者名/発表者名
      望月 直哉、伊藤 公太、柴田 将成、愛場 雄一郎、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [学会発表] 炭化水素基修飾グアニンによる人工核酸PNAの効率的なDNA認識2022

    • 著者名/発表者名
      名越 航太郎、愛場 雄一郎、柴田 将成、日比野 柾、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [学会発表] New Design of Peptide Nucleic Acids Recognizng Double-Stranded DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Masanari Shibata, Yuichiro Aiba, Masaki Hibino, Osami Shoji
    • 学会等名
      18th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society
    • 国際学会
  • [学会発表] Positively charged guanine nucleobase to suppress self-duplex formation and improve PNA invasion efficiency2022

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Aiba, Masaki Hibino, Kotaro Nagoshi, Masanari Shibata, Osami Shoji
    • 学会等名
      18th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society
    • 国際学会
  • [学会発表] 人工核酸PNAを用いたDNAの液-液相分離制御2022

    • 著者名/発表者名
      相馬 陸杜、愛場 雄一郎、柴田 将成、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] ペプチド核酸(PNA)による核酸の液-液相分離制御2022

    • 著者名/発表者名
      愛場 雄一郎、相馬 陸杜、柴田 将成、有安真也、荘司 長三
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] ペプチド核酸(PNA)連結ペプチドを用いたsplit GFPシステムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      塩澤 駿清、愛場 雄一郎、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      第34回生物無機化学夏季セミナー
  • [学会発表] PNAの新規インベージョン法を用いた広範な標的DNAの認識2022

    • 著者名/発表者名
      望月 直哉、柴田 将成、愛場 雄一郎、有安 真也、荘司 長三
    • 学会等名
      日本化学会生体機能関連化学部会若手の会第33回サマースクール
  • [学会発表] ペプチド核酸(PNA)によるDNA/RNA認識技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      愛場 雄一郎
    • 学会等名
      第9回ITbM/GTR コンソーシアムワークショップ
    • 招待講演
  • [備考] 研究紹介 ペプチド核酸(PNA)による遺伝子制御

    • URL

      http://bioinorg.chem.nagoya-u.ac.jp/research/pna.html

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公開日: 2024-12-25  

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