| 研究課題/領域番号 |
22K05571
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
寺石 政義 京都大学, 農学研究科, 准教授 (80378819)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | ダイズ / 根粒菌 |
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| 研究実績の概要 |
ダイズ染色体１８番に検出された着生根粒菌種比率に関わるＱＴＬについて、集団をさらに大きくしてＱＴＬ領域での組換え個体を検出することが困難であるため、発現解析によってＱＴＬ領域で発現量に大きな差がある遺伝子を探索することにした。両親（Ｐｅｋｉｎｇおよびタマホマレ）を土に播き、発芽後１か月の植物から根をサンプリングし、ＲＮＡを抽出してＲＮＡｓｅｑを行った。ＤＥＧ解析をして、ＱＴＬ領域に座乗する遺伝子について発現量を比較したところ、一つの遺伝子のみが、両親間で大きく異なっていた。この遺伝子は a nucleotide-binding siteおよleucine-rich repeats （ＮＢＳ－ＬＲＲ）ドメインをもつＲ遺伝子の特徴を有していた。レファレンスゲノムであるWilliams82では８０％以上の相同な配列をもつ３つのＮＢＳ－ＬＲＲ遺伝子が縦列に繰り返して存在するが、他の２遺伝子は両親間で発現量の差異が認められなかった。ＱＴＬ解析とＲＮＡｓｅｑ解析の結果から候補遺伝子を一つに絞り込むことができた。
コアコレクションを供試して着生根粒菌種比率に関するＧＷＡＳ解析を行った。ＭＬＭＭ（混合線形モデル）によるＧＷＡＳでは、７個のＭＴＡｓ（Marker-trait associations）が検出されたが、周囲マーカーと強い連鎖不平衡を観察できたのは３個であり、特に染色体３番のＭＴＡの形質への寄与率は２５％であった。ＢＬＩＮＫによるＧＷＡＳでは６個のＭＴＡｓが、周囲マーカーと強い連鎖不平衡を持っており、特に染色体１０番のＭＴＡの閉室への寄与率は３０％であった。高い寄与率をもつこれら２つのＭＴＡについて詳細な解析を行う予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
ＲＮＡを解析することによって、ＱＴＬ領域の中から、候補遺伝子を１つに絞ることが出来た。これらの状況から研究は順調であると判断できる。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初予定している計画に変更はないが、候補遺伝子について相同性の高い配列をもつ遺伝子がＱＴＬ領域に複数存在するため、形質転換による候補遺伝子の相補性試験の実施が困難かもしれない。突然変異体の作成を進めることも検討したい。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ＲＮＡｓｅｑの解析外注費として計上していたが、自力で解析ができたため、解析費用が当初見込みより少なくなった。
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